位于6号染色体上与紫花苜蓿抗旱相关的分子标记及应用

本发明属于生物，具体涉及一种位于6号染色体上与紫花苜蓿抗旱相关的indel分子标记及应用。

背景技术：

0、技术背景

1、在育种过程中，对目标性状的选择，深受基因型和表型的影响。传统育种依赖于对植物外观特征的识别和评估，但其受到一定的限制。传统方法所需的时间较长，需要经过多年的观察和繁育，方可确定目标性状的遗传稳定性。此外，外观特征容易受到环境的影响，导致结果不确定。而分子标记辅助选择技术在育种实践中表现出独特的优势。通过利用遗传标记与目标性状之间的关联进行选择，可以更加准确、更加快速地鉴定具有目标性状的个体或基因型。通过分析基因组中的分子标记，育种者更能了解基因型与性状之间的关系，从而更精准地选拔具有卓越性状的个体进行繁殖。

2、全基因组关联分析在育种领域中备受关注，通过分析大量的遗传标记与目标性状之间的关联，可以识别出与性状相关的关键基因或位点。这项技术的研发和应用已经成为当前育种领域的重要热点和竞争领域之一。紫花苜蓿(medicago sativa l.)抗旱育种对于提高作物耐旱性、增加产量、降低资源消耗至关重要。在气候变化和水资源日益紧缺的背景下，开发抗旱品种能够提高农作物在干旱条件下的生长适应能力，减少灾害风险，维护农业生产稳定性，促进农业可持续发展，同时为农民增加经济效益，对于保障粮食安全和生态环境的持续改善具有重要意义。紫花苜蓿的育种起步晚，结合全基因组关联分析进行抗旱相关标记开发与定位的报道非常有限。因此，进行紫花苜蓿抗旱相关分子标记的开发，对于构建辅助选择育种体系、种质资源的改良、新品种选育等具有重要的意义。

技术实现思路

1、本发明的目的之一在于提供了一种与紫花苜蓿抗旱相关的indel分子标记。

2、本发明的目的之二在于提供上述与紫花苜蓿抗旱相关的indel分子标记的应用。

3、为实现上述目的，本发明采取如下技术方案：

4、本发明公开的抗旱性相关的indel分子标记，位于紫花苜蓿第6号染色体上，所述分子标记命名为ms_chr6_52997265。

5、扩增与紫花苜蓿抗旱性相关的indel分子标记的引物对，所述分子标记ms_chr6_52997265对应的引物对序列为：

6、ms_chr6_52997265-f：cgtgcaacgaacaagccac(seq id no.1所示)；

7、ms_chr6_52997265-r：ggatcaaatacatatttaacattcaaatataa(seq id no.2所示)。

8、本发明还公开了上述分子标记引物对在紫花苜蓿抗旱辅助育种中的应用。也就是说本发明的分子标记可用于今后的分子标记辅助育种中，通过苗期提取叶片的dna，检测是否存在本发明的分子标记，进而来鉴定紫花苜蓿品种的抗旱相关性状。所述检测可以使用pcr检测的方法，具体可以使用上述的分子标记引物对，所述检测还可以通过测序方法进行。

9、本发明还公开了上述分子标记在鉴定紫花苜蓿抗旱性状中的应用，尤其是在筛选和鉴定紫花苜蓿抗旱性高低中的应用，具体地，用于鉴定紫花苜蓿是否具有抗旱性状具体步骤如下：

10、(1)以供试种质的dna为pcr扩增的模板，以上述分子标记ms_chr6_52997265对应的引物对进行pcr扩增，pcr扩增的反应体系如表1：

11、表1 pcr扩增的反应体系

12、

13、94℃预变性4min；94℃变性30s，59℃退火30s，72℃延伸20s，35个循环；72℃延伸10min；4℃保存。

14、(2)pcr产物的琼脂糖凝胶电泳检测：取3μl，根据条带的结果判断紫花苜蓿抗旱的结果。

15、利用引物对ms_chr6_52997265-f、ms_chr6_52997265-r进行pcr扩增，如果pcr扩增产物仅有一条如seq id no.4所示的长度为300bp的特征条带，则紫花苜蓿为敏旱类型；如果pcr扩增产物既有一条如seq id no.4所示的长度为300bp的特征条带，又有一条如seqid no.5所示的长度为257bp的特征条带，则紫花苜蓿为抗旱类型。

