一种用于塔什库尔干羊快速鉴定的SNP位点组合

本发明属于生物检测，公开了一种用于塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合。

背景技术：

1、在畜牧业领域，随着消费者对高品质、特色化畜产品需求的增加，动物品种的准确鉴定成为了提升畜产品质量、保护地方种质资源及促进畜牧业可持续发展的重要环节。塔什库尔干羊，作为新疆塔什库尔干塔吉克自治县独有的地方优良品种，以其独特的生长环境适应性、肉质鲜美及优良的遗传特性而闻名，深受市场青睐。然而，传统上依赖于形态特征、生产性能及血缘谱系的鉴定方法，不仅耗时费力，且易受主观因素及环境因素干扰，难以实现快速、准确的品种鉴定。

2、近年来，随着分子生物学技术的飞速发展，特别是单核苷酸多态性(snp)标记的发现与应用，为动物品种鉴定提供了一种高效、精确的新途径。snp作为基因组中最常见的遗传变异形式，具有数量多、分布广、遗传稳定性高等特点，通过特定snp位点的组合分析，可以实现对动物品种的快速、准确识别。针对塔什库尔干羊这一珍稀品种，开发一套基于snp位点的快速鉴定体系，不仅能够为塔什库尔干羊的种质资源保护、遗传育种研究及市场推广提供有力支撑，还能有效避免品种混杂，保障养殖户的合法权益，推动塔什库尔干羊产业的健康发展。

3、因此，本发明旨在通过深入研究塔什库尔干羊基因组中的snp变异，筛选并组合出一组具有高度特异性和准确性的snp位点，以此构建一种用于塔什库尔干羊快速鉴定的方法，旨在解决现有鉴定技术中存在的不足，满足畜牧业发展对高效、精准品种鉴定的迫切需求。

技术实现思路

1、为克服上述现有技术问题，本发明提供了一种用于塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合。相比于现有技术，本发明的优点在于提供了一种用于塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合，其用于塔什库尔干羊快速鉴定时具有高度特异性和较高的预测准确率。

2、一方面，本发明涉及一种用于塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合，其特征在于，由位于绵羊参考基因组ars-ui_ramb_v2.0中的50个snp位点组成，分别编号为no.1～no.50，具体信息如下：

3、

4、另一方面，本发明涉及一种鉴定塔什库尔干羊品种的方法，其包括：采集待检测样本的基因序列，检测所述塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合的snp位点的突变情况，确定所述待检测样本的品种。

5、进一步地，在本发明提供的鉴定塔什库尔干羊品种的方法中，根据所述snp位点的位置，在绵羊参考基因组ars-ui_ramb_v2.0上前后各延伸60bp，得到长度为121bp的碱基序列，将所述长度为121bp的碱基序列的反向互补序列作为所述snp位点的探针序列。

6、进一步地，在本发明提供的鉴定塔什库尔干羊品种的方法中，根据所述突变情况进行基因分型。

7、进一步地，在本发明提供的鉴定塔什库尔干羊品种的方法中，所述基因分型包括：提取所述待检测样本的基因组dna得到dna样品，检测dna样品的质量，液相芯片检测，对检测获得的原始数据进行质控、比对以及snp检测得到所述基因分型的结果。

8、进一步地，在本发明提供的鉴定塔什库尔干羊品种的方法中，所述质控采用fastp软件，比对采用bwa软件，snp检测采用gatk软件。

9、进一步地，在本发明提供的鉴定塔什库尔干羊品种的方法中，根据所述基因分型的结果，基于分类器算法进行品种鉴定。

10、另一方面，本发明涉及所述塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合在区别绵羊品种中的应用，从多个绵羊基因组dna中区分塔什库尔干羊品种。

11、另一方面，本发明涉及一种用于塔什库尔干羊品种鉴定的基因芯片，其由检测所述用于塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合的位点构成。

12、与现有技术相比，本发明提供的技术方案至少具备下述的有益效果或优点。

13、本发明基于绵羊参考基因组ars-ui_ramb_v2.0中所披露的第1～26染色体和第x染色体(或称性染色体)，定位到于塔什库尔干羊品种紧密相连的50个snp位点，本发明的snp位点组合应用于塔什库尔干羊品种的品种鉴定时，其预测准确率为96.15％。

14、相对于传统的固相芯片，本发明将塔什库尔干羊的snp位点制作为液相芯片，灵活性较高，可以根据应用需要随时添加标记位点。本发明的塔什库尔干羊液相芯片基于靶向捕获测序技术，不仅可以对目标位点进行分型，同时目标位点周围一定范围内的snp也可以被准确分型，可以得到比标记位点更多的snp分型信息。相比于全基因组重测序，本发明提供的塔什库尔干羊液相芯片依托二代测序平台，分型成本较低，具有明显的价格优势，可以进行塔什库尔干羊的大规模分型，进而促进塔什库尔干羊的育种工作。本发明的塔什库尔干羊液相芯片可用于塔什库尔干羊的品种鉴定、亲缘关系鉴定以及种质资源改良。

