一种鉴别或选育低脂系肉鸡的InDel分子标记及其应用

本发明属于家禽育种，具体涉或鉴别一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记及其应用。

背景技术：

1、在肉鸡生产过程中，腹部脂肪过度沉积成为一大难题。研究显示，鸡的过度腹部脂肪沉积不仅导致饲料转化率降低，也改变了肌肉与脂肪的比例，进一步影响肉质品质。此外，脂肪的过度沉积在种鸡中还可能引起脂肪肝综合症，这将严重影响其产蛋率、受精率和孵化率，并提高死淘率。因此，对鸡体内腹部脂肪沉积的有效控制，不仅可以提高饲料转化效率和胴体质量，还能改善种鸡的繁殖性能，这一问题已成为全球鸡育种研究的重大挑战。由此看来，肉鸡体内沉积过多的脂肪将会给生产者、加工者和消费者造成显而易见的经济损失。然而，传统的育种方法依赖表型选择，耗时长且效率低，难以适应现代高效畜牧业的育种需求。

2、随着分子遗传学和家禽基因组学研究的不断发展，研究者们已经开始着重研究利用各种遗传标记进行育种，并探究肉鸡腹脂沉积性状的遗传机制。分子标记辅助选择是通过对决定目标性状的分子标记进行选择，从而达到选择目标性状的目的，具有快速、准确、不受环境条件干扰的优点。将传统育种方法和现代的分子遗传学方法结合起来运用于肉鸡育种可以极大地提高选择效率，并进一步提高肉鸡的生产性能。但是，标记辅助选择除了利用传统选择用到的表型、系谱信息外，还需要充分利用了遗传标记的信息。因此，成功实施分子标记辅助选择的关键在于有效识别控制肉鸡腹部脂肪沉积的关键遗传标记。

技术实现思路

1、基于以上不足之处，本发明提供一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记及其应用，用于通过有效识别控制肉鸡腹部脂肪沉积的关键遗传标记选育或鉴别低脂系肉鸡。

2、本发明所采用的技术方案如下：一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记为seq id no.1所示核苷酸序列。

3、本发明的另一目的是提供一种indel分子标记在鉴别或选育低脂系肉鸡中的应用，所述的分子标记能够影响鸡腹部脂肪沉积，根据鸡基因组grcg7b第7号染色体上的从5’端起的第22288438和第22288439之间的基因型进行判断，具有所述的分子标记的纯合个体的腹部脂肪含量显著高于不具有所述的分子标记的纯合或杂合个体，所述的分子标记的序列如seq id no.1所示。

4、本发明的另一目的是提供一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记的特异性引物对，上游引物序列如seq id no.2所示，下游引物序列如seq no.3所示。

5、本发明的另一目的是提供如上所述的特异性引物对在鉴别或选育低脂系肉鸡中的应用。

6、本发明的另一目的是提供一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记试剂盒，含有特异性引物对：上游引物序列如seq id no.2所示，下游引物序列如seq no.3所示。

7、本发明的另一目的是提供如上所述的indel分子标记试剂盒在选育或鉴别低脂系肉鸡中的应用。

8、本发明的另一目的是提供一种鉴别或选育低脂系肉鸡的方法，方法步骤如下：s1：提取待测鸡血液dna；

9、s2：利用dna特异性引物对进行pcr扩增，获取扩增产物，所述的特异性引物对：上游引物序列如seq no.2所示，下游引物序列如seq no.3所示；

10、s3：将所述扩增产物经测序后，获取分子标记的基因型，当扩增产物为250bp，序列如seq id no.4所示为del型；当扩增产物为263bp，序列如seq id no.5所示为in型；根据基因分型结果，判断待测样本鸡的腹脂性状：基因型均为deldel的腹部脂肪含量显著低于基因型inin的个体。

11、进一步的，如上所述的indel分子标记方法，所述的pcr扩增的反应体系，以25μl计为：待测dna 500ng、含有loading dye的2×taq pcr mix 12.5μl、10μm上游引物1μl、10μm下游引物1μl、无菌水补足至25μl。

12、进一步的，如上所述的indel分子标记方法，pcr扩增的反应条件为：94℃预变性3min；94℃变性30sec，56℃退火30sec，72℃延伸60sec，共30循环；72℃延伸5min；-20℃保存。

13、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：本发明的分子标记能够作为等位基因特异性增强子，通过远程增强igfbp2和igfbp5的转录，进而调控肉鸡腹部脂肪含量。本发明为肉鸡腹部脂肪沉积性状的标记辅助选择提供了新的标记靶点，具有提高肉鸡的饲料转化效率，加快优质肉鸡育种改良进程的优点。

技术特征：

1.一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记，其特征在于，所述的分子标记为seqid no.1所示核苷酸序列。

2.一种indel分子标记在鉴别或选育低脂系肉鸡中的应用，所述的分子标记能够影响鸡腹部脂肪沉积，根据鸡基因组grcg7b第7号染色体上的从5’端起的第22288438和第22288439之间的基因型进行判断，具有所述的分子标记的纯合个体的腹部脂肪含量显著高于不具有所述的分子标记的纯合或杂合个体，所述的分子标记的序列如seq id no.1所示。

3.一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记的特异性引物对，其特征在于：上游引物序列如seq id no.2所示，下游引物序列如seq no.3所示。

4.根据权利要求2所述的特异性引物对在鉴别或选育低脂系肉鸡中的应用。

5.一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记试剂盒，其特征在于：含有特异性引物对：上游引物序列如seq id no.2所示，下游引物序列如seq no.3所示。

6.根据权利要求3所述的indel分子标记试剂盒在选育或鉴别低脂系肉鸡中的应用。

7.一种鉴别或选育低脂系肉鸡的方法，其特征在于，方法步骤如下：

8.根据权利要求7所述的一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记方法，其特征在于：所述的pcr扩增的反应体系，以25μl计为：待测dna 500ng、含有loading dye的2×taqpcr mix 12.5μl、10μm上游引物1μl、10μm下游引物1μl、无菌水补足至25μl。

9.根据权利要求8所述的一种鉴别或选育低脂系肉鸡的indel分子标记方法，其特征在于：pcr扩增的反应条件为：94℃预变性3min；94℃变性30sec，56℃退火30sec，72℃延伸60sec，共30循环；72℃延伸5min；-20℃保存。

技术总结本发明公开一种鉴别或选育低脂系肉鸡的InDel分子标记及其应用，属于家禽育种技术领域，所述的分子标记为SEQ ID No.1所示核苷酸序列，位于鸡基因组GRCg7b版本的7号染色体上的从5’端起的第22288438位点和第22288439位点之间含有分子标记序列，基因型DelDel个体具有比基因型InIn个体更低的腹部脂肪含量。选择基因型DelDel个体进行留种，可迅速减少肉鸡的腹部脂肪含量，提高肉鸡的饲料转化效率，加快优质肉鸡育种改良进程。技术研发人员：张慧,申林用,赵莉茹,李辉,陈恒聪,张福阳,曹志平,栾鹏,李玉茂受保护的技术使用者：东北农业大学技术研发日：技术公布日：2024/9/2