诱导IL-10的多肽及其用途的制作方法
- 国知局
- 2024-06-20 11:00:43
本发明涉及多肽,其能够诱导和/或增强由人细胞分泌il-10。本发明还涉及编码此类多肽的核酸、表达此类多肽的细胞、各自的药物组合物及其用途。
背景技术:
1、人肠道微生物群(him)是1014种细菌的庞大且复杂的群落,其定植于人胃肠道(git),并且现在被认为是一个隐藏的人体器官。him具有非常重要的功能,如维持肠道稳态、抑制病原体生长、产生抗菌化合物和改善肠道屏障功能。许多证据支持这样一个事实,即数种胃肠道疾患(包括炎症性肠病(ibd)、非酒精性脂肪性肝炎(nash)、酒精性肝病以及甚至脑活动(肠脑轴))可能是肠道微生物群平衡改变(生态失调)的结果,导致特定代谢物和蛋白质的异常产生。在过去十年中,大量文献已经描述了细菌代谢物的鉴定及其对人的健康的潜在效果(levy m,thaiss ca,elinav e.metabolites:messengers between themicrobiota and the immune system.genes dev.2016;30(14):1589-97;guo cj,changfy,wyche tp,backus km,acker tm,funabashi m,taketani m,donia ms,nayfach s,pollard ks,craik cs,cravatt bf,clardy j,voigt ca,fischbach ma.discovery ofreactive microbiota-derived metabolites that inhibit hostproteases.cell.2017;168(3):517-526.e18)。
2、目前,细菌蛋白与人肠道细胞之间相互作用的研究正在兴起(weigele ba,orchard rc,jimenez a,cox gw,alto nm.a systematic exploration of theinteractions between bacterial effector proteins and host cell membranes.natcommun.2017;8(1):532;guven-maiorov e,tsai cj,nussinov r.structural host-microbiota interaction networks.plos comput biol.2017;13(10):e1005579)。微生物蛋白可以具有与许多人受体(如gpcr、激酶受体和转运蛋白)相互作用的能力,并且可以影响参与免疫监视、代谢和细胞完整性的许多不同信号传导途径。已经提出了人和微生物蛋白质之间的分子模拟:大肠杆菌蛋白clpb,模拟人类αmsh,一种在饱腹感信号传导中发挥关键作用的神经肽(breton j,tennoune n,lucas n,francois m,legrand r,jacquemot j,goichon a,guérin c,peltier j,pestel-caron m,chan p,vaudry d,do rego jc,liénard f,pénicaud l,fioramonti x,ebenezer is,t,déchelotte p,fetissov so(2016)gut commensal e.coli proteins activate host satiety pathways followingnutrient-induced bacterial growth.cell metab 2016年2月9日;23(2):324-34);幽门螺杆菌(helicobacter pylori)caga与人肿瘤抑制因子tp53bp2相互作用(buti l,spoonere,van der veen ag,rappuoli r,covacci a,ploegh hl.(2011)helicobacter pyloricytotoxin-associated gene a(caga)subverts the apoptosis-stimulating proteinof p53(aspp2)tumor suppressor pathway of the host.proc natl acad sci u s a2011年5月31日;108(22):9238-43);来自嗜酸乳杆菌(lactobacillus acidophilus)的slpa是一种dc-sign配体,其功能性地参与dc和t细胞功能的调节(konstantinov sr,smidth,de vos wm,bruijns sc,singh sk,valence f,molle d,lortal s,altermann e,klaenhammer tr,van kooyk y.