16、另外，本发明还保护一种用于鉴定紫花苜蓿抗旱性状的试剂盒，所述试剂盒中包含引物对ms_chr6_52997265-f、ms_chr6_52997265-r。所述试剂盒的其它成分均属于常规的试剂。具体还包括10×pcr buffer、dntp和taq dna聚合酶。本发明对所述引物对的浓度没有特殊限制，采用本领域所熟知的引物浓度即可。本发明对所述10×pcr buffer、dntp和taq dna聚合酶的来源没有特殊限制，采用本领域所熟知的普通pcr扩增用试剂即可。

17、采用本发明的试剂盒可以快速的鉴定紫花苜蓿的抗旱性状，还可以快速的鉴定紫花苜蓿的抗旱基因型。具体方法参照鉴定紫花苜蓿是否具有抗旱性状具体步骤，通过对pcr扩增产物进行电泳检测和/或测序，如果pcr扩增产物仅有一条如seq id no.4所示的长度为300bp的特征条带，则紫花苜蓿为纯合敏旱基因型；如果pcr扩增产物既有一条如seq idno.4所示的长度为300bp的特征条带，又有一条如seq id no.5所示的长度为257bp的特征条带，则紫花苜蓿为杂合抗旱基因型。

18、本发明具有如下优点：

19、(1)本发明的发明人筛选出了一个与紫花苜蓿抗旱相关的分子标记ms_chr6_52997265，该分子标记位于6号染色体上，采用本发明的分子标记ms_chr6_52997265可以快速的对紫花苜蓿的抗旱性状进行准确的鉴定。

20、(2)用与抗旱性状的连锁的标记来进行筛选，有利于分子标记辅助选择育种，其方法简单可行，有利于提高效率，节省成本。

21、(3)本发明的分子标记具有检测方便、扩增产物稳定、特异性高的特点，可以简便、快速、高通量地应用于紫花苜蓿抗旱育种实践及品种鉴定。

技术特征：

1.位于6号染色体上与紫花苜蓿抗旱相关的分子标记，所述分子标记命名为ms_chr652997265，其特征在于，所述分子标记ms_chr652997265对应的引物对序列为：

2.权利要求1所述的分子标记在紫花苜蓿分子标记辅助育种中的应用。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述分子标记用于鉴定或辅助鉴定紫花苜蓿的抗旱性状。

4.一种紫花苜蓿抗旱性状鉴定方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

5.一种用于紫花苜蓿抗旱性鉴定的试剂盒，其特征在于，包含权利要求1中所述的引物对。

6.权利要求5所述的试剂盒在鉴定紫花苜蓿抗旱基因型方面的应用。

7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，利用试剂盒对紫花苜蓿抗旱基因型进行鉴定的方法为：

技术总结本发明提供了一种位于6号染色体上与紫花苜蓿抗旱相关的分子标记及应用，属于生物技术领域。所述分子标记位于紫花苜蓿第6号染色体上，插入或缺失片段的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.3所示。用于扩增InDel分子标记的引物对，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1～2所示。本发明所述InDel分子标记及其引物对能够鉴定或辅助鉴定紫花苜蓿抗旱性状。同时本发明还提供了利用所述InDel分子标记快速鉴定紫花苜蓿抗旱性的方法，该方法简便快捷，鉴定结果准确，具有良好的推广应用前景。技术研发人员：刘文献,隋超,刘晓玲,刘志鹏受保护的技术使用者：兰州大学技术研发日：技术公布日：2024/11/4