一种用于鉴别田菁的SSR引物组合及其应用

背景技术：

1、田菁(sesbania cannabina)为一年生豆科植物，其根系发达，根瘤多且大，固氮能力强，鲜草产量高，养分含量丰富且具有较好的抗旱、抗病虫能力，并具有很强的耐盐、耐涝、耐瘠能力，是夏季绿肥和滩涂盐碱地土壤修复和改造的先锋植物。同时，田菁在畜牧业、造纸业、化工业中也具有很高的经济价值和利用价值。

2、尽管田菁在我国广泛分布，具有丰富的应用场景，但目前生产上应用的田菁品种和资源多且杂，存在来源不清和种子纯度不高等问题。传统的表型鉴定，需要对环境进行有效的控制，同时需要多年多点的鉴定才能准确观察鉴定性状的变异水平或表达稳定性。这种鉴定方法不仅费时耗力，而且容易受到环境影响，可靠性较低，费用高，无法满足市场的需求。因此，现急需一种能快速准确鉴定田菁种质资源的方法。

3、ssr(simple sequence repeats，微卫星序列即简单重复序列)标记是一种稳定、多态性好、对dna浓度要求低的dna分子标记，常应用于品种鉴定、遗传分析等方面。现虽有基于叶绿体基因组或转录组鉴定植物种质资源的报道，但暂未见有关于田菁的ssr标记。对不同遗传背景的基因组来说，想要从中筛选到合适的标记位点并设计特异性引物对是非常困难的。在基因组和转录组中虽有很多ssr标记位点，但是存在分子标记在染色体中的分布不均匀、基因组结构复杂、部分染色体无分子标记位点、基因组变异、分子标记间存在连锁反应等诸多问题，这些问题都会影响ssr引物对的鉴别效率，也使得想要基于ssr标记快速准确鉴定田菁种质资源变得困难。

技术实现思路

1、本发明针对市场上田菁品种多样、种子不纯，缺少能高效快速鉴定田菁品种的方法等问题，提供了一种用于鉴别田菁的ssr引物组合及其应用。

2、本发明的第一个目的在于提供一种用于鉴别田菁的ssr引物组合。

3、本发明的第二个目的在于提供一种含有田菁的ssr引物组合的产品。

4、本发明的第三个目的在于提供ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁种质资源鉴定或在制备用于田菁种质资源鉴定的试剂盒中的应用。

5、本发明的第四个目的在于提供ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁杂交后代鉴定或在制备用于田菁杂交后代鉴定的试剂盒中的应用。

6、本发明的第五个目的在于提供ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁种质资源遗传多样性分析或在制备用于田菁种质资源遗传多样性分析的试剂盒中的应用。

7、本发明的第六个目的在于提供ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁种质资源指纹图谱构建或在制备用于构建田菁种质资源指纹图谱的试剂盒中的应用。

8、本发明的第七个目的在于提供ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁遗传图谱构建或在制备用于构建田菁遗传图谱的试剂盒中的应用。

9、本发明的第八个目的在于提供一种鉴定田菁杂交后代的方法。

10、本发明上述目的通过以下技术方案实现：

11、本发明基于田菁的叶绿体基因组和转录组数据，获得了能够用于鉴别田菁的ssr引物组合，利用其可实现田菁的种质资源鉴定、田菁种质资源的遗传多样性分析、田菁种质资源指纹图谱的构建、田菁杂交后代的鉴定以及田菁遗传图谱的构建等。因此，本发明请求保护所述ssr引物组合及其相关应用。

12、本发明请求保护一种用于鉴别田菁的ssr引物组合。

13、具体地，所述ssr引物组合包括组合1和/或组合2。

14、其中，组合1包括ssr引物对scc7、scc9、scc10、scc14、scc19、scc29、scc31、scc32、scc33、scc37、scc53和scc65，所述ssr引物对是基于田菁叶绿体基因组得到；