(2008)slayer protein a of lactobacillusacidophilus ncfm regulates immature dendritic cell and t cell functions.procnatl acad sci u s a.2008年12月9日;105(49):19474-9);已经显示了来自具核梭杆菌(fusobacterium nucleatum)的fap2通过与肿瘤表达的gal-galnac结合来介导结直肠腺癌富集,并且与tigit受体结合(gur c,ibrahim y,isaacson b,yamin r,abed j,gamliel m,enk j,bar-on y,stanietsky-kaynan n,coppenhagen-glazer s,shussman n,almogy g,cuapio a5,hofer e,mevorach d,tabib a,ortenberg r,markel g,k,jonjic s,brennan ca,garrett ws,bachrach g,mandelboim o.(2015)binding of the fap2protein of fusobacterium nucleatum to human inhibitory receptor tigitprotects tumors from immune cell attack.immunity.2015年2月17日;42(2):344-355)。
3、因此,来自共生细菌的蛋白质可能通过模拟宿主蛋白质并直接与宿主细胞和免疫系统相互作用而具有治疗应用。
4、白细胞介素-10(il-10)是一种关键免疫调节性细胞因子,由许多细胞类型产生,如淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞、肥大细胞和肠上皮细胞(shouval ds,biswas a,goettelja,mccann k,conaway e,redhu ns,mascanfroni id,al adham z,lavoie s,ibourk m,nguyen dd,samsom jn,escher jc,somech r,weiss b,beier r,conklin ls,ebens cl,santos fg,ferreira ar,sherlock m,bhan ak,müller w,mora jr,quintana fj,kleinc,muise am,horwitz bh,snapper sb(2014)interleukin-10receptor signaling ininnate immune cells regulates mucosal immune tolerance and anti-inflammatorymacrophage function.immunity.2014年5月15日;40(5):706-19),主要功能是限制粘膜免疫反应和维持肠道稳态。
5、il-10通常被认为是“抗炎细胞因子的原型”,并且已知它下调th1细胞因子、mhcii类抗原和巨噬细胞上共刺激分子的表达。其抑制作用主要是针对最典型的炎症标志物,如il-1、il-6、tnf-α、gm-csf和ifn-γ。三种主要的促炎细胞因子il-1β、il-6和tnf-α负责许多疾病的炎症性状态的发生和维持。虽然il-10能够抑制th1型和th2型反应两者,但对th1亚群的影响占主导地位,并且il-10被认为是th2反应的启动子(多效性作用)。此外,il-10还增强b细胞的存活、增殖、抗体产生以及抗炎因子(包括可溶性tnf-α受体和il-1ra)的产生。
6、il-10基因座的多态性会赋予溃疡性结肠炎和克罗恩病的风险(franke a,balschun t,karlsen th,sventoraityte j,nikolaus s,mayr g,domingues fs,albrechtm,nothnagel m,ellinghaus d,sina c,onnie cm,weersma rk,stokkers pc,wijmenga c,gazouli m,strachan d,mcardle wl,vermeire s,rutgeerts p,rosenstiel p,krawczakm,vatn mh;ibsen study group,mathew cg,schreiber s(2008)sequence variants inil10,arpc2 and multiple other loci contribute to ulcerative colitissusceptibility.nat genet.2008年11月;40(11):1319-23;franke a,mcgovern dp,barrett jc,...parkes m.