腺相关病毒转导调节剂及其用途的制作方法

本披露涉及腺相关病毒(aav)转导调节剂用于改变基因治疗中的aav转导效率的用途。

背景技术：

1、aav是无包膜病毒，可以对其进行工程化以将治疗有效载荷递送至靶细胞。生成缺乏某些病毒基因而含有感兴趣的治疗性基因的重组aav颗粒的能力跨越不同的治疗领域提供了安全的基因治疗递送平台。aav载体已经用于各种疾病的临床试验，获得了有希望的结果。尽管最近取得了进展，但仍然需要新型组合物和方法来调节基因治疗中的aav的转导效率。

技术实现思路

1、在一个方面，本披露的特征在于调节aav颗粒的转导效率的方法，该方法包括使细胞与aav转导调节剂接触，从而调节aav颗粒的转导效率。

2、在一些实施例中，该调节剂调节(例如，增加或减少)与aav转导效率相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该基因或基因产物是哺乳动物(例如，人)基因或基因产物。

3、在一些实施例中，该调节剂抑制该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率降低相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该调节剂激活该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率增加相关的基因或基因产物。

4、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率增加相关(例如，aav-r或gpr108)。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率增加，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率增加，或两者相关。

5、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率降低相关(例如，wdr11或mre11)。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率降低，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率降低，或两者相关。

6、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加aav颗粒的转导效率(例如，aav-r或gpr108)。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

7、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低aav颗粒的转导效率(例如，wdr11或mre11)。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

8、在一些实施例中，该基因产物是rna(例如，mrna)。在一些实施例中，该基因产物是蛋白质。在一些实施例中，该基因或基因产物优先在靶组织(例如，脑或肝脏)中表达。下文的从属权利要求描述了基于其机制的aav转导调节剂。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因的表达。在一些实施例中，该调节剂改变该基因的结构。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的活性(例如，酶活性)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的水平(例如，丰度)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的稳定性。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)aav颗粒的转导效率，例如，如通过本文所述的测定法(例如，facs分析，例如，如实例1或实例2中所述)所测定的。

9、在一些实施例中，该调节剂增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少10、20、30、40、50或60个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少103、104、105、106或107个病毒拷贝/μg dna。

10、在一些实施例中，该调节剂降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过102、103或104个病毒拷贝/μg dna。

11、在一些实施例中，该转导效率的参考水平是尚未与该aav转导调节剂接触的细胞中的转导效率水平。在一些实施例中，该转导效率的参考水平是在该细胞与该aav转导调节剂接触之前的转导效率水平。

12、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物或者基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

13、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ext1、ext2、ndst1、bcl10、oaf、pdcd10、lmo4、malt1、znf644、chuk、glce、ep300、arid4b、rab21、med13、dhx15、washc5、ikbkb、usp24、hspa14、cxxc1、ube2a、ints8、cdc42、nfkb1、sin3a、usp7、arf5、card10、jak1、slc35c2、paxk1、zc3h11a、fam20b、fam72a、dhx36、ints12、rprd1b、或其组合。

14、在一些实施例中，该基因或基因产物与内体分选相关(例如，rab21、washc5或usp7)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的转运相关(例如，cdc42或arf5)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nfkb信号传导相关(例如，bcl10、malt1、nfkb1、ikbkb、chuk或card10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫酸乙酰肝素生物合成相关(例如，ext1、ext2、ndst1、glce或fam20b)。在一些实施例中，该基因或基因产物与h3k9甲基化相关(例如，znf644)。在一些实施例中，该基因或基因产物与前mrna加工相关(例如，dhx15)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，lmo4、ep300、med13、sin3、arid4b、zc3h11a、cxxc1、rprd1b或ube2a)。在一些实施例中，该基因或基因产物与整合子复合物和/或rna聚合酶ii功能相关(例如，ints8或inst12)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复和/或aav基因组解析相关(例如，dhx36、arid4b、ube2a或usp24)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞增殖和/或凋亡相关(例如，pdcd10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与脊柱腕跗骨连接综合征相关(例如，oaf)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质折叠相关(例如，hspa14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与解旋酶活性相关(例如，dhx36)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch的岩藻糖基化和/或gcp-岩藻糖的转运相关(例如，slc35c2)。

15、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

16、在一些实施例中，该基因或基因产物选自tmprss11b、htt、snrnp70、brd7、dmxl1、rab10、cnga1、klhdc3、chp1、cyp3a5、elovl4、pnisr、zcchc14、azgp1、tpst1、sc5d、elp2、elp3、ipo9、rab14、wdr7、xrcc4、gdi2、或其组合。

17、在一些实施例中，该基因或基因产物与微管介导的转运或囊泡功能相关(例如，htt)。在一些实施例中，该基因或基因产物是离子通道(例如，cnga1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核蛋白输入相关(例如，ipo9)。在一些实施例中，该基因或基因产物与多肽酸性基序内的酪氨酸残基的o-硫酸化相关(例如，tpst1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒rna的保护相关(例如，zcchc14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav蛋白的rna结合相关(例如，pnisr)。在一些实施例中，该基因或基因产物与钙离子调控的胞吐作用相关(例如，chp1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内运输相关(例如，rab10、rab14、gdi2、wdr7或dmxl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物是延伸因子复合物，例如rna聚合酶(例如，rna聚合酶ii)的亚基(例如，催化性trna乙酰转移酶亚基)，例如elp2或elp3。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质结合(例如，klhdc3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与胆固醇生物合成相关(例如，sc5d)。

18、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2和aav9颗粒的转导是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

19、在一些实施例中，该基因或基因产物选自kiaa0319l、bambi、tm9sf2、phip、dclre1c、vps35、gpr108、cyren、acp2、f8a2、f8a1、f8a3、rbpj、atp2c1、icmt、rabif、ier3ip1、rbm10、smg7、gtf2i、elavl1、mepce、rab4a、ier3ip1、samd1、或其组合。

20、在一些实施例中，该基因或基因产物与流感感染相关(例如，acp2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与未甲基化的cgi结合(例如，samd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内囊泡转运相关(例如，rabif)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如靶蛋白中的半胱氨酸残基(例如，c-末端半胱氨酸残基)的翻译后修饰相关(例如，icmt)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav的衣壳蛋白结合(例如，kiaa0319l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与tlr(例如，tlr9)的抑制相关，例如gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如aav-r的内体运输相关(例如，vps35)。在一些实施例中，该基因或基因产物是钙atp酶泵(例如，atp2c1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch信号传导相关(例如，rbpj)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hspg代谢相关(例如，tm9sf2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nhej的抑制相关(例如，cyren)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒发夹解析相关(例如，dclre1c)。在一些实施例中，该基因或基因产物与glc转运蛋白易位相关，任选地其中该基因或基因产物与胰岛素受体底物1蛋白结合(例如，phip)。

21、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物在受调节时不降低，或者基本上不降低aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wrd11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

22、在一些实施例中，该基因或基因产物选自greb1l、birc2、tymsos、msl3、sik3、gtf2h5、pigw、atraid、ppp4r1、zfc3h1、setdb1、smchd1、tmem123、uhrf1、clul1、smad5、setx、steep1、dennd6a、rtn4rl2、mtmr9、strada、psip1、bmpr1a、hikeshi、ap3m1、men1、myl12b、creb1、rab12、smtnl1、mrgbp、wtap、sumo2、tcn1、aldh3b1、arl14ep、myl12a、rhod、pgap2、eif4a1、pign、daxx、hdlbp、golga1、sarnp、ube2l6、trim49、sik2、sox4、or6q1、or4d6、unc93b1、catsperz、pigt、pym1、micos13、rin1、dot1l、trim49c、mapk20、col8a1、fasn、kdm3b、pigf、piga、pigy、gpc3、trappc2l、rab31、elp3、或其组合。

23、在一些实施例中，该基因或基因产物与视黄酸受体活性相关(例如，greb1l)。在一些实施例中，该基因或基因产物是胸苷酸合成酶(例如，tymsos)。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质重塑相关(例如，smchd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白h4乙酰化相关(例如，msl3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录和/或dna修复相关(例如，gtf2h5)。在一些实施例中，该基因或基因产物是组蛋白甲基转移酶(例如，setdb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与聚腺苷酸化rna的外体降解相关(例如，zfc3h1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白脱乙酰酶募集至dna相关(例如，uhrf1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与氧化应激诱导的dna双链断裂应答相关(例如，setx)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白修饰相关(例如，men1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核小体/dna相互作用相关(例如，mrgbp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi生物合成相关(例如，pigw、pign、pigt、pigf、piga或pigy)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi锚的成熟相关(例如，pgap2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的胞吞作用相关(例如，dennd6a、golga1、mtmr9、gpc3、ppp4r1、rab12、rab31、rhod、rin1、tmem123或trappc2l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡介导的胞吞作用相关(例如，ap3m1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与bmp受体激酶相关(例如，smad5、bmpr1a或creb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，psip1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hsp70蛋白的核输入相关(例如，hikeshi)。在一些实施例中，该基因或基因产物与ser/thr激酶相关(例如，sik2或sik3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质的sumo化相关(例如，sumo2、ube2l6)。

24、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不降低，或者基本上不降低aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav9颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav2颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wrd11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

25、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ap2a1、ap2b1、tm9sf4、actr5、ptma、papola、pdha1、pdhb、slc25a19、gak、aunip、fcho2、actb、lipt1、uchl5、ino80e、echs1、nelfb、edc4、prmt1、pds5b、peli3、fbxl20、slc35a1、或其组合。

26、在一些实施例中，该基因或基因产物与atp、伴侣蛋白和/或网格蛋白结合(例如，gak)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡运输相关(例如，ap2b1或ap2a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白介导的胞吞作用相关(例如，fcho2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡运输相关(例如，actb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与先天免疫应答相关(例如，peli3或fbxl20)。在一些实施例中，该基因或基因产物与葡萄糖代谢相关(例如，pdhb或pdha1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna切除和/或同源重组相关，例如在dna损伤后(例如，aunip)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复相关，例如在dna损伤后(例如，uchl5、ino80e、pds5b、actr5或prmt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与cmp-唾液酸从细胞溶质向高尔基体囊泡的转运相关(例如，slc35a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与包含富含甘氨酸的跨膜结构域的多肽的定位，例如定位到细胞表面相关(例如，tm9sf4)。在一些实施例中，该基因或基因产物与poly(a)尾合成相关(例如，papola)。在一些实施例中，该基因或基因产物是ptma。在一些实施例中，该基因或基因产物与rna聚合酶ii对mrna的延伸相关(例如，nelfb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与mrna降解相关(例如，edc4)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体脂酰转移酶(例如，lipt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与线粒体脂肪酸β-氧化相关(例如，echs1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体硫胺素焦磷酸载体(例如，slc25a19)。

27、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2和aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wrd11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

28、在一些实施例中，该基因或基因产物选自由以下组成的组：pitpnb、pitp、fam91a1、wdr11、ap1g1、ap1m1、ap1s1、ap1s3、heatr5b、stx16、ap1b1、pias1、denr、arl1、zfat、tbc1d23、lin37、ralgapb、b3gnt2、elovl1、ap2b1、kiaa2013、pten、mcts1、nbn、helz、slc38a10、fbxl20、tgif1、kdsr、cpd、chd7、usp9x、simc1、taf11、vapa、mtmr6、rab1b、slf2、mre11、vti1a、mboat7、ppp6r3、或其组合。

29、在一些实施例中，该基因或基因产物与长链fa延伸循环相关(例如，elovl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫辛酸生物合成相关(例如，pias1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白磷酸酶催化亚基相关(例如，ppp6r3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与wdr11途径相关(例如，wdr11、fam91a1、ap1g1、ap1s1、ap1m1、ap1s3或tbc1d23)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如pi和/或pc从高尔基体到内质网的逆行转运相关(例如，pitp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与从晚期内体到反式高尔基体网络的囊泡转运相关(例如，stx16)。在一些实施例中，该基因或基因产物与高尔基体蛋白、adp核糖基化因子结合蛋白(arfaptin)和/或arf-gef的活性或向反式高尔基体网络的募集相关(例如，arl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码网格蛋白依赖性囊泡的组分和/或与ap1g1/ap-1介导的蛋白质运输相关(例如，heatr5b)。

30、在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r、gpr108、wdr11或mre11。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

31、在一些实施例中，该调节剂是：(a)靶向该基因或其调控元件中的一个或多个位点的基因编辑系统；(b)编码该基因编辑系统的一种或多种组分的核酸；或(c)其组合。在一些实施例中，该基因编辑系统是crispr/cas系统、锌指核酸酶系统、talen系统和大范围核酸酶系统。

32、在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的早期(例如，第一、第二或第三)外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在外显子4的上游，例如在外显子1、外显子2或外显子3中。在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的晚期外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在倒数第四外显子的下游，例如在倒数第三外显子、倒数第二外显子或最后外显子中。在一些实施例中，该基因编辑系统是包含指导rna(grna)分子的crispr/cas系统，该grna分子包含与该基因的靶序列杂交的靶向序列。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas9系统。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas12a系统。

33、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的小干扰rna(sirna)或小发夹(shrna)，或编码该sirna或shrna的核酸。在一些实施例中，该sirna或shrna包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的指导rna(grna)，或编码该grna的核酸。在一些实施例中，该grna包含与该基因的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

34、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的反义寡核苷酸(aso)，或编码该aso的核酸。在一些实施例中，该aso包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

