一种检测猪肌内脂肪含量的SNP分子标记、含该分子标记的引物及应用

本发明涉及一种检测猪肌内脂肪含量的snp分子标记、含该分子标记的引物及应用，属于分子生物学。

背景技术：

1、我国是肉类生产和消费大国，肉类总产量占世界总产量三分之一左右，其中猪肉占到一半以上。近年来，随着人们生活水平的不断提高，对猪肉的需求逐渐由“量”向“质”转变，即猪肉的品质问题成为人们日益关注的重点，美味、营养、健康肉品已成为人们追求的新目标。肌内脂肪性状是提升猪肉品质的核心要素之一，具有较高的经济价值，然而常规选育效果有限，分子改良潜力巨大。肌内脂肪与猪肉嫩度和适口性显著相关，其含量高低已成为衡量猪肉品质的主要因素之一。因此，通过提高猪肉中肌内脂肪含量对于改善猪肉肉质、提高食用价值、满足广大消费者的要求具有重要的现实意义。

2、肌内脂肪含量是一个中等遗传力性状，理论上讲，常规表型选择方法对这类性状的选育提高具有较好的效果。然而，肌内脂肪含量只有屠宰后才能确定，无法在活体进行直接测定，利用标记辅助选择技术可以实现对其的活体选育，而找到肌内脂肪含量的关键基因或紧密连锁标记是进行标记辅助选择的前提。单核苷酸多态性（snps）作为遗传标记，snp是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的一种dna序列多态性，通过在全基因组水平上筛选与肌内脂肪含量关联的snp位点，根据snp在基因组中的位置以及连锁不平衡分析推测可能的候选基因，再对这些候选基因与肌内脂肪的关系进行验证和功能研究。因此，开发和利用分子标记及相关检测技术使得肌内脂肪性状在遗传育种改良中获得较快进展。

3、肌内脂肪沉积的微环境较为复杂，其中细胞外基质（ecm）的组分影响了肌内脂肪的沉积条件。ecm是组织中细胞以外的非细胞部分，包括三维的网状结构和填充网状结构的胶状结构。已经有研究表明ecm的组分变化，如纤连蛋白、胶原蛋白，会影响肌内脂肪沉积的程度。组织蛋白酶家族是一类酸性环境中被活化的溶酶体蛋白酶，可以释放到胞外降解ecm成分，如纤连蛋白和胶原酶。组织蛋白酶s（cathepsin s，ctss）是该家族的成员之一，已有研究已经证实ctss起到促进脂肪生成的作用，此外ctss也在肥胖中的脂肪组织中表达升高。因此ctss基因可能是一个影响脂肪沉积的重要候选基因，筛选该基因上的snp位点能为肌内脂肪性状的分子选育工作提供技术基础，然而目前还没有针对ctss基因进行肌内脂肪的研究。

技术实现思路

1、本发明的目的是针对现有技术存在的缺陷，提出一种检测猪肌内脂肪含量的snp分子标记、含该分子标记的引物及应用，方便快速地判断猪肉肌内脂肪含量，从而为获得更好的肉质提供依据。

2、本发明通过以下技术方案解决技术问题：一种检测猪肌内脂肪含量的snp分子标记，所述snp分子标记位于ctss基因第三内含子区域猪第四染色体98424251号碱基处，所述snp分子标记的基因型是gg、ga或aa。编号为g.98424251 a>g。

3、当所述snp分子标记的基因型为aa型时，猪肉肌内脂肪含量高于gg基因型。即该突变位点为aa基因型的样品肌内脂肪含量高于该突变位点为gg基因型的样品，根据ctss基因内含子区域的g.98424251 a>g突变位点确定猪肉的肌内脂肪含量情况。

4、本发明进一步提供一种含有检测猪肌内脂肪含量的snp分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列如seq no.1和seq no.2所示，ctss-f：5’- caactgcaccaagtcaat -3’seq no.1；

5、ctss-r：5’- agcccacatttctttctaac -3’ seq no.2。扩增产物序列如seq no.3所示。

6、本发明再进一步提供一种含有检测猪肌内脂肪含量的snp分子标记的引物对的应用，用于对snp分子标记的g/a突变位点进行基因分型的试剂盒，所述试剂盒内含有核苷酸序列如seq no.1 和seq no.2所示的引物对。

7、本发明更进一步提供一种含有检测猪肌内脂肪含量的snp 分子标记的引物对的应用，其用于辅助选育猪高肌内脂肪性状遗传改良中肌内脂肪含量的判断方法。

8、上述两项应用的判定标准是：对所述snp 分子标记的g/a突变位点进行基因分型，基因型为aa的猪肉样品的肌内脂肪含量高于基因型为gg的猪肉样品的肌内脂肪含量。

9、本发明的有益效果：通过研究影响脂质沉积的ctss基因与肌内脂肪含量相关性，在内含子区域筛选出了一个与肌内脂肪含量相关的snp位点g.98424251 a>g，从而获得了与肌内脂肪含量相关的功能基因和分子遗传标记，为进一步控制猪肉肌内脂肪含量奠定基础，对于提高肉品质具有重要意义，可以方便快速地判断猪肉肌内脂肪含量情况，从而获得更好肉质提供依据。

技术特征：

1.一种检测猪肌内脂肪含量的snp 分子标记，其特征在于：所述snp分子标记位于ctss基因第三内含子区域猪第四染色体98424251号碱基处，所述snp分子标记的基因型是gg、ga或aa。

2.根据权利要求1所述检测猪肌内脂肪含量的snp 分子标记，其特征在于：当所述snp分子标记的基因型为aa型时，猪肉肌内脂肪含量高于gg基因型。

3.一种含有检测猪肌内脂肪含量的snp 分子标记的引物对，其特征在于：所述引物对的核苷酸序列如seq no.1 和seq no.2所示。

4.一种含有检测猪肌内脂肪含量的snp 分子标记的引物对应用，其特征在于：用于对snp 分子标记的g/a突变位点进行基因分型的试剂盒，所述试剂盒内含有核苷酸序列如seqno.1 和seq no.2所示的引物对。

5.一种含有检测猪肌内脂肪含量的snp 分子标记的引物对应用，其特征在于：用于辅助选育猪高肌内脂肪性状遗传改良中肌内脂肪含量的判断方法。

6.根据权利要求4或5所述含有检测猪肌内脂肪含量的snp 分子标记的引物对应用，其特征在于：对所述snp 分子标记的g/a突变位点进行基因分型，基因型为aa的猪肉样品的肌内脂肪含量高于基因型为gg的猪肉样品的肌内脂肪含量。

技术总结本发明涉及一种检测猪肌内脂肪含量的SNP分子标记、含该分子标记的引物及应用，属于分子生物学技术领域。本发明中变异位点位于猪CTSS基因第三内含子区域（猪第四染色体98424251号碱基处），具有多态性SNP位点，所述SNP位点的基因型是GG、GA或AA，可根据该突变位点的基因型确定猪肉肌内脂肪含量情况。本发明在猪CTSS基因内含子区域筛选了一个与猪肉肌内脂肪含量相关的SNP位点，从而获得了与肌内脂肪含量相关的功能基因和分子遗传标记。本发明的有益效果：通过优选猪CTSS基因内含子SNP位点的优势等位基因，能够为猪肌内脂肪含量的分子标记辅助育种提供标记资源，为猪肉品质改良提供新的途径。技术研发人员：陈杰,赵月雷,张立凡,田野,韦伟受保护的技术使用者：南京农业大学技术研发日：技术公布日：2024/9/2