15、所述引物对scc7的核苷酸序列如seq id no.1～2所示；

16、所述引物对scc9的核苷酸序列如seq id no.3～4所示；

17、所述引物对scc10的核苷酸序列如seq id no.5～6所示；

18、所述引物对scc14的核苷酸序列如seq id no.7～8所示；

19、所述引物对scc19的核苷酸序列如seq id no.9～10所示；

20、所述引物对scc29的核苷酸序列如seq id no.11～12所示；

21、所述引物对scc31的核苷酸序列如seq id no.13～14所示；

22、所述引物对scc32的核苷酸序列如seq id no.15～16所示；

23、所述引物对scc33的核苷酸序列如seq id no.17～18所示；

24、所述引物对scc37的核苷酸序列如seq id no.19～20所示；

25、所述引物对scc53的核苷酸序列如seq id no.21～22所示；

26、所述引物对scc65的核苷酸序列如seq id no.23～24所示；

27、组合2包括ssr引物对sct3410、sct8517、sct12033、sct15566、sct27002、sct37380、sct51370、sct51556和sct54839，所述ssr引物对是基于田菁转录组得到；

28、所述引物对sct3410的核苷酸序列如seq id no.25～26所示；

29、所述引物对sct8517的核苷酸序列如seq id no.27～28所示；

30、所述引物对sct12033的核苷酸序列如seq id no.29～30所示；

31、所述引物对sct15566的核苷酸序列如seq id no.31～32所示；

32、所述引物对sct27002的核苷酸序列如seq id no.33～34所示；

33、所述引物对sct37380的核苷酸序列如seq id no.35～36所示；

34、所述引物对sct51370的核苷酸序列如seq id no.37～38所示；

35、所述引物对sct51556的核苷酸序列如seq id no.39～40所示；

36、所述引物对sct54839的核苷酸序列如seq id no.41～42所示。

37、本发明还请求保护一种含有田菁的ssr引物组合的产品。

38、具体地，所述产品为基因芯片或试剂盒。

39、本发明还请求保护ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁种质资源鉴定或在制备用于田菁种质资源鉴定的试剂盒中的应用。

40、本发明还请求保护ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁杂交后代鉴定或在制备用于田菁杂交后代鉴定的试剂盒中的应用。

41、本发明还请求保护ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁种质资源遗传多样性分析或在制备用于田菁种质资源遗传多样性分析的试剂盒中的应用。

42、本发明还请求保护ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁种质资源指纹图谱构建或在制备用于构建田菁种质资源指纹图谱的试剂盒中的应用。

43、本发明还请求保护ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品在田菁遗传图谱构建或在制备用于构建田菁遗传图谱的试剂盒中的应用。

44、具体地，上述应用中，ssr引物组合包含基于田菁叶绿体基因组的12对ssr引物对和/或基于田菁转录组的9对ssr引物对。

45、本发明还请求保护一种鉴定田菁杂交后代的方法。

46、具体地，提取待测田菁杂交后代及其亲本的dna，利用所述ssr引物组合或含有ssr引物组合的产品分别对亲本进行pcr扩增，筛选在亲本中具有差异条带的ssr引物对，利用差异ssr引物对对杂交后代进行扩增；若所测田菁杂交后代同时具有父母本的特征条带，则为真杂交种；若只能检测到双亲一方的条带，则为假杂交种。

47、具体地，所述pcr扩增的反应程序为94℃预变性3min；94℃45s，55℃40s，72℃1min，35个循环；72℃10min。

48、本发明具有以下有益效果：

49、本发明开发了一种用于鉴别田菁的ssr引物组合，包括12对基于田菁叶绿体基因组获得的ssr引物对和/或9对基于田菁转录组获得的ssr引物对。本发明开发的ssr引物对具有扩增结果稳定、分辨率高、准确等优点，可以快速、准确判断田菁的来源以及种类，有利于田菁的种质资源鉴定、种质资源遗传多样性分析和杂交后代鉴定，也有利于田菁种质资源指纹图谱和遗传图谱的构建，在促进田菁育种水平和产业的发展上具有重要意义。