35、在一些实施例中，该调节剂是小分子(例如，本文所述的化合物，例如，在图7中)。在一些实施例中，该小分子是蛋白质降解剂。

36、在一些实施例中，该调节剂是蛋白质或肽，或编码该蛋白质或肽的核酸。在一些实施例中，该调节剂是抗体分子(例如，scfv或sdab)。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性结合配偶体，或编码该显性负性结合配偶体的核酸。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性(例如催化上无活性的)变体，或编码所述显性负性变体的核酸。

37、在一些实施例中，该aav颗粒包含aav基因组。在一些实施例中，该aav颗粒包含aav样颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒包含衣壳。在一些实施例中，该aav颗粒具有aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav10、aav11或其组合的血清型。在一些实施例中，该aav颗粒是aav2颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒是aav9颗粒。

38、在一些实施例中，该aav颗粒具有对cns的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对心脏的嗜性(例如，aav1、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肾的嗜性(例如，aav2)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肝脏的嗜性(例如，aav7、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肺的嗜性(例如，aav4、aav5、aav6或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对胰腺的嗜性(例如，aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对感光细胞的嗜性(例如，aav2、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对视网膜色素上皮(rpe)的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对骨骼肌的嗜性(例如，aav1、aav6、aav7、aav8或aav9)。

39、在一些实施例中，该方法在第一组织中产生高基因调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在第二组织中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。在一些实施例中，该方法在肝脏中产生高调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在骨骼肌、骨髓或两者中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。

40、在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性蛋白质，例如与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码ngf、apoe2(例如，hapoe2)、tert(例如，htert)、mapt、gad、aadc、ntn、gdnf、gcase、htt、smn、smn2、sod1或c9orf72的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性核酸，例如靶向编码与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列的核酸的核苷酸序列。

41、在一些实施例中，该细胞是脑细胞、肝脏细胞、脊髓细胞、背根神经节(drg)细胞、脾细胞、淋巴结细胞、肾细胞、肺细胞、心脏细胞、肌细胞(例如，骨骼肌细胞、股骨肌细胞)、隔膜细胞、骨髓细胞或性腺细胞。在一些实施例中，该细胞是中枢神经系统(cns)细胞。在一些实施例中，该cns细胞是星形胶质细胞、少突胶质细胞、小胶质细胞或室管膜细胞。在一些实施例中，该细胞是脑细胞。在一些实施例中，该脑细胞是神经元或胶质细胞。在一些实施例中，该细胞是drg细胞。在一些实施例中，该细胞是肝脏细胞。在一些实施例中，该肝脏细胞是肝细胞、肝星状细胞、库普弗细胞(kupffer cell)或肝窦内皮细胞。

42、在一些实施例中，该细胞在体外与该aav转导调节剂接触。在一些实施例中，该细胞离体与该aav转导调节剂接触。在一些实施例中，该细胞在体内与该aav转导调节剂接触。

43、在一些实施例中，该方法包括使该细胞与多种aav转导调节剂或调节与aav转导效率相关的多种基因或基因产物的aav调节剂接触。

44、在另一个方面，本披露提供了调节aav颗粒的转导效率的方法，该方法包括向对此有需要的受试者施用有效量的aav转导调节剂，从而调节aav颗粒的转导效率。

45、在一些实施例中，该调节剂调节(例如，增加或减少)与aav转导效率相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该基因或基因产物是哺乳动物(例如，人)基因或基因产物。

46、在一些实施例中，该调节剂抑制该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率降低相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该调节剂激活该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率增加相关的基因或基因产物。

47、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率增加相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率增加，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率增加，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

48、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率降低相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率降低，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率降低，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是wrd11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

49、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

50、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

51、在一些实施例中，该基因产物是rna(例如，mrna)。在一些实施例中，该基因产物是蛋白质。在一些实施例中，该基因或基因产物优先在靶组织(例如，脑或肝脏)中表达。下文的从属权利要求描述了基于其机制的aav转导调节剂。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因的表达。在一些实施例中，该调节剂改变该基因的结构。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的活性(例如，酶活性)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的水平(例如，丰度)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的稳定性。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)aav颗粒的转导效率，例如，如通过本文所述的测定法(例如，facs分析，例如，如实例1或实例2中所述)所测定的。

52、在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r、gpr108、wdr11或mre11。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

53、在一些实施例中，该方法在第一组织中产生高基因调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在第二组织中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。在一些实施例中，该方法在肝脏中产生高调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在骨骼肌、骨髓或两者中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。

54、在一些实施例中，该调节剂增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少10、20、30、40、50或60个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少103、104、105、106或107个病毒拷贝/μg dna。

55、在一些实施例中，该调节剂降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过102、103或104个病毒拷贝/μg dna。

56、在一些实施例中，该转导效率的参考水平是尚未与该aav转导调节剂接触的细胞中的转导效率水平。在一些实施例中，该转导效率的参考水平是在该细胞与该aav转导调节剂接触之前的转导效率水平。

57、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物或者基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

58、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ext1、ext2、ndst1、bcl10、oaf、pdcd10、lmo4、malt1、znf644、chuk、glce、ep300、arid4b、rab21、med13、dhx15、washc5、ikbkb、usp24、hspa14、cxxc1、ube2a、ints8、cdc42、nfkb1、sin3a、usp7、arf5、card10、jak1、slc35c2、paxk1、zc3h11a、fam20b、fam72a、dhx36、ints12、rprd1b、或其组合。

59、在一些实施例中，该基因或基因产物与内体分选相关(例如，rab21、washc5或usp7)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的转运相关(例如，cdc42或arf5)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nfkb信号传导相关(例如，bcl10、malt1、nfkb1、ikbkb、chuk或card10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫酸乙酰肝素生物合成相关(例如，ext1、ext2、ndst1、glce或fam20b)。在一些实施例中，该基因或基因产物与h3k9甲基化相关(例如，znf644)。在一些实施例中，该基因或基因产物与前mrna加工相关(例如，dhx15)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，lmo4、ep300、med13、sin3、arid4b、zc3h11a、cxxc1、rprd1b或ube2a)。在一些实施例中，该基因或基因产物与整合子复合物和/或rna聚合酶ii功能相关(例如，ints8或inst12)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复和/或aav基因组解析相关(例如，dhx36、arid4b、ube2a或usp24)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞增殖和/或凋亡相关(例如，pdcd10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与脊柱腕跗骨连接综合征相关(例如，oaf)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质折叠相关(例如，hspa14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与解旋酶活性相关(例如，dhx36)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch的岩藻糖基化和/或gcp-岩藻糖的转运相关(例如，slc35c2)。

60、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

61、在一些实施例中，该基因或基因产物选自tmprss11b、htt、snrnp70、brd7、dmxl1、rab10、cnga1、klhdc3、chp1、cyp3a5、elovl4、pnisr、zcchc14、azgp1、tpst1、sc5d、elp2、elp3、ipo9、rab14、wdr7、xrcc4、gdi2、或其组合。

62、在一些实施例中，该基因或基因产物与微管介导的转运或囊泡功能相关(例如，htt)。在一些实施例中，该基因或基因产物是离子通道(例如，cnga1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核蛋白输入相关(例如，ipo9)。在一些实施例中，该基因或基因产物与多肽酸性基序内的酪氨酸残基的o-硫酸化相关(例如，tpst1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒rna的保护相关(例如，zcchc14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav蛋白的rna结合相关(例如，pnisr)。在一些实施例中，该基因或基因产物与钙离子调控的胞吐作用相关(例如，chp1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内运输相关(例如，rab10、rab14、gdi2、wdr7或dmxl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物是延伸因子复合物，例如rna聚合酶(例如，rna聚合酶ii)的亚基(例如，催化性trna乙酰转移酶亚基)，例如elp2或elp3。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质结合(例如，klhdc3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与胆固醇生物合成相关(例如，sc5d)。

63、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2和aav9颗粒的转导是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

64、在一些实施例中，该基因或基因产物选自kiaa0319l、bambi、tm9sf2、phip、dclre1c、vps35、gpr108、cyren、acp2、f8a2、f8a1、f8a3、rbpj、atp2c1、icmt、rabif、ier3ip1、rbm10、smg7、gtf2i、elavl1、mepce、rab4a、ier3ip1、samd1、或其组合。

65、在一些实施例中，该基因或基因产物与流感感染相关(例如，acp2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与未甲基化的cgi结合(例如，samd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内囊泡转运相关(例如，rabif)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如靶蛋白中的半胱氨酸残基(例如，c-末端半胱氨酸残基)的翻译后修饰相关(例如，icmt)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav的衣壳蛋白结合(例如，kiaa0319l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与tlr(例如，tlr9)的抑制相关，例如gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如aav-r的内体运输相关(例如，vps35)。在一些实施例中，该基因或基因产物是钙atp酶泵(例如，atp2c1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch信号传导相关(例如，rbpj)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hspg代谢相关(例如，tm9sf2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nhej的抑制相关(例如，cyren)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒发夹解析相关(例如，dclre1c)。在一些实施例中，该基因或基因产物与glc转运蛋白易位相关，任选地其中该基因或基因产物与胰岛素受体底物1蛋白结合(例如，phip)。

66、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物在受调节时不降低，或者基本上不降低aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

67、在一些实施例中，该基因或基因产物选自greb1l、birc2、tymsos、msl3、sik3、gtf2h5、pigw、atraid、ppp4r1、zfc3h1、setdb1、smchd1、tmem123、uhrf1、clul1、smad5、setx、steep1、dennd6a、rtn4rl2、mtmr9、strada、psip1、bmpr1a、hikeshi、ap3m1、men1、myl12b、creb1、rab12、smtnl1、mrgbp、wtap、sumo2、tcn1、aldh3b1、arl14ep、myl12a、rhod、pgap2、eif4a1、pign、daxx、hdlbp、golga1、sarnp、ube2l6、trim49、sik2、sox4、or6q1、or4d6、unc93b1、catsperz、pigt、pym1、micos13、rin1、dot1l、trim49c、mapk20、col8a1、fasn、kdm3b、pigf、piga、pigy、gpc3、trappc2l、rab31、elp3、或其组合。

68、在一些实施例中，该基因或基因产物与视黄酸受体活性相关(例如，greb1l)。在一些实施例中，该基因或基因产物是胸苷酸合成酶(例如，tymsos)。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质重塑相关(例如，smchd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白h4乙酰化相关(例如，msl3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录和/或dna修复相关(例如，gtf2h5)。在一些实施例中，该基因或基因产物是组蛋白甲基转移酶(例如，setdb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与聚腺苷酸化rna的外体降解相关(例如，zfc3h1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白脱乙酰酶募集至dna相关(例如，uhrf1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与氧化应激诱导的dna双链断裂应答相关(例如，setx)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白修饰相关(例如，men1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核小体/dna相互作用相关(例如，mrgbp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi生物合成相关(例如，pigw、pign、pigt、pigf、piga或pigy)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi锚的成熟相关(例如，pgap2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的胞吞作用相关(例如，dennd6a、golga1、mtmr9、gpc3、ppp4r1、rab12、rab31、rhod、rin1、tmem123或trappc2l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡介导的胞吞作用相关(例如，ap3m1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与bmp受体激酶相关(例如，smad5、bmpr1a或creb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，psip1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hsp70蛋白的核输入相关(例如，hikeshi)。在一些实施例中，该基因或基因产物与ser/thr激酶相关(例如，sik2或sik3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质的sumo化相关(例如，sumo2、ube2l6)。

69、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不降低，或者基本上不降低aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav9颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav2颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

70、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ap2a1、ap2b1、tm9sf4、actr5、ptma、papola、pdha1、pdhb、slc25a19、gak、aunip、fcho2、actb、lipt1、uchl5、ino80e、echs1、nelfb、edc4、prmt1、pds5b、peli3、fbxl20、slc35a1、或其组合。

71、在一些实施例中，该基因或基因产物与atp、伴侣蛋白和/或网格蛋白结合(例如，gak)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡运输相关(例如，ap2b1或ap2a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白介导的胞吞作用相关(例如，fcho2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡运输相关(例如，actb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与先天免疫应答相关(例如，peli3或fbxl20)。在一些实施例中，该基因或基因产物与葡萄糖代谢相关(例如，pdhb或pdha1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna切除和/或同源重组相关，例如在dna损伤后(例如，aunip)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复相关，例如在dna损伤后(例如，uchl5、ino80e、pds5b、actr5或prmt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与cmp-唾液酸从细胞溶质向高尔基体囊泡的转运相关(例如，slc35a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与包含富含甘氨酸的跨膜结构域的多肽的定位，例如定位到细胞表面相关(例如，tm9sf4)。在一些实施例中，该基因或基因产物与poly(a)尾合成相关(例如，papola)。在一些实施例中，该基因或基因产物是ptma。在一些实施例中，该基因或基因产物与rna聚合酶ii对mrna的延伸相关(例如，nelfb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与mrna降解相关(例如，edc4)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体脂酰转移酶(例如，lipt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与线粒体脂肪酸β-氧化相关(例如，echs1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体硫胺素焦磷酸载体(例如，slc25a19)。

72、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2和aav9颗粒的转导。

73、在一些实施例中，该基因或基因产物选自由以下组成的组：pitpnb、pitp、fam91a1、wdr11、ap1g1、ap1m1、ap1s1、ap1s3、heatr5b、stx16、ap1b1、pias1、denr、arl1、zfat、tbc1d23、lin37、ralgapb、b3gnt2、elovl1、ap2b1、kiaa2013、pten、mcts1、nbn、helz、slc38a10、fbxl20、tgif1、kdsr、cpd、chd7、usp9x、simc1、taf11、vapa、mtmr6、rab1b、slf2、mre11、vti1a、mboat7、ppp6r3、或其组合。

