用于茶树品种鉴定的核心SNP标记

本发明属于分子标记。更具体地，涉及用于茶树品种鉴定的核心snp标记。

背景技术：

1、茶树品种资源是茶树育种工作的基础。目前已被收集保存的茶树品种丰富多样，但其在大量引种和频繁交换的过程中偶尔会出现同名异物、同物异名的现象，导致茶树品种的混淆，不利于茶树育种工作的顺利进行。因此，科学准确地区分和鉴定茶树品种对于茶树育种工作而言至关重要。

2、目前茶树品种的鉴定已不单纯依据品种的形态特征进行，而更多采用构建茶树品种dna分子指纹图谱的方式。dna分子指纹图谱技术中，ssr(simple sequence repeat)和snp(single nucleotide polymorphism)分子标记已被国际植物新品种权保护联盟(upov)bmt分子测试指南和国内《植物品种鉴定dna指纹方法总则》(ny/t2594-2016)定为优先推荐的两种标记方法。但相比ssr标记数量和检测通量有限、数据读取费时耗力等劣势，snp分子标记具有数量多、基因组分布广、检测通量高、稳定性和遗传力高、鉴定简单等优点，更适用于快速、高通量的基因分型分析，因此其应用更为广泛。

3、然而，现有已知的利用茶树基因组信息开发的snp分子标记位点还十分有限，能够鉴定的茶树品种也并不多，例如周琳等运用est-snp基因分型技术得到了60个snp标记，但仅能鉴定40个茶树品种(周琳.est-snp分子标记技术在茶和咖啡中的开发与应用[d].南京农业大学，2017.)，并不能满足其他茶树品种的鉴定需求。

技术实现思路

1、本发明针对现有技术的不足，旨在提供用于茶树品种鉴定的核心snp标记，仅通过9个snp标记即可高效、准确地完成对48个茶树品种的区分鉴定。

2、本发明的第一目的是提供用于茶树品种鉴定的核心snp标记。

3、本发明的第二目的是提供上述核心snp标记在构建snp指纹图谱中的应用。

4、本发明的第三目的是提供检测上述核心snp标记的物质。

5、本发明的第四目的是提供上述物质在对茶树品种进行基因分型、鉴定、辅助鉴定和/或相似性检测中的应用。

6、本发明的第五目的是提供一种对茶树品种进行基因分型、鉴定、辅助鉴定和/或相似性检测的成套pcr试剂。

7、本发明的第六目的是提供上述成套pcr试剂在对茶树品种进行基因分型、鉴定、辅助鉴定和/或相似性检测中的应用。

8、本发明的第七目的是提供含上述成套pcr试剂的试剂盒。

9、本发明的第八目的是提供上述试剂盒在对茶树品种进行基因分型、鉴定、辅助鉴定和/或相似性检测中的应用。

10、本发明上述目的通过以下技术方案实现：

11、本发明首先提供了用于茶树品种鉴定的核心snp标记，包含9个snp标记，所述9个snp标记为snp标记1～9；

12、其中：

13、所述snp标记1为茶树基因组12号染色体上第10499834位碱基，为c或t；

14、所述snp标记2为茶树基因组1号染色体上第112201269位碱基，为a或t；

15、所述snp标记3为茶树基因组1号染色体上第15319304位碱基，为a或t；

16、所述snp标记4为茶树基因组15号染色体上第108293870位碱基，为c或t；

17、所述snp标记5为茶树基因组3号重叠群上第82703位碱基，为a或g；

18、所述snp标记6为茶树基因组1号染色体上第211875523位碱基，为c或t；

19、所述snp标记7为茶树基因组2号染色体上第199948884位碱基，为c或t；

20、所述snp标记8为茶树基因组6号染色体上第171140457位碱基，为a或g；

21、所述snp标记9为茶树基因组1191号重叠群上第124330位碱基，为c或t；

22、所述茶树品种为：编号ck1、ck2、hh03、rn046、z09、rn005、b02、rn109、z01、z03、hl01、cg22、rn056、hl03、rn131、rn009、z04、a02、hl04、rn150、b01、rn113、rn107、a01、hl02、z02、xc1、xc131-1、xc130-1、xc32-右1、xc12-右2、xc132-1、xc52-1、xc69-1、xc20-1、xc12-1、xc133-1、xc123-1、dyl3、dyl4、dyl1、dyl7、dyl2、dyl31、dyl15、yj45-6567、sys14、sys22的茶树品种。

23、本发明基于简化基因组测序技术，采用kasp(竞争性等位基因特异性pcr，kompetitive allele-specific pcr)系统对48个茶树品种进行基因分型，构建出各茶树品种的snp指纹图谱，最终确定了仅通过9个特定的snp标记就可高效、准确地完成对48个茶树品种的区分鉴定。本发明的这9个snp标记不仅丰富了茶树品种的分子标记，还可应用于茶树品种的基因分型、鉴定、辅助鉴定和相似性检测。因此，上述核心snp标记在构建snp指纹图谱中的应用、检测上述核心snp标记的物质、上述物质在对茶树品种进行基因分型、鉴定、辅助鉴定和/或相似性检测中的应用均应在本发明的保护范围之内。

24、优选地，所述物质包含引物1～27中的一条或几条，所述引物1～27的核苷酸序列如seq id no:1～seq id no:27所示。

25、优选地，所述物质包含引物组合1～9中的一组或几组，所述引物组合1包含核苷酸序列如seq id no:1～seq id no:3所示的引物组合；所述引物组合2包含核苷酸序列如seqid no:4～seq id no:6所示的引物组合；所述引物组合3包含核苷酸序列如seq id no:7～seq id no:9所示的引物组合；所述引物组合4包含核苷酸序列如seq id no:10～seq idno:12所示的引物组合；所述引物组合5包含核苷酸序列如seq id no:13～seq id no:15所示的引物组合；所述引物组合6包含核苷酸序列如seq id no:16～seq id no:18所示的引物组合；所述引物组合7包含核苷酸序列如seq id no:19～seq id no:21所示的引物组合；所述引物组合8包含核苷酸序列如seq id no:22～seq id no:24所示的引物组合；所述引物组合9包含核苷酸序列如seq id no:25～seq id no:27所示的引物组合。

26、基于此，本发明还提供了一种对茶树品种进行基因分型、鉴定、辅助鉴定和/或相似性检测的成套pcr试剂、上述成套pcr试剂在对茶树品种进行基因分型、鉴定、辅助鉴定和/或相似性检测中的应用、含上述成套pcr试剂的试剂盒、上述试剂盒在对茶树品种进行基因分型、鉴定、辅助鉴定和/或相似性检测中的应用。其中，所述成套pcr试剂包含引物1～27中的一条或几条，所述引物1～27的核苷酸序列如seq id no:1～seq id no:27所示。

27、本发明具有以下有益效果：

28、本发明基于简化基因组测序技术，采用kasp系统对48个茶树品种进行基因分型，构建出各茶树品种的snp指纹图谱，最终确定了仅通过9个特定的snp标记就可高效、准确地完成对48个茶树品种的区分鉴定。本发明的这9个snp标记不仅丰富了茶树品种的分子标记，还可应用于茶树品种的基因分型、鉴定、辅助鉴定和相似性检测。