基于施氏獭蛤基因组的InDel标记开发的引物组及其应用

【】本发明涉及分子标记，特别涉及基于施氏獭蛤基因组的indel标记开发的引物组及其应用。

背景技术

0、背景技术：

1、施氏獭蛤(lutraria sieboldii)属于瓣鳃纲、异齿亚纲、帘蛤目、蛤蜊总科、蛤蜊科、獭蛤属，俗称象鼻螺，是一种埋栖型双壳经济贝。施氏獭蛤主要生活在潮间带至水深10m的沙层或沙泥中，有潜沙习性，足部和水管极其发达，成贝壳长10～12cm。施氏獭蛤最适生长水温为20～28℃，生长速度快，大致养殖一年半即可达到理想的商品规格，具有较高的经济价值。近年，在高额利润的诱惑下，人们对施氏獭蛤商品贝的需求量不断增大,当地渔民通过潜水作业的方式，对海底成片分布的施氏獭蛤进行大肆采捕，远远超过了其资源的再生能力，致使北部湾海域的施氏獭蛤天然资源量锐减。目前，施氏獭蛤的研究主要集中在生态观察、中间培育、性腺及胚胎发育、人工养殖方面，在遗传方面，尤其是共显性分子标记的开发和应用方面的研究鲜见报道，且indel标记在施氏獭蛤中尚未开发。

2、indel是指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生不同大小核苷酸片段的插入或缺失(insertion-deletion)，是同源序列比对产生空位(gap)的现象。indel的产生来源于基因组序列本身特征、dna复制错误、移动元件插入、转座子复制和插入、同类重读拷贝不等交换和序列异常重组等各种因素。indel在基因组中分布广泛、数目众多，而且其分布密度仅次于snp。indel标记具有以下优点：(1)广泛分布在基因组、变异稳定；(2)密度相对较高、易于检测；(3)多态性高、重复性好；(4)操作简单、对设备要求较低。因此，indel标记在种质资源分析与分子辅助遗传育种、群体遗传分析、图位克隆、基因定位及遗传图谱的构建等领域发挥着巨大的作用。目前，indel标记在施氏獭蛤中尚未开发。为进一步做好施氏獭蛤的选育工作，提高施氏獭蛤的品质，本研究拟利用施氏獭蛤重测序开发indel分子标记并验证；进一步利用开发indel标记对北部湾的4个施氏獭蛤群体进行遗传多样性分析。

技术实现思路

0、技术实现要素：

1、鉴于上述内容，有必要针对施氏獭蛤基因组的indel标记进行开发，并对分子标记进行验证；利用开发indel标记对北部湾的4个施氏獭蛤群体进行遗传多样性和聚类分析，能为施氏獭蛤的分子辅助遗传育种、群体遗传分析、图位克隆、基因定位及遗传图谱的构建等领域发挥着巨大的作用。

2、为达到上述目的，本发明所采用的技术方案是：

3、基于施氏獭蛤基因组indel标记开发的引物组，所述引物组包括核苷酸序列如seqid no.1-24所示的12对indel引物。

4、本发明还包括包含所述的引物组的试剂盒。

5、进一步的，其还包括进行pcr反应和/或电泳所需的试剂。

6、本发明还包括所述的引物组或者所述的试剂盒在施氏獭蛤聚类分析和/或遗传多样性分析中的应用。

7、本发明还包括所述的引物组或者所述的试剂盒在区分不同地域施氏獭蛤种质中的应用。

8、进一步的，所述不同地域为广西壮族自治区北海市、广西壮族自治区北海市合浦县、广西壮族自治区防城港市和广东省湛江市。

9、本发明具有如下有益效果：

10、1、本发明基于施氏獭蛤基因组indel标记开发出12对indel引物对，使用该indel标记的施氏獭蛤群体的平均等位基因17.500；平均香农信息指数1.928，高于现有技术；多态信息含量(pic)的平均值为0.764，11个indel位点的多态信息含量(pic)均大于0.5，具有高多态性的特点，能有效的对施氏獭蛤进行遗传分析和聚类分析，能为后期提高对施氏獭蛤种质资源的利用奠定了坚实基础和理论基础。

技术特征：

1.基于施氏獭蛤基因组indel标记开发的引物组，其特征在于，所述引物组包括核苷酸序列如seq id no.1-24所示的12对indel引物。

2.包含权利要求1所述的引物组的试剂盒。

3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，其还包括进行pcr反应和/或电泳所需的试剂。

4.如权利要求1所述的引物组或者权利要求2或3所述的试剂盒在施氏獭蛤聚类分析和/或遗传多样性分析中的应用。

5.如权利要求1所述的引物组或者权利要求2或3所述的试剂盒在区分不同地域施氏獭蛤种质中的应用。

6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，所述不同地域为广西壮族自治区北海市、广西壮族自治区北海市合浦县、广西壮族自治区防城港市和广东省湛江市。

技术总结本发明涉及分子标记技术领域，特别涉及基于施氏獭蛤基因组的InDel标记开发的引物组及其应用，本发明基于施氏獭蛤基因组InDel标记开发出12对InDel引物对，使用该InDel标记的施氏獭蛤群体的平均等位基因17.500；平均香农信息指数1.928，高于现有技术；多态信息含量(PIC)的平均值为0.764，11个InDel位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5，具有高多态性的特点，能有效的对施氏獭蛤进行遗传分析和聚类分析，能为后期提高对施氏獭蛤种质资源的利用奠定了坚实基础和理论基础。技术研发人员：杨果豪,王鹏良,韩春丽受保护的技术使用者：北部湾大学技术研发日：技术公布日：2024/9/26