74、在一些实施例中，该基因或基因产物与长链fa延伸循环相关(例如，elovl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫辛酸生物合成相关(例如，pias1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白磷酸酶催化亚基相关(例如，ppp6r3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与wdr11途径相关(例如，wdr11、fam91a1、ap1g1、ap1s1、ap1m1、ap1s3或tbc1d23)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如pi和/或pc从高尔基体到内质网的逆行转运相关(例如，pitp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与从晚期内体到反式高尔基体网络的囊泡转运相关(例如，stx16)。在一些实施例中，该基因或基因产物与高尔基体蛋白、adp核糖基化因子结合蛋白和/或arf-gef的活性或向反式高尔基体网络的募集相关(例如，arl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码网格蛋白依赖性囊泡的组分和/或与ap1g1/ap-1介导的蛋白质运输相关(例如，heatr5b)。

75、在一些实施例中，该调节剂是：(a)靶向该基因或其调控元件中的一个或多个位点的基因编辑系统；(b)编码该基因编辑系统的一种或多种组分的核酸；或(c)其组合。在一些实施例中，该基因编辑系统是crispr/cas系统、锌指核酸酶系统、talen系统和大范围核酸酶系统。

76、在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的早期(例如，第一、第二或第三)外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在外显子4的上游，例如在外显子1、外显子2或外显子3中。在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的晚期外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在倒数第四外显子的下游，例如在倒数第三外显子、倒数第二外显子或最后外显子中。在一些实施例中，该基因编辑系统是包含指导rna(grna)分子的crispr/cas系统，该grna分子包含与该基因的靶序列杂交的靶向序列。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas9系统。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas12a系统。

77、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的小干扰rna(sirna)或小发夹(shrna)，或编码该sirna或shrna的核酸。在一些实施例中，该sirna或shrna包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的指导rna(grna)，或编码该grna的核酸。在一些实施例中，该grna包含与该基因的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

78、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的反义寡核苷酸(aso)，或编码该aso的核酸。在一些实施例中，该aso包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

79、在一些实施例中，该调节剂是小分子(例如，本文所述的化合物，例如，在图7中)。在一些实施例中，该小分子是蛋白质降解剂。

80、在一些实施例中，该调节剂是蛋白质或肽，或编码该蛋白质或肽的核酸。在一些实施例中，该调节剂是抗体分子(例如，scfv或sdab)。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性结合配偶体，或编码该显性负性结合配偶体的核酸。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性(例如催化上无活性的)变体，或编码所述显性负性变体的核酸。

81、在一些实施例中，该aav颗粒包含aav基因组。在一些实施例中，该aav颗粒包含aav样颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒包含衣壳。在一些实施例中，该aav颗粒具有aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav10、aav11或其组合的血清型。在一些实施例中，该aav颗粒是aav2颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒是aav9颗粒。

82、在一些实施例中，该aav颗粒具有对cns的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对心脏的嗜性(例如，aav1、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肾的嗜性(例如，aav2)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肝脏的嗜性(例如，aav7、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肺的嗜性(例如，aav4、aav5、aav6或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对胰腺的嗜性(例如，aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对感光细胞的嗜性(例如，aav2、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对视网膜色素上皮(rpe)的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对骨骼肌的嗜性(例如，aav1、aav6、aav7、aav8或aav9)。

83、在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性蛋白质，例如与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码ngf、apoe2(例如，hapoe2)、tert(例如，htert)、mapt、gad、aadc、ntn、gdnf、gcase、htt、smn、smn2、sod1或c9orf72的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性核酸，例如靶向编码与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列的核酸的核苷酸序列。

84、在一些实施例中，该调节剂静脉内施用。

85、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者尚未接受或未正在接受包含aav基因组或aav颗粒的治疗。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。

86、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者已经接受或正在接受包含aav基因组或aav颗粒的治疗。在一些实施例中，该受试者在施用该aav转导调节剂之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月接受该治疗。在一些实施例中，该受试者在施用该aav转导调节剂之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月接受该治疗。

87、在一些实施例中，该受试者患有障碍或其症状，或处于患有障碍或其症状的风险中。在一些实施例中，该障碍是神经退行性障碍。在一些实施例中，该神经退行性障碍是阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、多发性硬化(ms)、肌萎缩性侧索硬化(als)或巴藤病。在一些实施例中，该障碍是轻度阿尔茨海默病、轻度至中度阿尔茨海默病、轻度至重度阿尔茨海默病、早期痴呆、帕金森病(例如，特发性帕金森病、双侧特发性帕金森病、中期至晚期帕金森病)、亨廷顿病(例如，症状期亨廷顿病)、1型sma、症状前sma或肌萎缩性侧索硬化(als)(例如，家族性als、具有sod1突变的als或具有c9orf72突变的als)。在一些实施例中，该障碍是眼部障碍。在一些实施例中，该眼部障碍是失明，例如遗传性或非遗传性失明。在一些实施例中，该眼部障碍是莱伯氏先天性黑蒙、年龄相关性黄斑变性、无脉络膜症或色盲。

88、在一些实施例中，该方法降低该治疗的毒性，增强该治疗的功效，或两者兼有。

89、在一些实施例中，该方法包括向该受试者施用多种aav转导调节剂或调节与aav转导效率相关的多种基因或基因产物的aav调节剂。

90、在另一个方面，本披露提供了治疗障碍的方法，该方法包括向对此有需要的受试者施用有效量的包含aav基因组或aav颗粒的治疗，其中在该受试者中调节与aav转导效率相关的基因或基因产物，从而治疗该障碍。

91、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者尚未接受或未正在接受该治疗。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。

92、在一些实施例中，该障碍是神经退行性障碍。在一些实施例中，该神经退行性障碍是阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、多发性硬化(ms)、肌萎缩性侧索硬化(als)或巴藤病。在一些实施例中，该障碍是轻度阿尔茨海默病、轻度至中度阿尔茨海默病、轻度至重度阿尔茨海默病、早期痴呆、帕金森病(例如，特发性帕金森病、双侧特发性帕金森病、中期至晚期帕金森病)、亨廷顿病(例如，症状期亨廷顿病)、1型sma、症状前sma或肌萎缩性侧索硬化(als)(例如，家族性als、具有sod1突变的als或具有c9orf72突变的als)。在一些实施例中，该障碍是眼部障碍。在一些实施例中，该眼部障碍是失明，例如遗传性或非遗传性失明。在一些实施例中，该眼部障碍是莱伯氏先天性黑蒙、年龄相关性黄斑变性、无脉络膜症或色盲。在一些实施例中，该方法降低该治疗的毒性，增强该治疗的功效，或两者兼有。

93、在一些实施例中，该调节剂调节(例如，增加或减少)与aav转导效率相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该基因或基因产物是哺乳动物(例如，人)基因或基因产物。

94、在一些实施例中，该调节剂抑制该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率降低相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该调节剂激活该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率增加相关的基因或基因产物。

95、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率增加相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率增加，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率增加，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

96、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率降低相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率降低，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率降低，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

97、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

98、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

99、在一些实施例中，该基因产物是rna(例如，mrna)。在一些实施例中，该基因产物是蛋白质。在一些实施例中，该基因或基因产物优先在靶组织(例如，脑或肝脏)中表达。下文的从属权利要求描述了基于其机制的aav转导调节剂。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因的表达。在一些实施例中，该调节剂改变该基因的结构。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的活性(例如，酶活性)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的水平(例如，丰度)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的稳定性。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)aav颗粒的转导效率，例如，如通过本文所述的测定法(例如，facs分析，例如，如实例1或实例2中所述)所测定的。

100、在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r、gpr108、wdr11或mre11。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

101、在一些实施例中，该方法在第一组织中产生高基因调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在第二组织中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。在一些实施例中，该方法在肝脏中产生高调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在骨骼肌、骨髓或两者中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。

102、在一些实施例中，该调节剂静脉内施用。

103、在一些实施例中，该调节剂增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少10、20、30、40、50或60个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少103、104、105、106或107个病毒拷贝/μg dna。

104、在一些实施例中，该调节剂降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过102、103或104个病毒拷贝/μg dna。

105、在一些实施例中，该转导效率的参考水平是尚未与该aav转导调节剂接触的细胞中的转导效率水平。在一些实施例中，该转导效率的参考水平是在该细胞与该aav转导调节剂接触之前的转导效率水平。

106、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物或者基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

107、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ext1、ext2、ndst1、bcl10、oaf、pdcd10、lmo4、malt1、znf644、chuk、glce、ep300、arid4b、rab21、med13、dhx15、washc5、ikbkb、usp24、hspa14、cxxc1、ube2a、ints8、cdc42、nfkb1、sin3a、usp7、arf5、card10、jak1、slc35c2、paxk1、zc3h11a、fam20b、fam72a、dhx36、ints12、rprd1b、或其组合。

108、在一些实施例中，该基因或基因产物与内体分选相关(例如，rab21、washc5或usp7)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的转运相关(例如，cdc42或arf5)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nfkb信号传导相关(例如，bcl10、malt1、nfkb1、ikbkb、chuk或card10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫酸乙酰肝素生物合成相关(例如，ext1、ext2、ndst1、glce或fam20b)。在一些实施例中，该基因或基因产物与h3k9甲基化相关(例如，znf644)。在一些实施例中，该基因或基因产物与前mrna加工相关(例如，dhx15)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，lmo4、ep300、med13、sin3、arid4b、zc3h11a、cxxc1、rprd1b或ube2a)。在一些实施例中，该基因或基因产物与整合子复合物和/或rna聚合酶ii功能相关(例如，ints8或inst12)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复和/或aav基因组解析相关(例如，dhx36、arid4b、ube2a或usp24)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞增殖和/或凋亡相关(例如，pdcd10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与脊柱腕跗骨连接综合征相关(例如，oaf)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质折叠相关(例如，hspa14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与解旋酶活性相关(例如，dhx36)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch的岩藻糖基化和/或gcp-岩藻糖的转运相关(例如，slc35c2)。

109、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

110、在一些实施例中，该基因或基因产物选自tmprss11b、htt、snrnp70、brd7、dmxl1、rab10、cnga1、klhdc3、chp1、cyp3a5、elovl4、pnisr、zcchc14、azgp1、tpst1、sc5d、elp2、elp3、ipo9、rab14、wdr7、xrcc4、gdi2、或其组合。

111、在一些实施例中，该基因或基因产物与微管介导的转运或囊泡功能相关(例如，htt)。在一些实施例中，该基因或基因产物是离子通道(例如，cnga1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核蛋白输入相关(例如，ipo9)。在一些实施例中，该基因或基因产物与多肽酸性基序内的酪氨酸残基的o-硫酸化相关(例如，tpst1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒rna的保护相关(例如，zcchc14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav蛋白的rna结合相关(例如，pnisr)。在一些实施例中，该基因或基因产物与钙离子调控的胞吐作用相关(例如，chp1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内运输相关(例如，rab10、rab14、gdi2、wdr7或dmxl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物是延伸因子复合物，例如rna聚合酶(例如，rna聚合酶ii)的亚基(例如，催化性trna乙酰转移酶亚基)，例如elp2或elp3。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质结合(例如，klhdc3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与胆固醇生物合成相关(例如，sc5d)。

112、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2和aav9颗粒的转导是必需的。

113、在一些实施例中，该基因或基因产物选自kiaa0319l、bambi、tm9sf2、phip、dclre1c、vps35、gpr108、cyren、acp2、f8a2、f8a1、f8a3、rbpj、atp2c1、icmt、rabif、ier3ip1、rbm10、smg7、gtf2i、elavl1、mepce、rab4a、ier3ip1、samd1、或其组合。

114、在一些实施例中，该基因或基因产物与流感感染相关(例如，acp2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与未甲基化的cgi结合(例如，samd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内囊泡转运相关(例如，rabif)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如靶蛋白中的半胱氨酸残基(例如，c-末端半胱氨酸残基)的翻译后修饰相关(例如，icmt)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav的衣壳蛋白结合(例如，kiaa0319l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与tlr(例如，tlr9)的抑制相关，例如gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如aav-r的内体运输相关(例如，vps35)。在一些实施例中，该基因或基因产物是钙atp酶泵(例如，atp2c1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch信号传导相关(例如，rbpj)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hspg代谢相关(例如，tm9sf2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nhej的抑制相关(例如，cyren)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒发夹解析相关(例如，dclre1c)。在一些实施例中，该基因或基因产物与glc转运蛋白易位相关，任选地其中该基因或基因产物与胰岛素受体底物1蛋白结合(例如，phip)。

115、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物在受调节时不降低，或者基本上不降低aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

116、在一些实施例中，该基因或基因产物选自greb1l、birc2、tymsos、msl3、sik3、gtf2h5、pigw、atraid、ppp4r1、zfc3h1、setdb1、smchd1、tmem123、uhrf1、clul1、smad5、setx、steep1、dennd6a、rtn4rl2、mtmr9、strada、psip1、bmpr1a、hikeshi、ap3m1、men1、myl12b、creb1、rab12、smtnl1、mrgbp、wtap、sumo2、tcn1、aldh3b1、arl14ep、myl12a、rhod、pgap2、eif4a1、pign、daxx、hdlbp、golga1、sarnp、ube2l6、trim49、sik2、sox4、or6q1、or4d6、unc93b1、catsperz、pigt、pym1、micos13、rin1、dot1l、trim49c、mapk20、col8a1、fasn、kdm3b、pigf、piga、pigy、gpc3、trappc2l、rab31、elp3、或其组合。