(2010)genome-wide meta-analysis increases to 71thenumber of confirmed crohn's disease susceptibility loci.nat genet.2010年12月;42(12):1118-25),并且缺乏il-10或il-10受体(il-10r)的小鼠和人表现出严重的肠道炎症,这一过程由1型和17型辅助性t细胞免疫反应和显著的促炎细胞因子分泌主导(begueb,verdier j,rieux-laucat f,goulet o,morali a,canioni d,hugot jp,daussy c,verkarre v,pigneur b,fischer a,klein c,cerf-bensussan n,ruemmele fm.(2011)defective il10 signaling defining a subgroup of patients with inflammatorybowel disease.am j gastroenterol.8月;106(8):1544-55;moran cj,walters td,guoch,kugathasan s,klein c,turner d,wolters vm,bandsma rh,mouzaki m,zachos m,langer jc,cutz e,benseler sm,roifman cm,silverberg ms,griffiths am,snappersb,muise am.(2013)il-10r polymorphisms are associated with very-early-onsetulcerative colitis.inflamm bowel dis.1月;19(1):115-23)。
7、有鉴于此,重组人il-10已成为急性和慢性炎症性疾病、自身免疫性疾患和过敏性疾病、移植后移植器官排斥反应和移植物抗宿主病以及传染病的候选药物。然而,用高剂量重组人il-10的研究揭示了与高剂量重组人il-10的副作用和针对重组人il-10的抗体开发相关的数个问题,限制了它在治疗应用中的有用性(fioranelli m.2014,twenty-fiveyears of studies and trials for the therapeutic application of il-10immunomodulating properties.from high doses administration to low dosemedicine new paradigm.j integr cardiol 1:doi:10.15761/jic.1000102)。
8、因此,需要通过除了施用高剂量重组人il-10以外的方式,在治疗应用中提供增加的il-10水平。有鉴于此,本发明的目的是提供能够诱导(内源性)il-10分泌的化合物。
9、通过下面列出的主题(特别是在本发明提供的条款(item)和所附权利要求中的主题)来实现该目的。
技术实现思路
1、本发明提供特别是以下条款:
2、1.多肽,其包含根据通式(i)所述的氨基酸序列或由其组成:
3、scx1x2x3ylx4 (i)
4、其中
5、x1可以是任何氨基酸,
6、x2可以是任何氨基酸,
7、x3可以是任何氨基酸或缺失,和
8、x4是p或d。
9、2.根据条款1所述的多肽,其包含根据通式(ia)所述的氨基酸序列或由其组成:
10、kgsrscx1x2x3ylx4 (ia)
11、其中x1-x4如第1条中所定义。
12、3.根据条款1或2所述的多肽,其中x3缺失,并且x4是p。
13、4.根据条款3所述的多肽,其包含根据seq id no:5或6所述的氨基酸序列或由其组成[scffylp或kkgsrscffylp]。
14、5.根据条款1或2所述的多肽,其中x3可以是任何氨基酸,并且x4是d。
15、6.根据条款5所述的多肽,其包含根据seq id no:7或8所述的氨基酸序列或由其组成[scffiyld或kgsrscffiyld]。
16、7.根据前述条款中任一项所述的多肽,其包含两个半胱氨酸残基,任选地形成二硫键。
17、8.根据前述条款中任一项所述的多肽,其包含根据条款1至条款6中任一项所述的两个氨基酸序列,其中所述两个氨基酸序列可以相同或不同。
