一种用于20种细菌快速鉴定的引物组合物及方法

本发明涉及生物检测，尤其涉及一种20种细菌快速鉴定的引物组合物及方法。

背景技术：

1、

2、急需有一种有效利用核酸检测手段来快速高效高通量且准确的检测判断细菌的技术。

技术实现思路

1、基于此，本发明的目的是提供一种用于20种细菌快速鉴定的引物组合物及方法，通过使用该引物组合物并基于纳米孔测序技术，可以快速鉴定20种细菌，具有简便快速、全面准确、灵敏等优点。

2、为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

3、本发明提供的一种用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，所述引物组合物包括如seq id no:1至seq id no:38所示的核苷酸序列。

4、作为本发明上述方案的进一步改进，所述多种细菌包括金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、肺炎链球菌、肺炎克雷伯菌、产气克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、奇异变形杆菌、溶血葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、卡他莫拉菌、无乳链球菌、单核细胞增多性李斯特菌、嗜肺军团菌、粘质沙雷氏菌中的至少一种。

5、作为本发明上述方案的进一步改进，用于所述金黄色葡萄球菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:1和seq id no:2所述的核苷酸序列；

6、和/或，用于所述大肠杆菌快速鉴定的引物组合物包括如所述seq id no:3和seqid no:4的核苷酸序列；

7、和/或，用于所述肺炎链球菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:5和seq idno:6所述的核苷酸序列。

8、作为本发明上述方案的进一步改进，用于所述肺炎克雷伯菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:7和seq id no:8所述的核苷酸序列；

9、和/或，用于所述产气克雷伯菌、产酸克雷伯菌快速鉴定的引物组合物包括如seqid no:9和seq id no:10所述的核苷酸序列。

10、作为本发明上述方案的进一步改进，用于所述铜绿假单胞菌快速鉴定的引物组合物包括如如seq id no:11和seq id no:12所述的核苷酸序列；

11、和/或，用于所述流感嗜血杆菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:13和seqid no:14所述的核苷酸序列；

12、和/或，用于所述脑膜炎奈瑟菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:15和seqid no:16所述的核苷酸序列。

13、作为本发明上述方案的进一步改进，用于所述鲍曼不动杆菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:17和seq id no:18所述的核苷酸序列；

14、和/或，用于所述嗜麦芽窄食单胞菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:19和seq id no:20所述的核苷酸序列；

15、和/或，用于所述奇异变形杆菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:21和seqid no:22所述的核苷酸序列。

16、作为本发明上述方案的进一步改进，用于所述溶血葡萄球菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:23和seq id no:24所述的核苷酸序列；

17、和/或，用于所述粪肠球菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:25和seq idno:26所述的核苷酸序列；

18、和/或，用于所述屎肠球菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:27和seq idno:28所述的核苷酸序列。

19、作为本发明上述方案的进一步改进，用于所述卡他莫拉菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:29和seq id no:30所述的核苷酸序列；

20、和/或，用于所述无乳链球菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:31和seqid no:32所述的核苷酸序列；

21、和/或，用于所述单核细胞增多性李斯特菌快速鉴定的引物组合物包括如seq idno:33和seq id no:34所述的核苷酸序列。

22、作为本发明上述方案的进一步改进，用于所述嗜肺军团菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:35和seq id no:36所述的核苷酸序列；

23、和/或，用于所述粘质沙雷氏菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:37和seqid no:38所述的核苷酸序列。

24、本发明提供的一种用于20种细菌快速鉴定的方法，所述用于多种细菌快速鉴定的方法包括利用如前所述的引物组合物通过高通量测序技术进行鉴定的步骤。

25、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

26、本发明针对20种细菌设计无交叉反应的特异性引物形成引物组合物，能够实现在一管内同时扩增并富集多个靶标，使扩增序列能对不同菌种进行鉴定区分，再配合纳米孔测序技术与多重pcr相结合，可以快速鉴定20种细菌，使得后续测序所需数据量显著降低，分析工作简化，具有简便快速、全面准确等优点。

27、本发明将多重pcr与纳米孔测序技术结合，利用多重pcr的多靶标检测的特点与纳米孔测序的多样本检测特点，实现多样本的多种靶标同时检测，在大样本量筛查的同时极大地降低了成本；另外，多重pcr与纳米孔技术的整合应用，进一步提高病原菌检测的灵敏度、特异性及可重复性，实现病原菌的有效检测。

28、本发明采用的纳米孔测序仪相较于其他测序仪体积小、便携，且具有通过笔记本电脑驱动操作的优点，可以随时随地实时测序，最快数十分钟即可获得目标序列，因此本发明相较于其他检测方法检测周期短，灵敏度高、特异性好的特点，最快6小时即可完成从dna的扩增到数据分析。

技术特征：

1.一种用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，其特征在于，所述引物组合物包括如seqid no:1至seq id no:38所示的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，其特征在于，所述多种细菌包括金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、肺炎链球菌、肺炎克雷伯菌、产气克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、奇异变形杆菌、溶血葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、卡他莫拉菌、无乳链球菌、单核细胞增多性李斯特菌、嗜肺军团菌、粘质沙雷氏菌中的至少一种。

3.根据权利要求2所述的用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，其特征在于，用于所述金黄色葡萄球菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:1和seq id no:2所述的核苷酸序列；

4.根据权利要求2所述的用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，其特征在于，用于所述肺炎克雷伯菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:7和seq id no:8所述的核苷酸序列；

5.根据权利要求2所述的用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，其特征在于，用于所述铜绿假单胞菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:11和seq id no:12所述的核苷酸序列；

6.根据权利要求2所述的用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，其特征在于，用于所述鲍曼不动杆菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:17和seq id no:18所述的核苷酸序列；

7.根据权利要求2所述的用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，其特征在于，用于所述溶血葡萄球菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:23和seq id no:24所述的核苷酸序列；

8.根据权利要求2所述的用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，其特征在于，用于所述卡他莫拉菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:29和seq id no:30所述的核苷酸序列；

9.根据权利要求2所述的用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，其特征在于，用于所述嗜肺军团菌快速鉴定的引物组合物包括如seq id no:35和seq id no:36所述的核苷酸序列；

10.一种用于20种细菌快速鉴定的方法，其特征在于，所述用于多种细菌快速鉴定的方法包括利用如权利要求1-9任一项所述的引物组合物通过高通量测序技术进行鉴定的步骤。

技术总结本发明涉及一种用于20种细菌快速鉴定的引物组合物，所述引物组合物包括如SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:38所示的核苷酸序列。本发明针对20种细菌设计无交叉反应的特异性引物形成引物组合物，使用本发明提供的引物组合物并基于纳米孔测序技术，可以快速鉴定20种细菌，具有简便快速、全面准确、灵敏等优点。技术研发人员：王宏志,邓庆梅,谷红仓受保护的技术使用者：中国科学院合肥物质科学研究院技术研发日：技术公布日：2024/9/2