117、在一些实施例中，该基因或基因产物与视黄酸受体活性相关(例如，greb1l)。在一些实施例中，该基因或基因产物是胸苷酸合成酶(例如，tymsos)。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质重塑相关(例如，smchd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白h4乙酰化相关(例如，msl3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录和/或dna修复相关(例如，gtf2h5)。在一些实施例中，该基因或基因产物是组蛋白甲基转移酶(例如，setdb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与聚腺苷酸化rna的外体降解相关(例如，zfc3h1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白脱乙酰酶募集至dna相关(例如，uhrf1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与氧化应激诱导的dna双链断裂应答相关(例如，setx)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白修饰相关(例如，men1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核小体/dna相互作用相关(例如，mrgbp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi生物合成相关(例如，pigw、pign、pigt、pigf、piga或pigy)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi锚的成熟相关(例如，pgap2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的胞吞作用相关(例如，dennd6a、golga1、mtmr9、gpc3、ppp4r1、rab12、rab31、rhod、rin1、tmem123或trappc2l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡介导的胞吞作用相关(例如，ap3m1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与bmp受体激酶相关(例如，smad5、bmpr1a或creb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，psip1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hsp70蛋白的核输入相关(例如，hikeshi)。在一些实施例中，该基因或基因产物与ser/thr激酶相关(例如，sik2或sik3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质的sumo化相关(例如，sumo2、ube2l6)。

118、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不降低，或者基本上不降低aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav9颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav2颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

119、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ap2a1、ap2b1、tm9sf4、actr5、ptma、papola、pdha1、pdhb、slc25a19、gak、aunip、fcho2、actb、lipt1、uchl5、ino80e、echs1、nelfb、edc4、prmt1、pds5b、peli3、fbxl20、slc35a1、或其组合。

120、在一些实施例中，该基因或基因产物与atp、伴侣蛋白和/或网格蛋白结合(例如，gak)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡运输相关(例如，ap2b1或ap2a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白介导的胞吞作用相关(例如，fcho2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡运输相关(例如，actb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与先天免疫应答相关(例如，peli3或fbxl20)。在一些实施例中，该基因或基因产物与葡萄糖代谢相关(例如，pdhb或pdha1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna切除和/或同源重组相关，例如在dna损伤后(例如，aunip)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复相关，例如在dna损伤后(例如，uchl5、ino80e、pds5b、actr5或prmt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与cmp-唾液酸从细胞溶质向高尔基体囊泡的转运相关(例如，slc35a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与包含富含甘氨酸的跨膜结构域的多肽的定位，例如定位到细胞表面相关(例如，tm9sf4)。在一些实施例中，该基因或基因产物与poly(a)尾合成相关(例如，papola)。在一些实施例中，该基因或基因产物是ptma。在一些实施例中，该基因或基因产物与rna聚合酶ii对mrna的延伸相关(例如，nelfb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与mrna降解相关(例如，edc4)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体脂酰转移酶(例如，lipt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与线粒体脂肪酸β-氧化相关(例如，echs1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体硫胺素焦磷酸载体(例如，slc25a19)。

121、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2和aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

122、在一些实施例中，该基因或基因产物选自由以下组成的组：pitpnb、pitp、fam91a1、wdr11、ap1g1、ap1m1、ap1s1、ap1s3、heatr5b、stx16、ap1b1、pias1、denr、arl1、zfat、tbc1d23、lin37、ralgapb、b3gnt2、elovl1、ap2b1、kiaa2013、pten、mcts1、nbn、helz、slc38a10、fbxl20、tgif1、kdsr、cpd、chd7、usp9x、simc1、taf11、vapa、mtmr6、rab1b、slf2、mre11、vti1a、mboat7、ppp6r3、或其组合。

123、在一些实施例中，该基因或基因产物与长链fa延伸循环相关(例如，elovl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫辛酸生物合成相关(例如，pias1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白磷酸酶催化亚基相关(例如，ppp6r3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与wdr11途径相关(例如，wdr11、fam91a1、ap1g1、ap1s1、ap1m1、ap1s3或tbc1d23)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如pi和/或pc从高尔基体到内质网的逆行转运相关(例如，pitp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与从晚期内体到反式高尔基体网络的囊泡转运相关(例如，stx16)。在一些实施例中，该基因或基因产物与高尔基体蛋白、adp核糖基化因子结合蛋白和/或arf-gef的活性或向反式高尔基体网络的募集相关(例如，arl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码网格蛋白依赖性囊泡的组分和/或与ap1g1/ap-1介导的蛋白质运输相关(例如，heatr5b)。

124、在一些实施例中，该调节剂是：(a)靶向该基因或其调控元件中的一个或多个位点的基因编辑系统；(b)编码该基因编辑系统的一种或多种组分的核酸；或(c)其组合。在一些实施例中，该基因编辑系统是crispr/cas系统、锌指核酸酶系统、talen系统和大范围核酸酶系统。

125、在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的早期(例如，第一、第二或第三)外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在外显子4的上游，例如在外显子1、外显子2或外显子3中。在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的晚期外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在倒数第四外显子的下游，例如在倒数第三外显子、倒数第二外显子或最后外显子中。在一些实施例中，该基因编辑系统是包含指导rna(grna)分子的crispr/cas系统，该grna分子包含与该基因的靶序列杂交的靶向序列。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas9系统。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas12a系统。

126、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的小干扰rna(sirna)或小发夹(shrna)，或编码该sirna或shrna的核酸。在一些实施例中，该sirna或shrna包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的指导rna(grna)，或编码该grna的核酸。在一些实施例中，该grna包含与该基因的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

127、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的反义寡核苷酸(aso)，或编码该aso的核酸。在一些实施例中，该aso包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

128、在一些实施例中，该调节剂是小分子(例如，本文所述的化合物，例如，在图7中)。在一些实施例中，该小分子是蛋白质降解剂。

129、在一些实施例中，该调节剂是蛋白质或肽，或编码该蛋白质或肽的核酸。在一些实施例中，该调节剂是抗体分子(例如，scfv或sdab)。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性结合配偶体，或编码该显性负性结合配偶体的核酸。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性(例如催化上无活性的)变体，或编码所述显性负性变体的核酸。

130、在一些实施例中，该aav颗粒包含aav基因组。在一些实施例中，该aav颗粒包含aav样颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒包含衣壳。在一些实施例中，该aav颗粒具有aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav10、aav11或其组合的血清型。在一些实施例中，该aav颗粒是aav2颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒是aav9颗粒。

131、在一些实施例中，该aav颗粒具有对cns的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对心脏的嗜性(例如，aav1、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肾的嗜性(例如，aav2)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肝脏的嗜性(例如，aav7、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肺的嗜性(例如，aav4、aav5、aav6或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对胰腺的嗜性(例如，aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对感光细胞的嗜性(例如，aav2、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对视网膜色素上皮(rpe)的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对骨骼肌的嗜性(例如，aav1、aav6、aav7、aav8或aav9)。

132、在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性蛋白质，例如与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码ngf、apoe2(例如，hapoe2)、tert(例如，htert)、mapt、gad、aadc、ntn、gdnf、gcase、htt、smn、smn2、sod1或c9orf72的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性核酸，例如靶向编码与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列的核酸的核苷酸序列。

133、在一些实施例中，该方法包括向该受试者施用多种aav转导调节剂或调节与aav转导效率相关的多种基因或基因产物的aav调节剂。

134、在另一个方面，本披露提供了治疗障碍的方法，该方法包括向对此有需要的受试者施用有效量的(a)aav转导调节剂和(b)包含aav基因组或aav颗粒的治疗，从而治疗该障碍。

135、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者尚未接受或未正在接受该治疗。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。

136、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者已经接受或正在接受该治疗。在一些实施例中，该受试者在施用该aav转导调节剂之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月接受该治疗。在一些实施例中，该受试者在施用该aav转导调节剂之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月接受该治疗。

137、在一些实施例中，该障碍是神经退行性障碍。在一些实施例中，该神经退行性障碍是阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、多发性硬化(ms)、肌萎缩性侧索硬化(als)或巴藤病。在一些实施例中，该障碍是轻度阿尔茨海默病、轻度至中度阿尔茨海默病、轻度至重度阿尔茨海默病、早期痴呆、帕金森病(例如，特发性帕金森病、双侧特发性帕金森病、中期至晚期帕金森病)、亨廷顿病(例如，症状期亨廷顿病)、1型sma、症状前sma或肌萎缩性侧索硬化(als)(例如，家族性als、具有sod1突变的als或具有c9orf72突变的als)。在一些实施例中，该障碍是眼部障碍。在一些实施例中，该眼部障碍是失明，例如遗传性或非遗传性失明。在一些实施例中，该眼部障碍是莱伯氏先天性黑蒙、年龄相关性黄斑变性、无脉络膜症或色盲。在一些实施例中，该方法降低该治疗的毒性，增强该治疗的功效，或两者兼有。

138、在一些实施例中，该调节剂调节(例如，增加或减少)与aav转导效率相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该基因或基因产物是哺乳动物(例如，人)基因或基因产物。

139、在一些实施例中，该调节剂抑制该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率降低相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该调节剂激活该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率增加相关的基因或基因产物。

140、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率增加相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率增加，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率增加，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。

141、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率降低相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率降低，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率降低，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

142、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

143、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

144、在一些实施例中，该基因产物是rna(例如，mrna)。在一些实施例中，该基因产物是蛋白质。在一些实施例中，该基因或基因产物优先在靶组织(例如，脑或肝脏)中表达。下文的从属权利要求描述了基于其机制的aav转导调节剂。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因的表达。在一些实施例中，该调节剂改变该基因的结构。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的活性(例如，酶活性)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的水平(例如，丰度)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的稳定性。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)aav颗粒的转导效率，例如，如通过本文所述的测定法(例如，facs分析，例如，如实例1或实例2中所述)所测定的。

145、在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r、gpr108、wdr11或mre11。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

146、在一些实施例中，该方法在第一组织中产生高基因调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在第二组织中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。在一些实施例中，该方法在肝脏中产生高调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在骨骼肌、骨髓或两者中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。

147、在一些实施例中，该调节剂静脉内施用。

148、在一些实施例中，该调节剂增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少10、20、30、40、50或60个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少103、104、105、106或107个病毒拷贝/μg dna。

149、在一些实施例中，该调节剂降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过102、103或104个病毒拷贝/μg dna。

150、在一些实施例中，该转导效率的参考水平是尚未与该aav转导调节剂接触的细胞中的转导效率水平。在一些实施例中，该转导效率的参考水平是在该细胞与该aav转导调节剂接触之前的转导效率水平。

151、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物或者基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

152、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ext1、ext2、ndst1、bcl10、oaf、pdcd10、lmo4、malt1、znf644、chuk、glce、ep300、arid4b、rab21、med13、dhx15、washc5、ikbkb、usp24、hspa14、cxxc1、ube2a、ints8、cdc42、nfkb1、sin3a、usp7、arf5、card10、jak1、slc35c2、paxk1、zc3h11a、fam20b、fam72a、dhx36、ints12、rprd1b、或其组合。

153、在一些实施例中，该基因或基因产物与内体分选相关(例如，rab21、washc5或usp7)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的转运相关(例如，cdc42或arf5)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nfkb信号传导相关(例如，bcl10、malt1、nfkb1、ikbkb、chuk或card10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫酸乙酰肝素生物合成相关(例如，ext1、ext2、ndst1、glce或fam20b)。在一些实施例中，该基因或基因产物与h3k9甲基化相关(例如，znf644)。在一些实施例中，该基因或基因产物与前mrna加工相关(例如，dhx15)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，lmo4、ep300、med13、sin3、arid4b、zc3h11a、cxxc1、rprd1b或ube2a)。在一些实施例中，该基因或基因产物与整合子复合物和/或rna聚合酶ii功能相关(例如，ints8或inst12)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复和/或aav基因组解析相关(例如，dhx36、arid4b、ube2a或usp24)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞增殖和/或凋亡相关(例如，pdcd10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与脊柱腕跗骨连接综合征相关(例如，oaf)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质折叠相关(例如，hspa14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与解旋酶活性相关(例如，dhx36)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch的岩藻糖基化和/或gcp-岩藻糖的转运相关(例如，slc35c2)。

154、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

155、在一些实施例中，该基因或基因产物选自tmprss11b、htt、snrnp70、brd7、dmxl1、rab10、cnga1、klhdc3、chp1、cyp3a5、elovl4、pnisr、zcchc14、azgp1、tpst1、sc5d、elp2、elp3、ipo9、rab14、wdr7、xrcc4、gdi2、或其组合。

156、在一些实施例中，该基因或基因产物与微管介导的转运或囊泡功能相关(例如，htt)。在一些实施例中，该基因或基因产物是离子通道(例如，cnga1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核蛋白输入相关(例如，ipo9)。在一些实施例中，该基因或基因产物与多肽酸性基序内的酪氨酸残基的o-硫酸化相关(例如，tpst1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒rna的保护相关(例如，zcchc14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav蛋白的rna结合相关(例如，pnisr)。在一些实施例中，该基因或基因产物与钙离子调控的胞吐作用相关(例如，chp1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内运输相关(例如，rab10、rab14、gdi2、wdr7或dmxl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物是延伸因子复合物，例如rna聚合酶(例如，rna聚合酶ii)的亚基(例如，催化性trna乙酰转移酶亚基)，例如elp2或elp3。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质结合(例如，klhdc3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与胆固醇生物合成相关(例如，sc5d)。