18、9.多肽,其包含根据通式(ii)所述的氨基酸序列或由其组成:
19、cx1x2x3ylx4x5x6x7x8x9kgsrx10c (ii)
20、其中
21、x1可以是任何氨基酸,
22、x2可以是任何氨基酸,
23、x3可以是任何氨基酸或缺失,
24、x4是p或d,
25、x5可以是任何氨基酸,
26、x6可以是任何氨基酸或缺失,
27、x7可以是任何氨基酸,
28、x8可以是任何氨基酸,
29、x9是k或q,和
30、x10可以是任何氨基酸。
31、10.根据前述条款中任一项所述的多肽,其包含根据通式(iia)所述的氨基酸序列或由其组成:
32、scffx3ylx4rx6gx8x9kgsrx10c (iia)
33、其中
34、x3是i或缺失,
35、x4是p或d,
36、x6是q或缺失,
37、x8是t或y,
38、x9是k或q,和
39、x10是s或g。
40、11.根据条款9或10所述的多肽,其中x3或x6缺失,但不是x3和x6缺失。
41、12.根据前述条款中任一项所述的多肽,其长度为至少17个氨基酸。
42、13.多肽,其包含根据seq id no:1所述的氨基酸序列或由其组成,其中,任选地,0、1、2、3、4、5、6、7或8个氨基酸可以被替换、添加和/或缺失,但条件是维持seq id no:1第6位的丝氨酸残基。
43、14.根据条款13所述的多肽,其包含如前述条款中任一项所定义的氨基酸序列。
44、15.根据条款13或14所述的多肽,其中维持在seq id no:1第7和/或23位的半胱氨酸残基。
45、16.根据前述条款中任一项所述的多肽,其中所述多肽不包含根据seq id no:2所述的氨基酸序列。
46、17.根据前述条款中任一项所述的多肽,其中所述多肽的长度为不大于120个氨基酸。
47、18.根据前述条款中任一项所述的多肽,其中所述多肽能够诱导和/或增强由人细胞分泌il-10。
48、19.根据条款18所述的多肽,其中所述人细胞是人免疫细胞,优选pbmc。
49、20.根据条款18或19所述的多肽,其中所述人细胞是单核细胞。
50、21.根据条款18至20中任一项所述的多肽,其中由用所述多肽刺激的人细胞分泌il-10与用脂多糖(lps)(例如用10ng/ml或100ng/ml lps)刺激分泌il-10相同或比其更高。
51、22.根据前述条款中任一项所述的多肽,其中所述多肽包含根据seq id no:1所述的氨基酸序列或由其组成。
52、23.根据前述条款中任一项所述的多肽,其中所述多肽包含根据seq id no:9所述的氨基酸序列或由其组成。
53、24.核酸,其包含编码根据前述条款中任一项所述的多肽的多核苷酸。
54、25.根据条款24所述的核酸,其中所述核酸是dna分子或rna分子;优选选自基因组dna;cdna;sirna;rrna;mrna;反义dna;反义rna;核酶;互补rna和/或dna序列;有或没有表达元件、调节元件和/或启动子的rna和/或dna序列;载体;及其组合。
55、26.根据条款24或25所述的核酸,其中编码所述多肽的多核苷酸的核酸序列与seqid no:10共有至少80%的序列同一性。
56、27.根据条款24至26中任一项所述的核酸,其中编码所述多肽的多核苷酸是针对原核细胞(优选细菌)表达而密码子优化的。
57、28.表达盒,其包含编码根据条款1至23中任一项所述的多肽的多核苷酸,以及与其可操作地连接的调节元件,所述调节元件优选用于在原核细胞(例如细菌)中表达。
58、29.根据条款28所述的表达盒,其包含用于编码多肽的异源表达和/或过度表达的调节元件。
59、30.载体,其包含根据条款24至27中任一项所述的核酸或根据条款28或29所述的表达盒。
60、31.(宿主)细胞,其表达根据条款1至23中任一项所述的多肽;或包含根据条款24至27中任一项所述的核酸、根据条款28或29所述的表达盒、或根据条款30所述的载体。
61、32.根据条款31所述的(宿主)细胞,其中所述(宿主)细胞是细菌,优选基因工程改造的细菌。
62、33.基因工程改造的细菌,其能够诱导和/或增强由人细胞分泌il-10,所述细菌包含根据条款24至27中任一项所述的核酸、根据条款28或29所述的表达盒、或根据条款30所述的载体。
63、34.基因工程改造的细菌,其(过度)表达根据条款1至23中任一项所述的多肽。
64、35.培养基,其包含根据条款1至23中任一项所述的多肽、根据条款31或32所述的(宿主)细胞、或根据条款33或34所述的细菌。
65、36.根据条款35所述的培养基,其进一步包含(自身)抗原。
66、37.分离的人细胞,其用根据条款35或36所述的培养基进行培养。
67、38.根据条款37所述的细胞,其中所述细胞是人免疫细胞,优选pbmc。