技术特征：

1.一种用于塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合，其特征在于，由位于绵羊参考基因组ars-ui_ramb_v2.0中的50个snp位点组成，分别编号为no.1～no.50；

2.根据权利要求1所述的塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合，其特征在于，所述no.1的参考碱基为a，突变碱基为t；所述no.2的参考碱基为t，突变碱基为c；所述no.3的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.4的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.5的参考碱基为a，突变碱基为g；所述no.6的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.7的参考碱基为a，突变碱基为t；所述no.8的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.9的参考碱基为g，突变碱基为t；所述no.10的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.11的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.12的参考碱基为a，突变碱基为t；所述no.13的参考碱基为t，突变碱基为c；所述no.14的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.15的参考碱基为a，突变碱基为g；所述no.16的参考碱基为t，突变碱基为c；所述no.17的参考碱基为g，突变碱基为t；所述no.18的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.19的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.20的参考碱基为t，突变碱基为a；所述no.21的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.22的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.23的参考碱基为t，突变碱基为c；所述no.24的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.25的参考碱基为t，突变碱基为c；所述no.26的参考碱基为t，突变碱基为c；所述no.27的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.28的参考碱基为a，突变碱基为c；所述no.29的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.30的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.31的参考碱基为a，突变碱基为g；所述no.32的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.33的参考碱基为t，突变碱基为c；所述no.34的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.35的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.36的参考碱基为a，突变碱基为g；所述no.37的参考碱基为c，突变碱基为a；所述no.38的参考碱基为a，突变碱基为g；所述no.39的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.40的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.41的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.42的参考碱基为c，突变碱基为t；所述no.43的参考碱基为a，突变碱基为g；所述no.44的参考碱基为t，突变碱基为a；所述no.45的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.46的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.47的参考碱基为t，突变碱基为c；所述no.48的参考碱基为g，突变碱基为a；所述no.49的参考碱基为c，突变碱基为g；所述no.50的参考碱基为g，突变碱基为a。

3.一种鉴定塔什库尔干羊品种的方法，其特征在于，包括：采集待检测样本的基因序列，检测权利要求1～2任一项所述的塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合的snp位点的突变情况，确定所述待检测样本的品种。

4.根据权利要求3所述的塔什库尔干羊品种的方法，其特征在于，根据所述snp位点的位置，在绵羊参考基因组ars-ui_ramb_v2.0上前后各延伸60bp，得到长度为121bp的碱基序列，将所述长度为121bp的碱基序列的反向互补序列作为所述snp位点的探针序列。

5.根据权利要求3所述的塔什库尔干羊品种的方法，其特征在于，根据所述突变情况进行基因分型。

6.根据权利要求5所述的塔什库尔干羊品种的方法，其特征在于，所述基因分型包括：提取所述待检测样本的基因组dna得到dna样品，检测dna样品的质量，液相芯片检测，对检测获得的原始数据进行质控、比对以及snp检测得到所述基因分型的结果。

7.根据权利要求6所述的塔什库尔干羊品种的方法，其特征在于，所述质控采用fastp软件，比对采用bwa软件，snp检测采用gatk软件。

8.根据权利要求6所述的塔什库尔干羊品种的方法，其特征在于，根据所述基因分型的结果，基于分类器算法进行品种鉴定。

9.权利要求1～2任一项所述的塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合在区别绵羊品种中的应用，其特征在于，从多个绵羊基因组dna中区分塔什库尔干羊品种。

10.一种用于塔什库尔干羊品种鉴定的基因芯片，其特征在于，由检测权利要求1～2任一项所述的用于塔什库尔干羊快速鉴定的snp位点组合的位点构成。

技术总结本发明属于生物检测技术领域，公开了一种用于塔什库尔干羊快速鉴定的SNP位点组合。本发明提供了一种用于塔什库尔干羊快速鉴定的SNP位点组合，该组合由50个SNP位点组成，具有高度特异性和较高的预测准确率，从而实现塔什库尔干羊的品种鉴定。本发明通过使用分子标记技术和生物信息学技术实现了品种的特异性鉴定，操作简单且结果可靠，可以为塔什库尔干羊的遗传资源保护利用提供科学依据和技术支持。技术研发人员：吴伟伟,林长春,黄俊成,哈尼克孜·吐拉甫,宫平,李鹏飞,耿娟,薛正芬受保护的技术使用者：新疆畜牧科学院畜牧研究所技术研发日：技术公布日：2024/11/4