157、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2和aav9颗粒的转导是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

158、在一些实施例中，该基因或基因产物选自kiaa0319l、bambi、tm9sf2、phip、dclre1c、vps35、gpr108、cyren、acp2、f8a2、f8a1、f8a3、rbpj、atp2c1、icmt、rabif、ier3ip1、rbm10、smg7、gtf2i、elavl1、mepce、rab4a、ier3ip1、samd1、或其组合。

159、在一些实施例中，该基因或基因产物与流感感染相关(例如，acp2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与未甲基化的cgi结合(例如，samd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内囊泡转运相关(例如，rabif)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如靶蛋白中的半胱氨酸残基(例如，c-末端半胱氨酸残基)的翻译后修饰相关(例如，icmt)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav的衣壳蛋白结合(例如，kiaa0319l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与tlr(例如，tlr9)的抑制相关，例如gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如aav-r的内体运输相关(例如，vps35)。在一些实施例中，该基因或基因产物是钙atp酶泵(例如，atp2c1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch信号传导相关(例如，rbpj)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hspg代谢相关(例如，tm9sf2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nhej的抑制相关(例如，cyren)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒发夹解析相关(例如，dclre1c)。在一些实施例中，该基因或基因产物与glc转运蛋白易位相关，任选地其中该基因或基因产物与胰岛素受体底物1蛋白结合(例如，phip)。

160、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物在受调节时不降低，或者基本上不降低aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

161、在一些实施例中，该基因或基因产物选自greb1l、birc2、tymsos、msl3、sik3、gtf2h5、pigw、atraid、ppp4r1、zfc3h1、setdb1、smchd1、tmem123、uhrf1、clul1、smad5、setx、steep1、dennd6a、rtn4rl2、mtmr9、strada、psip1、bmpr1a、hikeshi、ap3m1、men1、myl12b、creb1、rab12、smtnl1、mrgbp、wtap、sumo2、tcn1、aldh3b1、arl14ep、myl12a、rhod、pgap2、eif4a1、pign、daxx、hdlbp、golga1、sarnp、ube2l6、trim49、sik2、sox4、or6q1、or4d6、unc93b1、catsperz、pigt、pym1、micos13、rin1、dot1l、trim49c、mapk20、col8a1、fasn、kdm3b、pigf、piga、pigy、gpc3、trappc2l、rab31、elp3、或其组合。

162、在一些实施例中，该基因或基因产物与视黄酸受体活性相关(例如，greb1l)。在一些实施例中，该基因或基因产物是胸苷酸合成酶(例如，tymsos)。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质重塑相关(例如，smchd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白h4乙酰化相关(例如，msl3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录和/或dna修复相关(例如，gtf2h5)。在一些实施例中，该基因或基因产物是组蛋白甲基转移酶(例如，setdb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与聚腺苷酸化rna的外体降解相关(例如，zfc3h1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白脱乙酰酶募集至dna相关(例如，uhrf1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与氧化应激诱导的dna双链断裂应答相关(例如，setx)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白修饰相关(例如，men1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核小体/dna相互作用相关(例如，mrgbp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi生物合成相关(例如，pigw、pign、pigt、pigf、piga或pigy)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi锚的成熟相关(例如，pgap2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的胞吞作用相关(例如，dennd6a、golga1、mtmr9、gpc3、ppp4r1、rab12、rab31、rhod、rin1、tmem123或trappc2l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡介导的胞吞作用相关(例如，ap3m1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与bmp受体激酶相关(例如，smad5、bmpr1a或creb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，psip1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hsp70蛋白的核输入相关(例如，hikeshi)。在一些实施例中，该基因或基因产物与ser/thr激酶相关(例如，sik2或sik3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质的sumo化相关(例如，sumo2、ube2l6)。

163、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不降低，或者基本上不降低aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav9颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav2颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

164、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ap2a1、ap2b1、tm9sf4、actr5、ptma、papola、pdha1、pdhb、slc25a19、gak、aunip、fcho2、actb、lipt1、uchl5、ino80e、echs1、nelfb、edc4、prmt1、pds5b、peli3、fbxl20、slc35a1、或其组合。

165、在一些实施例中，该基因或基因产物与atp、伴侣蛋白和/或网格蛋白结合(例如，gak)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡运输相关(例如，ap2b1或ap2a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白介导的胞吞作用相关(例如，fcho2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡运输相关(例如，actb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与先天免疫应答相关(例如，peli3或fbxl20)。在一些实施例中，该基因或基因产物与葡萄糖代谢相关(例如，pdhb或pdha1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna切除和/或同源重组相关，例如在dna损伤后(例如，aunip)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复相关，例如在dna损伤后(例如，uchl5、ino80e、pds5b、actr5或prmt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与cmp-唾液酸从细胞溶质向高尔基体囊泡的转运相关(例如，slc35a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与包含富含甘氨酸的跨膜结构域的多肽的定位，例如定位到细胞表面相关(例如，tm9sf4)。在一些实施例中，该基因或基因产物与poly(a)尾合成相关(例如，papola)。在一些实施例中，该基因或基因产物是ptma。在一些实施例中，该基因或基因产物与rna聚合酶ii对mrna的延伸相关(例如，nelfb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与mrna降解相关(例如，edc4)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体脂酰转移酶(例如，lipt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与线粒体脂肪酸β-氧化相关(例如，echs1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体硫胺素焦磷酸载体(例如，slc25a19)。

166、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2和aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

167、在一些实施例中，该基因或基因产物选自由以下组成的组：pitpnb、pitp、fam91a1、wdr11、ap1g1、ap1m1、ap1s1、ap1s3、heatr5b、stx16、ap1b1、pias1、denr、arl1、zfat、tbc1d23、lin37、ralgapb、b3gnt2、elovl1、ap2b1、kiaa2013、pten、mcts1、nbn、helz、slc38a10、fbxl20、tgif1、kdsr、cpd、chd7、usp9x、simc1、taf11、vapa、mtmr6、rab1b、slf2、mre11、vti1a、mboat7、ppp6r3、或其组合。

168、在一些实施例中，该基因或基因产物与长链fa延伸循环相关(例如，elovl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫辛酸生物合成相关(例如，pias1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白磷酸酶催化亚基相关(例如，ppp6r3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与wdr11途径相关(例如，wdr11、fam91a1、ap1g1、ap1s1、ap1m1、ap1s3或tbc1d23)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如pi和/或pc从高尔基体到内质网的逆行转运相关(例如，pitp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与从晚期内体到反式高尔基体网络的囊泡转运相关(例如，stx16)。在一些实施例中，该基因或基因产物与高尔基体蛋白、adp核糖基化因子结合蛋白和/或arf-gef的活性或向反式高尔基体网络的募集相关(例如，arl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码网格蛋白依赖性囊泡的组分和/或与ap1g1/ap-1介导的蛋白质运输相关(例如，heatr5b)。

169、在一些实施例中，该调节剂是：(a)靶向该基因或其调控元件中的一个或多个位点的基因编辑系统；(b)编码该基因编辑系统的一种或多种组分的核酸；或(c)其组合。在一些实施例中，该基因编辑系统是crispr/cas系统、锌指核酸酶系统、talen系统和大范围核酸酶系统。

170、在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的早期(例如，第一、第二或第三)外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在外显子4的上游，例如在外显子1、外显子2或外显子3中。在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的晚期外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在倒数第四外显子的下游，例如在倒数第三外显子、倒数第二外显子或最后外显子中。在一些实施例中，该基因编辑系统是包含指导rna(grna)分子的crispr/cas系统，该grna分子包含与该基因的靶序列杂交的靶向序列。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas9系统。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas12a系统。

171、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的小干扰rna(sirna)或小发夹(shrna)，或编码该sirna或shrna的核酸。在一些实施例中，该sirna或shrna包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的指导rna(grna)，或编码该grna的核酸。在一些实施例中，该grna包含与该基因的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

172、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的反义寡核苷酸(aso)，或编码该aso的核酸。在一些实施例中，该aso包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

173、在一些实施例中，该调节剂是小分子(例如，本文所述的化合物，例如，在图7中)。在一些实施例中，该小分子是蛋白质降解剂。

174、在一些实施例中，该调节剂是蛋白质或肽，或编码该蛋白质或肽的核酸。在一些实施例中，该调节剂是抗体分子(例如，scfv或sdab)。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性结合配偶体，或编码该显性负性结合配偶体的核酸。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性(例如催化上无活性的)变体，或编码所述显性负性变体的核酸。

175、在一些实施例中，该aav颗粒包含aav基因组。在一些实施例中，该aav颗粒包含aav样颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒包含衣壳。在一些实施例中，该aav颗粒具有aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav10、aav11或其组合的血清型。在一些实施例中，该aav颗粒是aav2颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒是aav9颗粒。

176、在一些实施例中，该aav颗粒具有对cns的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对心脏的嗜性(例如，aav1、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肾的嗜性(例如，aav2)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肝脏的嗜性(例如，aav7、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肺的嗜性(例如，aav4、aav5、aav6或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对胰腺的嗜性(例如，aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对感光细胞的嗜性(例如，aav2、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对视网膜色素上皮(rpe)的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对骨骼肌的嗜性(例如，aav1、aav6、aav7、aav8或aav9)。

177、在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性蛋白质，例如与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码ngf、apoe2(例如，hapoe2)、tert(例如，htert)、mapt、gad、aadc、ntn、gdnf、gcase、htt、smn、smn2、sod1或c9orf72的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性核酸，例如靶向编码与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列的核酸的核苷酸序列。

178、在一些实施例中，该方法包括向该受试者施用多种aav转导调节剂或调节与aav转导效率相关的多种基因或基因产物的aav调节剂。

179、在另一个方面，本披露提供了使受试者对包含aav基因组或aav颗粒的治疗做好准备的方法，该方法包括向该受试者施用有效量的aav转导调节剂，从而使该受试者对该治疗做好准备。

180、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者尚未接受或未正在接受该治疗。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。

181、在一些实施例中，该受试者患有障碍或其症状，或处于患有障碍或其症状的风险中。在一些实施例中，该障碍是神经退行性障碍。在一些实施例中，该神经退行性障碍是阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、多发性硬化(ms)、肌萎缩性侧索硬化(als)或巴藤病。在一些实施例中，该障碍是轻度阿尔茨海默病、轻度至中度阿尔茨海默病、轻度至重度阿尔茨海默病、早期痴呆、帕金森病(例如，特发性帕金森病、双侧特发性帕金森病、中期至晚期帕金森病)、亨廷顿病(例如，症状期亨廷顿病)、1型sma、症状前sma或肌萎缩性侧索硬化(als)(例如，家族性als、具有sod1突变的als或具有c9orf72突变的als)。在一些实施例中，该障碍是眼部障碍。在一些实施例中，该眼部障碍是失明，例如遗传性或非遗传性失明。在一些实施例中，该眼部障碍是莱伯氏先天性黑蒙、年龄相关性黄斑变性、无脉络膜症或色盲。在一些实施例中，该方法降低该治疗的毒性，增强该治疗的功效，或两者兼有。

182、在一些实施例中，该调节剂调节(例如，增加或减少)与aav转导效率相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该基因或基因产物是哺乳动物(例如，人)基因或基因产物。

183、在一些实施例中，该调节剂抑制该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率降低相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该调节剂激活该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率增加相关的基因或基因产物。

184、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率增加相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率增加，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率增加，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。

185、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率降低相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率降低，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率降低，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

186、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

187、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

188、在一些实施例中，该基因产物是rna(例如，mrna)。在一些实施例中，该基因产物是蛋白质。在一些实施例中，该基因或基因产物优先在靶组织(例如，脑或肝脏)中表达。下文的从属权利要求描述了基于其机制的aav转导调节剂。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因的表达。在一些实施例中，该调节剂改变该基因的结构。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的活性(例如，酶活性)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的水平(例如，丰度)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的稳定性。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)aav颗粒的转导效率，例如，如通过本文所述的测定法(例如，facs分析，例如，如实例1或实例2中所述)所测定的。

189、在一些实施例中，该调节剂增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少10、20、30、40、50或60个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少103、104、105、106或107个病毒拷贝/μg dna。

190、在一些实施例中，该调节剂降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过102、103或104个病毒拷贝/μg dna。

191、在一些实施例中，该转导效率的参考水平是尚未与该aav转导调节剂接触的细胞中的转导效率水平。在一些实施例中，该转导效率的参考水平是在该细胞与该aav转导调节剂接触之前的转导效率水平。

192、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物或者基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

193、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ext1、ext2、ndst1、bcl10、oaf、pdcd10、lmo4、malt1、znf644、chuk、glce、ep300、arid4b、rab21、med13、dhx15、washc5、ikbkb、usp24、hspa14、cxxc1、ube2a、ints8、cdc42、nfkb1、sin3a、usp7、arf5、card10、jak1、slc35c2、paxk1、zc3h11a、fam20b、fam72a、dhx36、ints12、rprd1b、或其组合。