68、39.根据条款37或38所述的细胞,其中所述细胞是单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞或淋巴细胞,优选t淋巴细胞。
69、40.药物组合物,其包含根据条款1至23中任一项所述的多肽、根据条款24至27中任一项所述的核酸、根据条款30所述的载体、根据条款31或32所述的细胞、根据条款33或34所述的细菌、或根据条款37至39中任一项所述的人细胞,并且任选地包含药学上可接受的赋形剂或载剂。
70、41.用于医药用途的根据条款1至23中任一项所述的多肽、根据条款24至27中任一项所述的核酸、根据条款30所述的载体、根据条款31或32所述的细胞、根据条款33或34所述的细菌、根据条款37至39中任一项所述的人细胞、或根据条款40所述的药物组合物。
71、42.根据条款41所述的用于用途的多肽、核酸、载体、细胞、细菌、人细胞或药物组合物,其用于治疗炎症性疾病或自身免疫性疾患。
72、43.根据条款41所述的用于用途的多肽、核酸、载体、细胞、细菌、人细胞或药物组合物,其用于治疗炎症性肠病(ibd)。
73、44.根据条款41所述的用于用途的多肽、核酸、载体、细胞、细菌、人细胞或药物组合物,其用于治疗过敏。
74、45.用于减轻、治疗、缓解症状或改善受试者的炎症性疾病或自身免疫性疾患的方法,所述方法包括步骤:向所述受试者施用根据条款1至23中任一项所述的多肽、根据条款24至27中任一项所述的核酸、根据条款30所述的载体、根据条款31或32所述的细胞、根据条款33或34所述的细菌、根据条款37至39中任一项所述的人细胞、或根据条款40所述的药物组合物。
75、46.用于诱导和/或增强受试者的il-10分泌的方法,所述方法包括步骤:向所述受试者施用根据条款1至23中任一项所述的多肽、根据条款24至27中任一项所述的核酸、根据条款30所述的载体、根据条款31或32所述的细胞、根据条款33或34所述的细菌、根据条款37至39中任一项所述的人细胞、或根据条款40所述的药物组合物。
76、47.用于诱导受试者的耐受的方法,所述方法包括步骤:向所述受试者施用根据条款1至23中任一项所述的多肽、根据条款24至27中任一项所述的核酸、根据条款30所述的载体、根据条款31或32所述的细胞、根据条款33或34所述的细菌、根据条款37至39中任一项所述的人细胞、或根据条款40所述的药物组合物。
77、在下面更详细地描述本发明,特别是上面概述的条款。
78、定义
79、除非本文另有定义,否则本技术中使用的科学术语和技术术语应当具有本领域普通技术人员通常理解的含义。此外,除非上下文另有要求,否则本文中使用的命名法以及细胞和组织培养技术是本领域公知且常用的那些。
80、此类技术在文献中充分解释,如owen等人(kuby immunology,第7版,2013–w.h.freeman)和sambrook等人(molecular cloning:a laboratory manual第4版,coldspring harbor laboratory press-cold spring harbor,美国ny,2012)。
81、尽管如此,关于在本说明书全文中使用不同的术语,更特别地应用以下定义。
82、如本文所用的术语“(多)肽”是指肽和/或多肽。术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”和这些术语的变体是指肽、寡肽、多肽或包含相互连接的至少两个氨基酸的蛋白质,优选通过正常肽键连接,或者可替选地,通过修饰的肽键连接,例如在等排(isosteric)肽的情况下。特别是,术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”是指经由肽键(-nhco-)连接在一起的任何长度的氨基酸连续链。肽、多肽和蛋白质可以在体外和/或体内的细胞中发挥结构和/或功能作用。术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”优选涵盖大小范围为2至至少约1000个氨基酸残基的氨基酸链。术语“肽”优选在本文中涵盖大小为小于约30个氨基酸的氨基酸链,而术语“多肽”和“蛋白质”优选涵盖大小为至少30个氨基酸的氨基酸链。术语“多肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用。在一些实施方案中,术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”还包括“拟肽”,其被定义为含有非肽结构元件的肽类似物,所述肽能够模拟或拮抗天然母体肽的生物作用。