一组用于和田青驴、吐鲁番驴和新疆驴快速鉴定的SNP位点

本发明属于分子标记，涉及一组用于和田青驴、吐鲁番驴和新疆驴快速鉴定的snp位点。

背景技术：

1、驴是重要的传统畜牧品种，根据用途不同可分为药用、肉用、役用、驮用，在农耕、运输、饮食等领域做出了重要贡献。新疆地方驴种资源丰富，现有新疆驴、吐鲁番驴、和田青驴等地方品种。新疆驴为小型驮用驴，为国家畜禽遗传资源保护品种，体格矮小，体质结实，耐苦性强，抗病力好，在粗放饲养和重役下，很少发生营养不良和流产。吐鲁番驴体格高大，外形较美观，体躯发育良好，具备抗病力强、抗旱、抗寒、抗炎热、抗饥饿能力强，采食能力强等特点的大中型短途役用型驴。和田青驴是原始的优良地方驴品种，被毛青色，体格大、挽力好，负重性能突出，属役、肉兼用大型驴品种。

2、目前，驴产业发展仍处于产业链不健全、饲养标准与规范缺失、繁育饲喂技术水平较低的状态。驴产业组织化水平低、整体生产规模偏小，精深加工企业带动效应差，经济效益不稳定等诸多问题。另外，对养驴业的重视力度不够，科研投入少，基础性研究严重滞后。许多已经在其它畜种普及了的科研成果，在驴生产上还没有进行应用和推广，这些问题严重制约了新疆驴产业的快速发展。

3、在品种选育、遗传多样性分析等研究中，单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，snp)作为分布广泛的遗传分子标记，具有密度高、遗传稳定性强和易于自动化分析等特点，因而得到越来越多的应用。根据snp的不同功能，不仅能用于优良性状选育，还能用于品种鉴定、遗传多样性分析等研究。目前，可用于驴品种鉴定的snp位点的相关研究成果仍较匮乏，限制了驴种群的健康发展。

技术实现思路

1、为了加快新疆地方驴品种的育种进程，高效、准确地鉴定出的驴的品种，本发明基于重测序数据，对3个新疆地方驴品种进行全基因组关联分析，筛选出10个snp位点，包括：2个用于鉴定和田青驴的snp位点、7个用于鉴定吐鲁番驴的snp位点和1个用于鉴定新疆驴的snp位点。

2、用于鉴定和田青驴的snp位点分别是：

3、no.1：位于第9染色体的第35414656位；

4、no.2：位于第28染色体的第50054393位；

5、用于鉴定吐鲁番驴的snp位点分别是：

6、no.3：位于第31染色体的第97224362位；

7、no.4：位于第31染色体的第97247106位；

8、no.5：位于第4染色体的第49038764位；

9、no.6：位于第4染色体的第49084342位；

10、no.7：位于第18染色体的第16541670位；

11、no.8：位于第14染色体的第11300973位；

12、no.9：位于第14染色体的第11601967位；

13、用于鉴定新疆驴的snp位点是：

14、no.10：位于第8染色体的第42724686位。

15、进一步，所述snp位点是基于驴参考基因组asm1607732v2筛选得到的。

16、进一步，所述no.1的参考碱基为g，突变碱基为a；

17、所述no.2的参考碱基为a，突变碱基为c；

18、所述no.3的参考碱基为a，突变碱基为c；

19、所述no.4的参考碱基为a，突变碱基为c；

20、所述no.5的参考碱基为a，突变碱基为g；

21、所述no.6的参考碱基为t，突变碱基为g；

22、所述no.7的参考碱基为c，突变碱基为t；

23、所述no.8的参考碱基为g，突变碱基为a；

24、所述no.9的参考碱基为g，突变碱基为a；

25、所述no.10的参考碱基为g，突变碱基为c。

26、另一方面，本发明还提供上述snp位点在制备液相芯片中的应用，所述液相芯片中含有分子探针，所述分子探针用于特异性检测上述snp位点。

27、在上述应用中，所述分子探针的制备方法为：将snp位点no.1～no.10在驴参考基因组asm1607732v2上前后各延伸60bp，得到包括snp位点在内的长度为121bp的碱基序列，将所述碱基序列的反向互补序列作为所述snp位点的分子探针。

28、此外，本发明还请求保护一种snp液相芯片，所述snp液相芯片中含有分子探针，所述分子探针用于特异性检测上述snp位点。

29、最后，本发明还请求保护所述snp位点在基因分型检测、品种鉴定、遗传育种、遗传多样性分析中的应用。

30、与现有技术相比，本发明“一组用于和田青驴、吐鲁番驴和新疆驴快速鉴定的snp位点”具有以下有益效果：

31、本发明基于重测序数据，对102只和田青驴、吐鲁番驴和新疆驴个体进行全基因组关联分析，筛选出10个snp位点，利用这些snp位点制备的液相芯片可以准确地实现基因分型，在驴的多个研究领域均具有较高的应用价值。

32、本发明提供的snp位点具有准确性高、操作简单等优点，且开发出的snp位点不受环境因素影响，能直接反映不同品种驴在基因水平的差异，因而可以被广泛应用于驴品种鉴定、遗传图谱构建、驴群体分型和鉴定以及资源保护等。

技术特征：

1.一组用于和田青驴、吐鲁番驴和新疆驴快速鉴定的snp位点，其特征在于，包括：2个用于鉴定和田青驴的snp位点、7个用于鉴定吐鲁番驴的snp位点和1个用于鉴定新疆驴的snp位点；

2.根据权利要求1所述的snp位点，其特征在于，所述snp位点是基于驴参考基因组asm1607732v2筛选得到的。

3.根据权利要求1所述的snp位点，其特征在于，

4.权利要求1所述的snp位点在制备液相芯片中的应用，其特征在于，所述液相芯片中含有分子探针，所述分子探针用于特异性检测权利要求1所述的snp位点。

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述分子探针的制备方法为：将snp位点no.1～no.10在驴参考基因组asm1607732v2上前后各延伸60bp，得到包括snp位点在内的长度为121bp的碱基序列，将所述碱基序列的反向互补序列作为所述snp位点的分子探针。

6.一种snp液相芯片，其特征在于，所述snp液相芯片中含有分子探针，所述分子探针用于特异性检测权利要求1所述的snp位点。

7.权利要求1所述的snp位点在基因分型检测中的应用。

8.权利要求1所述的snp位点在品种鉴定中的应用。

9.权利要求1所述的snp位点在遗传育种中的应用。

10.权利要求1所述的snp位点在遗传多样性分析中的应用。

技术总结本发明属于分子标记技术领域，公开了一组用于和田青驴、吐鲁番驴和新疆驴快速鉴定的SNP位点。本发明基于重测序数据，对和田青驴、吐鲁番驴和新疆驴3个不同品种102个个体进行全基因组关联分析，筛选出10个特异性SNP位点，所述SNP位点可用于和田青驴、吐鲁番驴和新疆驴的品种鉴定，鉴定准确率分别为100％、100％、93.33％。本发明在新疆地方驴品种的遗传育种、品种鉴定等方面具有重要的贡献意义。技术研发人员：吴伟伟,刘仕豪,林长春,黄俊成,哈尼克孜·吐拉甫,宫平,刘黎,李鹏飞,耿娟,马艳萍受保护的技术使用者：新疆畜牧科学院畜牧研究所技术研发日：技术公布日：2024/11/4