194、在一些实施例中，该基因或基因产物与内体分选相关(例如，rab21、washc5或usp7)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的转运相关(例如，cdc42或arf5)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nfkb信号传导相关(例如，bcl10、malt1、nfkb1、ikbkb、chuk或card10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫酸乙酰肝素生物合成相关(例如，ext1、ext2、ndst1、glce或fam20b)。在一些实施例中，该基因或基因产物与h3k9甲基化相关(例如，znf644)。在一些实施例中，该基因或基因产物与前mrna加工相关(例如，dhx15)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，lmo4、ep300、med13、sin3、arid4b、zc3h11a、cxxc1、rprd1b或ube2a)。在一些实施例中，该基因或基因产物与整合子复合物和/或rna聚合酶ii功能相关(例如，ints8或inst12)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复和/或aav基因组解析相关(例如，dhx36、arid4b、ube2a或usp24)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞增殖和/或凋亡相关(例如，pdcd10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与脊柱腕跗骨连接综合征相关(例如，oaf)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质折叠相关(例如，hspa14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与解旋酶活性相关(例如，dhx36)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch的岩藻糖基化和/或gcp-岩藻糖的转运相关(例如，slc35c2)。

195、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

196、在一些实施例中，该基因或基因产物选自tmprss11b、htt、snrnp70、brd7、dmxl1、rab10、cnga1、klhdc3、chp1、cyp3a5、elovl4、pnisr、zcchc14、azgp1、tpst1、sc5d、elp2、elp3、ipo9、rab14、wdr7、xrcc4、gdi2、或其组合。

197、在一些实施例中，该基因或基因产物与微管介导的转运或囊泡功能相关(例如，htt)。在一些实施例中，该基因或基因产物是离子通道(例如，cnga1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核蛋白输入相关(例如，ipo9)。在一些实施例中，该基因或基因产物与多肽酸性基序内的酪氨酸残基的o-硫酸化相关(例如，tpst1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒rna的保护相关(例如，zcchc14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav蛋白的rna结合相关(例如，pnisr)。在一些实施例中，该基因或基因产物与钙离子调控的胞吐作用相关(例如，chp1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内运输相关(例如，rab10、rab14、gdi2、wdr7或dmxl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物是延伸因子复合物，例如rna聚合酶(例如，rna聚合酶ii)的亚基(例如，催化性trna乙酰转移酶亚基)，例如elp2或elp3。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质结合(例如，klhdc3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与胆固醇生物合成相关(例如，sc5d)。

198、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2和aav9颗粒的转导是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

199、在一些实施例中，该基因或基因产物选自kiaa0319l、bambi、tm9sf2、phip、dclre1c、vps35、gpr108、cyren、acp2、f8a2、f8a1、f8a3、rbpj、atp2c1、icmt、rabif、ier3ip1、rbm10、smg7、gtf2i、elavl1、mepce、rab4a、ier3ip1、samd1、或其组合。

200、在一些实施例中，该基因或基因产物与流感感染相关(例如，acp2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与未甲基化的cgi结合(例如，samd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内囊泡转运相关(例如，rabif)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如靶蛋白中的半胱氨酸残基(例如，c-末端半胱氨酸残基)的翻译后修饰相关(例如，icmt)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav的衣壳蛋白结合(例如，kiaa0319l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与tlr(例如，tlr9)的抑制相关，例如gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如aav-r的内体运输相关(例如，vps35)。在一些实施例中，该基因或基因产物是钙atp酶泵(例如，atp2c1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch信号传导相关(例如，rbpj)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hspg代谢相关(例如，tm9sf2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nhej的抑制相关(例如，cyren)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒发夹解析相关(例如，dclre1c)。在一些实施例中，该基因或基因产物与glc转运蛋白易位相关，任选地其中该基因或基因产物与胰岛素受体底物1蛋白结合(例如，phip)。

201、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物在受调节时不降低，或者基本上不降低aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

202、在一些实施例中，该基因或基因产物选自greb1l、birc2、tymsos、msl3、sik3、gtf2h5、pigw、atraid、ppp4r1、zfc3h1、setdb1、smchd1、tmem123、uhrf1、clul1、smad5、setx、steep1、dennd6a、rtn4rl2、mtmr9、strada、psip1、bmpr1a、hikeshi、ap3m1、men1、myl12b、creb1、rab12、smtnl1、mrgbp、wtap、sumo2、tcn1、aldh3b1、arl14ep、myl12a、rhod、pgap2、eif4a1、pign、daxx、hdlbp、golga1、sarnp、ube2l6、trim49、sik2、sox4、or6q1、or4d6、unc93b1、catsperz、pigt、pym1、micos13、rin1、dot1l、trim49c、mapk20、col8a1、fasn、kdm3b、pigf、piga、pigy、gpc3、trappc2l、rab31、elp3、或其组合。

203、在一些实施例中，该基因或基因产物与视黄酸受体活性相关(例如，greb1l)。在一些实施例中，该基因或基因产物是胸苷酸合成酶(例如，tymsos)。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质重塑相关(例如，smchd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白h4乙酰化相关(例如，msl3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录和/或dna修复相关(例如，gtf2h5)。在一些实施例中，该基因或基因产物是组蛋白甲基转移酶(例如，setdb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与聚腺苷酸化rna的外体降解相关(例如，zfc3h1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白脱乙酰酶募集至dna相关(例如，uhrf1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与氧化应激诱导的dna双链断裂应答相关(例如，setx)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白修饰相关(例如，men1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核小体/dna相互作用相关(例如，mrgbp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi生物合成相关(例如，pigw、pign、pigt、pigf、piga或pigy)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi锚的成熟相关(例如，pgap2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的胞吞作用相关(例如，dennd6a、golga1、mtmr9、gpc3、ppp4r1、rab12、rab31、rhod、rin1、tmem123或trappc2l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡介导的胞吞作用相关(例如，ap3m1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与bmp受体激酶相关(例如，smad5、bmpr1a或creb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，psip1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hsp70蛋白的核输入相关(例如，hikeshi)。在一些实施例中，该基因或基因产物与ser/thr激酶相关(例如，sik2或sik3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质的sumo化相关(例如，sumo2、ube2l6)。

204、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不降低，或者基本上不降低aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav9颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav2颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

205、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ap2a1、ap2b1、tm9sf4、actr5、ptma、papola、pdha1、pdhb、slc25a19、gak、aunip、fcho2、actb、lipt1、uchl5、ino80e、echs1、nelfb、edc4、prmt1、pds5b、peli3、fbxl20、slc35a1、或其组合。

206、在一些实施例中，该基因或基因产物与atp、伴侣蛋白和/或网格蛋白结合(例如，gak)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡运输相关(例如，ap2b1或ap2a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白介导的胞吞作用相关(例如，fcho2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡运输相关(例如，actb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与先天免疫应答相关(例如，peli3或fbxl20)。在一些实施例中，该基因或基因产物与葡萄糖代谢相关(例如，pdhb或pdha1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna切除和/或同源重组相关，例如在dna损伤后(例如，aunip)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复相关，例如在dna损伤后(例如，uchl5、ino80e、pds5b、actr5或prmt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与cmp-唾液酸从细胞溶质向高尔基体囊泡的转运相关(例如，slc35a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与包含富含甘氨酸的跨膜结构域的多肽的定位，例如定位到细胞表面相关(例如，tm9sf4)。在一些实施例中，该基因或基因产物与poly(a)尾合成相关(例如，papola)。在一些实施例中，该基因或基因产物是ptma。在一些实施例中，该基因或基因产物与rna聚合酶ii对mrna的延伸相关(例如，nelfb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与mrna降解相关(例如，edc4)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体脂酰转移酶(例如，lipt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与线粒体脂肪酸β-氧化相关(例如，echs1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体硫胺素焦磷酸载体(例如，slc25a19)。

207、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2和aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

208、在一些实施例中，该基因或基因产物选自由以下组成的组：pitpnb、pitp、fam91a1、wdr11、ap1g1、ap1m1、ap1s1、ap1s3、heatr5b、stx16、ap1b1、pias1、denr、arl1、zfat、tbc1d23、lin37、ralgapb、b3gnt2、elovl1、ap2b1、kiaa2013、pten、mcts1、nbn、helz、slc38a10、fbxl20、tgif1、kdsr、cpd、chd7、usp9x、simc1、taf11、vapa、mtmr6、rab1b、slf2、mre11、vti1a、mboat7、ppp6r3、或其组合。

209、在一些实施例中，该基因或基因产物与长链fa延伸循环相关(例如，elovl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫辛酸生物合成相关(例如，pias1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白磷酸酶催化亚基相关(例如，ppp6r3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与wdr11途径相关(例如，wdr11、fam91a1、ap1g1、ap1s1、ap1m1、ap1s3或tbc1d23)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如pi和/或pc从高尔基体到内质网的逆行转运相关(例如，pitp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与从晚期内体到反式高尔基体网络的囊泡转运相关(例如，stx16)。在一些实施例中，该基因或基因产物与高尔基体蛋白、adp核糖基化因子结合蛋白和/或arf-gef的活性或向反式高尔基体网络的募集相关(例如，arl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码网格蛋白依赖性囊泡的组分和/或与ap1g1/ap-1介导的蛋白质运输相关(例如，heatr5b)。

210、在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r、gpr108、wdr11或mre11。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

211、在一些实施例中，该方法在第一组织中产生高基因调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在第二组织中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。在一些实施例中，该方法在肝脏中产生高调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在骨骼肌、骨髓或两者中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。

212、在一些实施例中，该调节剂静脉内施用。

213、在一些实施例中，该调节剂是：(a)靶向该基因或其调控元件中的一个或多个位点的基因编辑系统；(b)编码该基因编辑系统的一种或多种组分的核酸；或(c)其组合。在一些实施例中，该基因编辑系统是crispr/cas系统、锌指核酸酶系统、talen系统和大范围核酸酶系统。

214、在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的早期(例如，第一、第二或第三)外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在外显子4的上游，例如在外显子1、外显子2或外显子3中。在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的晚期外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在倒数第四外显子的下游，例如在倒数第三外显子、倒数第二外显子或最后外显子中。在一些实施例中，该基因编辑系统是包含指导rna(grna)分子的crispr/cas系统，该grna分子包含与该基因的靶序列杂交的靶向序列。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas9系统。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas12a系统。

215、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的小干扰rna(sirna)或小发夹(shrna)，或编码该sirna或shrna的核酸。在一些实施例中，该sirna或shrna包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的指导rna(grna)，或编码该grna的核酸。在一些实施例中，该grna包含与该基因的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

216、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的反义寡核苷酸(aso)，或编码该aso的核酸。在一些实施例中，该aso包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

217、在一些实施例中，该调节剂是小分子(例如，本文所述的化合物，例如，在图7中)。在一些实施例中，该小分子是蛋白质降解剂。

218、在一些实施例中，该调节剂是蛋白质或肽，或编码该蛋白质或肽的核酸。在一些实施例中，该调节剂是抗体分子(例如，scfv或sdab)。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性结合配偶体，或编码该显性负性结合配偶体的核酸。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性(例如催化上无活性的)变体，或编码所述显性负性变体的核酸。

219、在一些实施例中，该aav颗粒包含aav基因组。在一些实施例中，该aav颗粒包含aav样颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒包含衣壳。在一些实施例中，该aav颗粒具有aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav10、aav11或其组合的血清型。在一些实施例中，该aav颗粒是aav2颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒是aav9颗粒。

220、在一些实施例中，该aav颗粒具有对cns的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对心脏的嗜性(例如，aav1、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肾的嗜性(例如，aav2)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肝脏的嗜性(例如，aav7、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肺的嗜性(例如，aav4、aav5、aav6或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对胰腺的嗜性(例如，aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对感光细胞的嗜性(例如，aav2、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对视网膜色素上皮(rpe)的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对骨骼肌的嗜性(例如，aav1、aav6、aav7、aav8或aav9)。

221、在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性蛋白质，例如与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码ngf、apoe2(例如，hapoe2)、tert(例如，htert)、mapt、gad、aadc、ntn、gdnf、gcase、htt、smn、smn2、sod1或c9orf72的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性核酸，例如靶向编码与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列的核酸的核苷酸序列。

222、在一些实施例中，该方法包括向该受试者施用多种aav转导调节剂或调节与aav转导效率相关的多种基因或基因产物的aav调节剂。

223、在另一个方面，本披露提供了降低包含aav基因组或aav颗粒的治疗的毒性的方法，该方法包括向对此有需要的受试者施用有效量的aav转导调节剂，从而降低该治疗的毒性。

224、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者尚未接受或未正在接受该治疗。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。

225、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者已经接受或正在接受该治疗。在一些实施例中，该受试者在施用该aav转导调节剂之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月接受该治疗。在一些实施例中，该受试者在施用该aav转导调节剂之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月接受该治疗。

226、在一些实施例中，与毒性的参考水平相比，该毒性降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在一些实施例中，该毒性的参考水平是尚未施用该aav转导调节剂的受试者中的毒性水平。在一些实施例中，该毒性的参考水平是在向该受试者施用该aav转导调节剂之前的毒性水平。在一些实施例中，该方法降低背根神经节(drg)中的毒性。在一些实施例中，该方法降低肝脏中的毒性。在一些实施例中，该方法降低心肌细胞中的毒性。在一些实施例中，该方法降低视网膜色素上皮(rpe)中的毒性。