拟肽剂缺乏经典的肽特征,如易于酶切的肽键。特别是,除了由遗传密码定义的20个氨基酸以外,肽、多肽或蛋白质还可以包含除了这些氨基酸以外的氨基酸,或者它可以由除了由遗传密码定义的20个氨基酸以外的氨基酸组成。特别是,在本发明的背景下,肽、多肽或蛋白质可以同样地由通过自然过程(如翻译后成熟过程)或通过化学过程修饰的氨基酸组成,这些过程是本领域技术人员熟知的。此类修饰在文献中有充分的详细说明。这些修饰可以出现在多肽的任何位置:肽骨架中、氨基酸链中或甚至在羧基末端或氨基末端。特别是,肽或多肽可以在泛素化后支化,也可以是环状并且有或没有支链。这种类型的修饰可以是本领域技术人员熟知的自然或合成翻译后过程的结果。在本发明的上下文中,术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”还特别包括修饰肽、多肽和蛋白质。例如,肽、多肽或蛋白质修饰可以包括乙酰化、酰基化、adp-核糖基化、酰胺化、核苷酸或核苷酸衍生物的共价固定、脂质或脂质衍生物的共价固定、磷脂酰肌醇的共价固定、共价或非共价交联、环化、二硫键形成、去甲基化、糖基化(包括聚乙二醇化)、羟基化、碘化、甲基化、肉豆蔻酰化、氧化、蛋白水解过程、磷酸化、异戊二烯化、外消旋化、硒酰化(seneloylation)、硫酸化、氨基酸加成(如精氨酸化)或泛素化。此类修饰在文献中有充分的详细说明(proteins structure and molecular properties(1993)第2版,t.e.creighton,new york;post-translational covalent modifications of proteins(1983)b.c.johnson编辑,academic press,new york;seifter等人(1990)analysis forprotein modifications and nonprotein cofactors,meth.enzymol.182:626-646和rattan等人,(1992)protein synthesis:post-translational modifications andaging,ann ny acad sci,663:48-62)。因此,术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”优选包括例如脂肽、脂蛋白、糖肽、糖蛋白等。
83、优选地,(多)肽或蛋白质是“经典的”(多)肽或蛋白质。“经典”(多)肽或蛋白质通常由选自由遗传密码定义的20个氨基酸的氨基酸组成,所述氨基酸通过正常肽键相互连接。
84、一般地,蛋白质或(多)肽可以是任何长度。在一些实施方案中,可以在“成熟”蛋白质(在其功能状态下)中评估蛋白质的长度,即对于蛋白质的长度可以不考虑“额外的”前体蛋白(pre-protein)序列,如信号肽,其在成熟/功能蛋白质中被去除。优选地,本发明的多肽的长度不超过500个氨基酸。例如,根据本发明所述的多肽的最大长度可以是120个氨基酸。在一些实施方案中,根据本发明所述的多肽的最大长度不超过100个氨基酸,例如不大于95、90、85、80、75、70、65、60、55、50、45、40、35、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21或20个氨基酸。
85、如本文所用,术语“微生物群蛋白”是指微生物群来源的蛋白质。如本文所用,术语“微生物群”是指迄今为止研究的在从植物到动物的所有多细胞生物体之中和之上发现的共生、共栖和病原微生物。特别是,已经发现微生物群对其宿主的免疫、激素和代谢稳态至关重要。特别是,微生物群是非病原的。换言之,微生物群通常不会(能够)在宿主中引起疾病和/或它们优选对宿主无害。微生物群包括细菌、古细菌、原生生物、真菌、病毒和噬菌体。因此,微生物群蛋白可以是细菌蛋白、古细菌蛋白、原生生物蛋白、真菌蛋白、病毒蛋白和/或噬菌体蛋白。
86、如本文所用,术语“重组”旨在指通过重组方式制备、表达、产生或分离的此类化合物(例如蛋白质),如从异源宿主细胞(其在自然界中不表达所述蛋白质)中分离的蛋白质或使用转染到宿主细胞中的重组表达载体表达的蛋白质。因此,重组蛋白是通过重组方式制备、表达、产生或分离的蛋白质,如从经转染以表达蛋白质的宿主细胞中分离的蛋白质,从重组蛋白质文库中分离的蛋白质,以及通过任何其他方式制备、表达、产生或分离的蛋白质,这些方式涉及将编码蛋白质的相应基因序列剪接到其他dna序列中(与自然界中所述基因侧翼的dna序列不同)。特别是,术语“重组”旨在指自然界中不存在的此类化合物(例如蛋白质)。在一些情况下,重组蛋白可以具有自然界中不存在的糖基化模式。