227、在一些实施例中，该受试者患有障碍或其症状，或处于患有障碍或其症状的风险中。在一些实施例中，该障碍是神经退行性障碍。在一些实施例中，该神经退行性障碍是阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、多发性硬化(ms)、肌萎缩性侧索硬化(als)或巴藤病。在一些实施例中，该障碍是轻度阿尔茨海默病、轻度至中度阿尔茨海默病、轻度至重度阿尔茨海默病、早期痴呆、帕金森病(例如，特发性帕金森病、双侧特发性帕金森病、中期至晚期帕金森病)、亨廷顿病(例如，症状期亨廷顿病)、1型sma、症状前sma或肌萎缩性侧索硬化(als)(例如，家族性als、具有sod1突变的als或具有c9orf72突变的als)。在一些实施例中，该障碍是眼部障碍。在一些实施例中，该眼部障碍是失明，例如遗传性或非遗传性失明。在一些实施例中，该眼部障碍是莱伯氏先天性黑蒙、年龄相关性黄斑变性、无脉络膜症或色盲。在一些实施例中，该方法降低该治疗的毒性，增强该治疗的功效，或两者兼有。

228、在一些实施例中，该调节剂调节(例如，增加或减少)与aav转导效率相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该基因或基因产物是哺乳动物(例如，人)基因或基因产物。

229、在一些实施例中，该调节剂抑制该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率降低相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该调节剂激活该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率增加相关的基因或基因产物。

230、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率增加相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率增加，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率增加，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。

231、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率降低相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率降低，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率降低，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

232、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

233、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

234、在一些实施例中，该基因产物是rna(例如，mrna)。在一些实施例中，该基因产物是蛋白质。在一些实施例中，该基因或基因产物优先在靶组织(例如，脑或肝脏)中表达。下文的从属权利要求描述了基于其机制的aav转导调节剂。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因的表达。在一些实施例中，该调节剂改变该基因的结构。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的活性(例如，酶活性)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的水平(例如，丰度)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的稳定性。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)aav颗粒的转导效率，例如，如通过本文所述的测定法(例如，facs分析，例如，如实例1或实例2中所述)所测定的。

235、在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r、gpr108、wdr11或mre11。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

236、在一些实施例中，该方法在第一组织中产生高基因调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在第二组织中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。在一些实施例中，该方法在肝脏中产生高调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在骨骼肌、骨髓或两者中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。

237、在一些实施例中，该调节剂静脉内施用。

238、在一些实施例中，该调节剂增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少10、20、30、40、50或60个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少103、104、105、106或107个病毒拷贝/μg dna。

239、在一些实施例中，该调节剂降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过102、103或104个病毒拷贝/μg dna。

240、在一些实施例中，该转导效率的参考水平是尚未与该aav转导调节剂接触的细胞中的转导效率水平。在一些实施例中，该转导效率的参考水平是在该细胞与该aav转导调节剂接触之前的转导效率水平。

241、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物或者基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

242、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ext1、ext2、ndst1、bcl10、oaf、pdcd10、lmo4、malt1、znf644、chuk、glce、ep300、arid4b、rab21、med13、dhx15、washc5、ikbkb、usp24、hspa14、cxxc1、ube2a、ints8、cdc42、nfkb1、sin3a、usp7、arf5、card10、jak1、slc35c2、paxk1、zc3h11a、fam20b、fam72a、dhx36、ints12、rprd1b、或其组合。

243、在一些实施例中，该基因或基因产物与内体分选相关(例如，rab21、washc5或usp7)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的转运相关(例如，cdc42或arf5)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nfkb信号传导相关(例如，bcl10、malt1、nfkb1、ikbkb、chuk或card10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫酸乙酰肝素生物合成相关(例如，ext1、ext2、ndst1、glce或fam20b)。在一些实施例中，该基因或基因产物与h3k9甲基化相关(例如，znf644)。在一些实施例中，该基因或基因产物与前mrna加工相关(例如，dhx15)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，lmo4、ep300、med13、sin3、arid4b、zc3h11a、cxxc1、rprd1b或ube2a)。在一些实施例中，该基因或基因产物与整合子复合物和/或rna聚合酶ii功能相关(例如，ints8或inst12)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复和/或aav基因组解析相关(例如，dhx36、arid4b、ube2a或usp24)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞增殖和/或凋亡相关(例如，pdcd10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与脊柱腕跗骨连接综合征相关(例如，oaf)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质折叠相关(例如，hspa14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与解旋酶活性相关(例如，dhx36)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch的岩藻糖基化和/或gcp-岩藻糖的转运相关(例如，slc35c2)。

244、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

245、在一些实施例中，该基因或基因产物选自tmprss11b、htt、snrnp70、brd7、dmxl1、rab10、cnga1、klhdc3、chp1、cyp3a5、elovl4、pnisr、zcchc14、azgp1、tpst1、sc5d、elp2、elp3、ipo9、rab14、wdr7、xrcc4、gdi2、或其组合。

246、在一些实施例中，该基因或基因产物与微管介导的转运或囊泡功能相关(例如，htt)。在一些实施例中，该基因或基因产物是离子通道(例如，cnga1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核蛋白输入相关(例如，ipo9)。在一些实施例中，该基因或基因产物与多肽酸性基序内的酪氨酸残基的o-硫酸化相关(例如，tpst1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒rna的保护相关(例如，zcchc14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav蛋白的rna结合相关(例如，pnisr)。在一些实施例中，该基因或基因产物与钙离子调控的胞吐作用相关(例如，chp1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内运输相关(例如，rab10、rab14、gdi2、wdr7或dmxl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物是延伸因子复合物，例如rna聚合酶(例如，rna聚合酶ii)的亚基(例如，催化性trna乙酰转移酶亚基)，例如elp2或elp3。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质结合(例如，klhdc3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与胆固醇生物合成相关(例如，sc5d)。

247、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2和aav9颗粒的转导是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

248、在一些实施例中，该基因或基因产物选自kiaa0319l、bambi、tm9sf2、phip、dclre1c、vps35、gpr108、cyren、acp2、f8a2、f8a1、f8a3、rbpj、atp2c1、icmt、rabif、ier3ip1、rbm10、smg7、gtf2i、elavl1、mepce、rab4a、ier3ip1、samd1、或其组合。

249、在一些实施例中，该基因或基因产物与流感感染相关(例如，acp2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与未甲基化的cgi结合(例如，samd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内囊泡转运相关(例如，rabif)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如靶蛋白中的半胱氨酸残基(例如，c-末端半胱氨酸残基)的翻译后修饰相关(例如，icmt)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav的衣壳蛋白结合(例如，kiaa0319l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与tlr(例如，tlr9)的抑制相关，例如gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如aav-r的内体运输相关(例如，vps35)。在一些实施例中，该基因或基因产物是钙atp酶泵(例如，atp2c1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch信号传导相关(例如，rbpj)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hspg代谢相关(例如，tm9sf2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nhej的抑制相关(例如，cyren)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒发夹解析相关(例如，dclre1c)。在一些实施例中，该基因或基因产物与glc转运蛋白易位相关，任选地其中该基因或基因产物与胰岛素受体底物1蛋白结合(例如，phip)。

250、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物在受调节时不降低，或者基本上不降低aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

251、在一些实施例中，该基因或基因产物选自greb1l、birc2、tymsos、msl3、sik3、gtf2h5、pigw、atraid、ppp4r1、zfc3h1、setdb1、smchd1、tmem123、uhrf1、clul1、smad5、setx、steep1、dennd6a、rtn4rl2、mtmr9、strada、psip1、bmpr1a、hikeshi、ap3m1、men1、myl12b、creb1、rab12、smtnl1、mrgbp、wtap、sumo2、tcn1、aldh3b1、arl14ep、myl12a、rhod、pgap2、eif4a1、pign、daxx、hdlbp、golga1、sarnp、ube2l6、trim49、sik2、sox4、or6q1、or4d6、unc93b1、catsperz、pigt、pym1、micos13、rin1、dot1l、trim49c、mapk20、col8a1、fasn、kdm3b、pigf、piga、pigy、gpc3、trappc2l、rab31、elp3、或其组合。

252、在一些实施例中，该基因或基因产物与视黄酸受体活性相关(例如，greb1l)。在一些实施例中，该基因或基因产物是胸苷酸合成酶(例如，tymsos)。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质重塑相关(例如，smchd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白h4乙酰化相关(例如，msl3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录和/或dna修复相关(例如，gtf2h5)。在一些实施例中，该基因或基因产物是组蛋白甲基转移酶(例如，setdb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与聚腺苷酸化rna的外体降解相关(例如，zfc3h1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白脱乙酰酶募集至dna相关(例如，uhrf1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与氧化应激诱导的dna双链断裂应答相关(例如，setx)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白修饰相关(例如，men1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核小体/dna相互作用相关(例如，mrgbp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi生物合成相关(例如，pigw、pign、pigt、pigf、piga或pigy)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi锚的成熟相关(例如，pgap2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的胞吞作用相关(例如，dennd6a、golga1、mtmr9、gpc3、ppp4r1、rab12、rab31、rhod、rin1、tmem123或trappc2l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡介导的胞吞作用相关(例如，ap3m1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与bmp受体激酶相关(例如，smad5、bmpr1a或creb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，psip1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hsp70蛋白的核输入相关(例如，hikeshi)。在一些实施例中，该基因或基因产物与ser/thr激酶相关(例如，sik2或sik3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质的sumo化相关(例如，sumo2、ube2l6)。

253、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不降低，或者基本上不降低aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav9颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav2颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

254、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ap2a1、ap2b1、tm9sf4、actr5、ptma、papola、pdha1、pdhb、slc25a19、gak、aunip、fcho2、actb、lipt1、uchl5、ino80e、echs1、nelfb、edc4、prmt1、pds5b、peli3、fbxl20、slc35a1、或其组合。

255、在一些实施例中，该基因或基因产物与atp、伴侣蛋白和/或网格蛋白结合(例如，gak)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡运输相关(例如，ap2b1或ap2a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白介导的胞吞作用相关(例如，fcho2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡运输相关(例如，actb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与先天免疫应答相关(例如，peli3或fbxl20)。在一些实施例中，该基因或基因产物与葡萄糖代谢相关(例如，pdhb或pdha1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna切除和/或同源重组相关，例如在dna损伤后(例如，aunip)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复相关，例如在dna损伤后(例如，uchl5、ino80e、pds5b、actr5或prmt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与cmp-唾液酸从细胞溶质向高尔基体囊泡的转运相关(例如，slc35a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与包含富含甘氨酸的跨膜结构域的多肽的定位，例如定位到细胞表面相关(例如，tm9sf4)。在一些实施例中，该基因或基因产物与poly(a)尾合成相关(例如，papola)。在一些实施例中，该基因或基因产物是ptma。在一些实施例中，该基因或基因产物与rna聚合酶ii对mrna的延伸相关(例如，nelfb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与mrna降解相关(例如，edc4)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体脂酰转移酶(例如，lipt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与线粒体脂肪酸β-氧化相关(例如，echs1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体硫胺素焦磷酸载体(例如，slc25a19)。

256、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2和aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

257、在一些实施例中，该基因或基因产物选自由以下组成的组：pitpnb、pitp、fam91a1、wdr11、ap1g1、ap1m1、ap1s1、ap1s3、heatr5b、stx16、ap1b1、pias1、denr、arl1、zfat、tbc1d23、lin37、ralgapb、b3gnt2、elovl1、ap2b1、kiaa2013、pten、mcts1、nbn、helz、slc38a10、fbxl20、tgif1、kdsr、cpd、chd7、usp9x、simc1、taf11、vapa、mtmr6、rab1b、slf2、mre11、vti1a、mboat7、ppp6r3、或其组合。

258、在一些实施例中，该基因或基因产物与长链fa延伸循环相关(例如，elovl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫辛酸生物合成相关(例如，pias1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白磷酸酶催化亚基相关(例如，ppp6r3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与wdr11途径相关(例如，wdr11、fam91a1、ap1g1、ap1s1、ap1m1、ap1s3或tbc1d23)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如pi和/或pc从高尔基体到内质网的逆行转运相关(例如，pitp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与从晚期内体到反式高尔基体网络的囊泡转运相关(例如，stx16)。在一些实施例中，该基因或基因产物与高尔基体蛋白、adp核糖基化因子结合蛋白和/或arf-gef的活性或向反式高尔基体网络的募集相关(例如，arl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码网格蛋白依赖性囊泡的组分和/或与ap1g1/ap-1介导的蛋白质运输相关(例如，heatr5b)。

259、在一些实施例中，该调节剂是：(a)靶向该基因或其调控元件中的一个或多个位点的基因编辑系统；(b)编码该基因编辑系统的一种或多种组分的核酸；或(c)其组合。在一些实施例中，该基因编辑系统是crispr/cas系统、锌指核酸酶系统、talen系统和大范围核酸酶系统。

260、在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的早期(例如，第一、第二或第三)外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在外显子4的上游，例如在外显子1、外显子2或外显子3中。在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的晚期外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在倒数第四外显子的下游，例如在倒数第三外显子、倒数第二外显子或最后外显子中。在一些实施例中，该基因编辑系统是包含指导rna(grna)分子的crispr/cas系统，该grna分子包含与该基因的靶序列杂交的靶向序列。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas9系统。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas12a系统。

261、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的小干扰rna(sirna)或小发夹(shrna)，或编码该sirna或shrna的核酸。在一些实施例中，该sirna或shrna包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的指导rna(grna)，或编码该grna的核酸。在一些实施例中，该grna包含与该基因的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

262、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的反义寡核苷酸(aso)，或编码该aso的核酸。在一些实施例中，该aso包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