87、如本领域所熟知的,肽、多肽和蛋白质可以由核酸编码。术语“核酸”、“核酸分子”、“核酸序列”、“多核苷酸”、“核苷酸序列”在本文中可互换使用,并且是指天然核苷酸(例如a、t、g、c和u)或合成核苷酸的精确连续,即形成至少两个核苷酸的链。特别是,术语“核酸”、“核酸分子”、“核酸序列”、“多核苷酸”、“核苷酸序列”是指dna或rna。核酸优选包括单链、双链或部分双链dna或rna,优选选自基因组dna、cdna、核糖体dna以及所述dna的转录产物(如rna)。核酸的优选示例包括rrna、mrna;反义dna、反义rna;互补rna和/或dna序列、核酶、(互补)rna/dna序列(有或没有表达元件)、载体;微型基因(mini-gene)、基因片段、调节元件、启动子,及其组合。核酸(分子)和/或多核苷酸的进一步优选示例包括,例如,重组多核苷酸、载体、寡核苷酸、rna分子(如rrna、mrna或trna)或如上所述的dna分子。因此,优选核酸(分子)是dna分子或rna分子;优选选自基因组dna;cdna;rrna;mrna;反义dna;反义rna;互补rna和/或dna序列;有或没有表达元件、调节元件和/或启动子的rna和/或dna序列;载体;及其组合。确定可以编码特定氨基酸序列的核苷酸序列在本领域技术人员的能力范围内。
88、根据本发明所述的多肽和/或核酸可以通过本领域中任何已知的方法制备,这些方法包括但不限于任何合成方法、任何重组方法、任何离体生成方法等,及其任何组合。此类技术是本领域众所周知的。
89、一般地,如本文所用(即在本技术全文中),术语“序列变体”是指与参考序列(如序列表中描述的具体序列中的任一个)相似(特别是表示至少50%序列同一性,参见下文),但不是(100%)相同的序列。因此,与参考序列相比,序列变体含有至少一个改变。例如,在序列变体中,参考序列的一个或多个氨基酸或核苷酸缺失或被替换,或者一个或多个氨基酸或核苷酸被插入或添加到参考序列的序列中。因此,与其参考序列相比,“序列变体”是相似的,但含有至少一个改变。优选地,特别是在序列的整个长度上,序列变体与参考序列共有至少70%、优选至少75%、更优选至少80%、甚至更优选至少85%、仍更优选至少90%、特别优选至少95%并且最优选至少98%或99%的序列同一性。序列变体可以保留参考序列的特定功能。在本发明的上下文中,该功能可以是诱导和/或增强(由人细胞)分泌il-10的功能。
90、术语“序列变体”包括核苷酸序列变体和氨基酸序列变体。例如,氨基酸序列变体具有改变的序列,其中与参考序列相比一个或多个氨基酸缺失或被替换,或者与参考氨基酸序列相比一个或多个氨基酸被插入或添加。作为这些改变的结果,氨基酸序列变体的氨基酸序列与参考序列至少50%、例如至少70%、优选至少75%、更优选至少80%、甚至更优选至少85%、仍更优选至少90%、特别优选至少95%并且最优选至少98%或99%相同。例如,至少90%相同的变体序列每100个参考序列的氨基酸具有不多于10个改变(即缺失、插入或替换的任何组合)。
91、在本发明的上下文中,与本发明的查询(参考)氨基酸序列“共有”至少例如70%“序列同一性”的氨基酸序列旨在表示主题氨基酸序列的序列与查询序列相同,不同之处在于主题氨基酸序列可以每10个查询氨基酸序列的氨基酸包含多达三个氨基酸改变。换言之,为了获得与查询氨基酸序列具有至少70%同一性的序列的氨基酸序列,主题序列中多达30%(10个中的3个)的氨基酸残基可以被插入或替换为另一个氨基酸或删除,优选在变体或片段的以上定义内。当然,这同样适用于核酸序列。
92、在本发明的上下文中,任何氨基酸替换优选为保守氨基酸替换。保守替换的示例包括用一种脂肪族残基替换另一种,如ile、val、leu或ala相互换;或用一种极性残基替换另一种,如在lys和arg之间;glu和asp之间;或gln和asn之间。其他此类保守替换是众所周知的,例如具有相似疏水性特性的整个区域的替换(kyte和doolittle,1982,j.mol.biol.157(1):105-132)。保守氨基酸替换的示例示于下表1中:
93、(表1)
94、
95、
96、对于没有完全对应关系的(氨基酸或核酸)序列,可以确定第一序列(例如序列变体)相对于第二序列(例如参考序列)的“%同一性”。一般地,可以比对待比较的两个序列,以给出序列之间的最大相关性。这可以包括在一个或两个序列中插入“空位”,以增强比对程度。然后,%同一性可以在每个被比较序列的整个长度上确定(所谓的“全局比对”),这特别适合于相同或相似长度的序列,或者在较短的、限定的长度上确定(所谓的“局部比对”),这更适合于不等长的序列。
97、用于比较两个或更多个序列的同一性(有时也称为“相似性”或“同源性”)的方法在本领域是众所周知的。可以例如使用数学算法来确定两个(或更多个)序列相同的百分比。可以使用的数学算法的一个优选但非限制性的示例是karlin等人(1993),pnas usa,90:5873-5877的算法。这种算法集成在blast系列程序中,例如blast或nblast程序(另外参见altschul等人,1990,j.mol.biol.215,403-410或altschul等人(1997),nucleic acidsres,25:3389-3402,其通过万维网网站ncbi.nlm.nih.gov的ncbi主页可访问)和fasta(pearson(1990),methods enzymol.183,63-98;pearson和lipman(1988),proc.natl.acad.sci.u.s.a 85,2444-2448.)。可以通过这些程序鉴定在一定程度上与其他序列相同的序列。此外,wisconsin sequence analysis package 9.1版(devereux等人,1984,nucleic acids res.,387-395)中可获得的程序(例如程序bestfit和gap)可以用于确定两个多核苷酸之间的%同一性以及两个多肽序列之间的%同一性和%同源性或同一性。bestfit使用“局部同源”算法(smith和waterman(1981),j.mol.biol.147,195-197.)并找到两个序列之间的最佳单个相似区域。
98、“药学上可接受的赋形剂”是指一种药用级化合物,其改善活性剂的递送、稳定性或生物利用度,并且可以被接受施用该化合物的受试者代谢,并且对接受施用该化合物的受试者无毒。根据本发明所述的优选赋形剂包括药物产品中常用的任何赋形剂,例如水、盐水、磷酸盐缓冲盐水、右旋糖、甘油、乙醇等,及其组合。在许多情况下,将优选在组合物中包括等渗剂,例如糖、多元醇(如甘露醇、山梨糖醇)或氯化钠。药学上可接受的赋形剂可以进一步包含少量的辅助物质,如润湿剂或乳化剂、或防腐剂。
99、根据本文所描述的本发明的不同方面和实施方案,“受试者”或“宿主”优选指哺乳动物,并且最优选指人。
100、如本文所用,表述“治疗疾病”一般是指改善、减少、预防和/或治疗疾病或病症,或减少或预防疾病或病症的发生或患上疾病或病症的风险。因此,表述“治疗疾病”是指预防设置和治疗设置。预防设置一般表示在疾病或病症发作之前或“治愈”之后避免或尽量减少疾病或病症的发作、发展或复发,而治疗设置通常涵盖在疾病或病症发作之后减少、改善或治愈疾病或病症(或疾病或病症的症状)。特别是,术语“预防”涵盖“减少发生的可能性”或“减少再次发生的可能性”。
101、如本文所用,“有效量”或“有效剂量”是提供所需效果的量。出于治疗目的,有效量是足以提供有益的或所需的临床结果的量。对于给定应用,优选的有效量可以由技术人员容易地确定,考虑例如受试者的大小、年龄、体重、待预防或治疗的疾病/疾患的类型、以及自疾病/疾患开始以来的时间量。在本发明的上下文中,在治疗方面,组合物的有效量通常是足以增强和/或诱导由人细胞分泌il-10的量。
102、在本说明书和所附权利要求全文中,除非上下文另有要求,否则将理解术语“包含(comprise)”和变体如“包含(comprises)”和“包含(comprising)”意味着包含所陈述的成员、整数或步骤,但不排除任何其他未陈述的成员、整数或步骤。术语“由……组成”是术语“包含”的具体实施方案,其中排除任何其他未陈述的成员、整数或步骤。在本发明的上下文中,术语“包含”涵盖术语“由……组成”。因此,术语“包含”涵盖“包括”以及“由……组成”,例如,“包含”x的组合物可以完全由x组成,或者可以包含额外事物,例如x+y。
103、除非在本文中另有说明或与上下文明显相矛盾,否则在描述本发明的上下文中(尤其是在权利要求的上下文中)使用的术语“一个”、“一种”、“所述”和类似的指称将解释为涵盖单数和复数。本文中列举数值范围仅旨在用作单独提及落入该范围内的每个单独值的速记方法。除非在本文中另有说明,否则每个单独的值均并入说明书中,如同在本文中单独列举该值一样。说明书中的任何语言都不应被解释为指示对本发明的实践必不可少的任何未要求保护的元素。
104、词语“基本上”并不排除“完全”,例如,“基本上不含”y的组合物可以完全不含y。必要时,可以从本发明的定义中省略词语“基本上”。
105、与数值x相关的术语“约”表示x±10%。
106、说明书全文中提供了额外的定义。
107、通过参考以下详细描述,包括本发明的优选实施方案和本文包括的实施例,可以更容易地理解本发明。
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