263、在一些实施例中，该调节剂是小分子(例如，本文所述的化合物，例如，在图7中)。在一些实施例中，该小分子是蛋白质降解剂。

264、在一些实施例中，该调节剂是蛋白质或肽，或编码该蛋白质或肽的核酸。在一些实施例中，该调节剂是抗体分子(例如，scfv或sdab)。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性结合配偶体，或编码该显性负性结合配偶体的核酸。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性(例如催化上无活性的)变体，或编码所述显性负性变体的核酸。

265、在一些实施例中，该aav颗粒包含aav基因组。在一些实施例中，该aav颗粒包含aav样颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒包含衣壳。在一些实施例中，该aav颗粒具有aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav10、aav11或其组合的血清型。在一些实施例中，该aav颗粒是aav2颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒是aav9颗粒。

266、在一些实施例中，该aav颗粒具有对cns的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对心脏的嗜性(例如，aav1、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肾的嗜性(例如，aav2)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肝脏的嗜性(例如，aav7、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肺的嗜性(例如，aav4、aav5、aav6或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对胰腺的嗜性(例如，aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对感光细胞的嗜性(例如，aav2、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对视网膜色素上皮(rpe)的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对骨骼肌的嗜性(例如，aav1、aav6、aav7、aav8或aav9)。

267、在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性蛋白质，例如与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码ngf、apoe2(例如，hapoe2)、tert(例如，htert)、mapt、gad、aadc、ntn、gdnf、gcase、htt、smn、smn2、sod1或c9orf72的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性核酸，例如靶向编码与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列的核酸的核苷酸序列。

268、在一些实施例中，该方法包括向该受试者施用多种aav转导调节剂或调节与aav转导效率相关的多种基因或基因产物的aav调节剂。

269、在另一个方面，本披露提供了增强包含aav基因组或aav颗粒的治疗的功效的方法，该方法包括向对此有需要的受试者施用有效量的aav转导调节剂，从而增强该治疗的功效。

270、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者尚未接受或未正在接受该治疗。在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者尚未接受或未正在接受该治疗。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。在一些实施例中，该aav转导调节剂在该受试者接受该治疗之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月施用。

271、在一些实施例中，当施用该aav转导调节剂时，该受试者已经接受或正在接受该治疗。在一些实施例中，该受试者在施用该aav转导调节剂之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月接受该治疗。在一些实施例中，该受试者在施用该aav转导调节剂之前不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，1、2、3、4、5或6天，1、2、3或4周，1、2、3、4、5或6个月接受该治疗。

272、在一些实施例中，与参考相比，该功效增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。在一些实施例中，该功效的参考水平是尚未施用该aav转导调节剂的受试者中的功效水平。在一些实施例中，该功效的参考水平是在该受试者接受该aav转导调节剂之前的功效水平。

273、在一些实施例中，该受试者患有障碍或其症状，或处于患有障碍或其症状的风险中。在一些实施例中，该障碍是神经退行性障碍。在一些实施例中，该神经退行性障碍是阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、多发性硬化(ms)、肌萎缩性侧索硬化(als)或巴藤病。在一些实施例中，该障碍是轻度阿尔茨海默病、轻度至中度阿尔茨海默病、轻度至重度阿尔茨海默病、早期痴呆、帕金森病(例如，特发性帕金森病、双侧特发性帕金森病、中期至晚期帕金森病)、亨廷顿病(例如，症状期亨廷顿病)、1型sma、症状前sma或肌萎缩性侧索硬化(als)(例如，家族性als、具有sod1突变的als或具有c9orf72突变的als)。在一些实施例中，该障碍是眼部障碍。在一些实施例中，该眼部障碍是失明，例如遗传性或非遗传性失明。在一些实施例中，该眼部障碍是莱伯氏先天性黑蒙、年龄相关性黄斑变性、无脉络膜症或色盲。在一些实施例中，该方法降低该治疗的毒性，增强该治疗的功效，或两者兼有。

274、在一些实施例中，该调节剂调节(例如，增加或减少)与aav转导效率相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该基因或基因产物是哺乳动物(例如，人)基因或基因产物。

275、在一些实施例中，该调节剂抑制该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率降低相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该调节剂激活该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率增加相关的基因或基因产物。

276、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率增加相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率增加，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率增加，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。

277、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率降低相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率降低，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率降低，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

278、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

279、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

280、在一些实施例中，该基因产物是rna(例如，mrna)。在一些实施例中，该基因产物是蛋白质。在一些实施例中，该基因或基因产物优先在靶组织(例如，脑或肝脏)中表达。下文的从属权利要求描述了基于其机制的aav转导调节剂。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因的表达。在一些实施例中，该调节剂改变该基因的结构。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的活性(例如，酶活性)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的水平(例如，丰度)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的稳定性。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)aav颗粒的转导效率，例如，如通过本文所述的测定法(例如，facs分析，例如，如实例1或实例2中所述)所测定的。

281、在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r、gpr108、wdr11或mre11。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

282、在一些实施例中，该方法在第一组织中产生高基因调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在第二组织中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。在一些实施例中，该方法在肝脏中产生高调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在骨骼肌、骨髓或两者中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。

283、在一些实施例中，该调节剂静脉内施用。

284、在一些实施例中，该调节剂增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少10、20、30、40、50或60个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少103、104、105、106或107个病毒拷贝/μg dna。

285、在一些实施例中，该调节剂降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过102、103或104个病毒拷贝/μg dna。

286、在一些实施例中，该转导效率的参考水平是尚未与该aav转导调节剂接触的细胞中的转导效率水平。在一些实施例中，该转导效率的参考水平是在该细胞与该aav转导调节剂接触之前的转导效率水平。

287、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物或者基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

288、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ext1、ext2、ndst1、bcl10、oaf、pdcd10、lmo4、malt1、znf644、chuk、glce、ep300、arid4b、rab21、med13、dhx15、washc5、ikbkb、usp24、hspa14、cxxc1、ube2a、ints8、cdc42、nfkb1、sin3a、usp7、arf5、card10、jak1、slc35c2、paxk1、zc3h11a、fam20b、fam72a、dhx36、ints12、rprd1b、或其组合。

289、在一些实施例中，该基因或基因产物与内体分选相关(例如，rab21、washc5或usp7)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的转运相关(例如，cdc42或arf5)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nfkb信号传导相关(例如，bcl10、malt1、nfkb1、ikbkb、chuk或card10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫酸乙酰肝素生物合成相关(例如，ext1、ext2、ndst1、glce或fam20b)。在一些实施例中，该基因或基因产物与h3k9甲基化相关(例如，znf644)。在一些实施例中，该基因或基因产物与前mrna加工相关(例如，dhx15)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，lmo4、ep300、med13、sin3、arid4b、zc3h11a、cxxc1、rprd1b或ube2a)。在一些实施例中，该基因或基因产物与整合子复合物和/或rna聚合酶ii功能相关(例如，ints8或inst12)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复和/或aav基因组解析相关(例如，dhx36、arid4b、ube2a或usp24)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞增殖和/或凋亡相关(例如，pdcd10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与脊柱腕跗骨连接综合征相关(例如，oaf)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质折叠相关(例如，hspa14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与解旋酶活性相关(例如，dhx36)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch的岩藻糖基化和/或gcp-岩藻糖的转运相关(例如，slc35c2)。

290、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

291、在一些实施例中，该基因或基因产物选自tmprss11b、htt、snrnp70、brd7、dmxl1、rab10、cnga1、klhdc3、chp1、cyp3a5、elovl4、pnisr、zcchc14、azgp1、tpst1、sc5d、elp2、elp3、ipo9、rab14、wdr7、xrcc4、gdi2、或其组合。

292、在一些实施例中，该基因或基因产物与微管介导的转运或囊泡功能相关(例如，htt)。在一些实施例中，该基因或基因产物是离子通道(例如，cnga1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核蛋白输入相关(例如，ipo9)。在一些实施例中，该基因或基因产物与多肽酸性基序内的酪氨酸残基的o-硫酸化相关(例如，tpst1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒rna的保护相关(例如，zcchc14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav蛋白的rna结合相关(例如，pnisr)。在一些实施例中，该基因或基因产物与钙离子调控的胞吐作用相关(例如，chp1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内运输相关(例如，rab10、rab14、gdi2、wdr7或dmxl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物是延伸因子复合物，例如rna聚合酶(例如，rna聚合酶ii)的亚基(例如，催化性trna乙酰转移酶亚基)，例如elp2或elp3。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质结合(例如，klhdc3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与胆固醇生物合成相关(例如，sc5d)。

293、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2和aav9颗粒的转导是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

294、在一些实施例中，该基因或基因产物选自kiaa0319l、bambi、tm9sf2、phip、dclre1c、vps35、gpr108、cyren、acp2、f8a2、f8a1、f8a3、rbpj、atp2c1、icmt、rabif、ier3ip1、rbm10、smg7、gtf2i、elavl1、mepce、rab4a、ier3ip1、samd1、或其组合。

295、在一些实施例中，该基因或基因产物与流感感染相关(例如，acp2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与未甲基化的cgi结合(例如，samd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内囊泡转运相关(例如，rabif)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如靶蛋白中的半胱氨酸残基(例如，c-末端半胱氨酸残基)的翻译后修饰相关(例如，icmt)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav的衣壳蛋白结合(例如，kiaa0319l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与tlr(例如，tlr9)的抑制相关，例如gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如aav-r的内体运输相关(例如，vps35)。在一些实施例中，该基因或基因产物是钙atp酶泵(例如，atp2c1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch信号传导相关(例如，rbpj)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hspg代谢相关(例如，tm9sf2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nhej的抑制相关(例如，cyren)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒发夹解析相关(例如，dclre1c)。在一些实施例中，该基因或基因产物与glc转运蛋白易位相关，任选地其中该基因或基因产物与胰岛素受体底物1蛋白结合(例如，phip)。

296、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物在受调节时不降低，或者基本上不降低aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

297、在一些实施例中，该基因或基因产物选自greb1l、birc2、tymsos、msl3、sik3、gtf2h5、pigw、atraid、ppp4r1、zfc3h1、setdb1、smchd1、tmem123、uhrf1、clul1、smad5、setx、steep1、dennd6a、rtn4rl2、mtmr9、strada、psip1、bmpr1a、hikeshi、ap3m1、men1、myl12b、creb1、rab12、smtnl1、mrgbp、wtap、sumo2、tcn1、aldh3b1、arl14ep、myl12a、rhod、pgap2、eif4a1、pign、daxx、hdlbp、golga1、sarnp、ube2l6、trim49、sik2、sox4、or6q1、or4d6、unc93b1、catsperz、pigt、pym1、micos13、rin1、dot1l、trim49c、mapk20、col8a1、fasn、kdm3b、pigf、piga、pigy、gpc3、trappc2l、rab31、elp3、或其组合。

298、在一些实施例中，该基因或基因产物与视黄酸受体活性相关(例如，greb1l)。在一些实施例中，该基因或基因产物是胸苷酸合成酶(例如，tymsos)。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质重塑相关(例如，smchd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白h4乙酰化相关(例如，msl3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录和/或dna修复相关(例如，gtf2h5)。在一些实施例中，该基因或基因产物是组蛋白甲基转移酶(例如，setdb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与聚腺苷酸化rna的外体降解相关(例如，zfc3h1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白脱乙酰酶募集至dna相关(例如，uhrf1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与氧化应激诱导的dna双链断裂应答相关(例如，setx)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白修饰相关(例如，men1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核小体/dna相互作用相关(例如，mrgbp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi生物合成相关(例如，pigw、pign、pigt、pigf、piga或pigy)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi锚的成熟相关(例如，pgap2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的胞吞作用相关(例如，dennd6a、golga1、mtmr9、gpc3、ppp4r1、rab12、rab31、rhod、rin1、tmem123或trappc2l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡介导的胞吞作用相关(例如，ap3m1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与bmp受体激酶相关(例如，smad5、bmpr1a或creb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，psip1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hsp70蛋白的核输入相关(例如，hikeshi)。在一些实施例中，该基因或基因产物与ser/thr激酶相关(例如，sik2或sik3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质的sumo化相关(例如，sumo2、ube2l6)。

299、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不降低，或者基本上不降低aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav9颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav2颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

300、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ap2a1、ap2b1、tm9sf4、actr5、ptma、papola、pdha1、pdhb、slc25a19、gak、aunip、fcho2、actb、lipt1、uchl5、ino80e、echs1、nelfb、edc4、prmt1、pds5b、peli3、fbxl20、slc35a1、或其组合。

301、在一些实施例中，该基因或基因产物与atp、伴侣蛋白和/或网格蛋白结合(例如，gak)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡运输相关(例如，ap2b1或ap2a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白介导的胞吞作用相关(例如，fcho2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡运输相关(例如，actb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与先天免疫应答相关(例如，peli3或fbxl20)。在一些实施例中，该基因或基因产物与葡萄糖代谢相关(例如，pdhb或pdha1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna切除和/或同源重组相关，例如在dna损伤后(例如，aunip)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复相关，例如在dna损伤后(例如，uchl5、ino80e、pds5b、actr5或prmt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与cmp-唾液酸从细胞溶质向高尔基体囊泡的转运相关(例如，slc35a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与包含富含甘氨酸的跨膜结构域的多肽的定位，例如定位到细胞表面相关(例如，tm9sf4)。在一些实施例中，该基因或基因产物与poly(a)尾合成相关(例如，papola)。在一些实施例中，该基因或基因产物是ptma。在一些实施例中，该基因或基因产物与rna聚合酶ii对mrna的延伸相关(例如，nelfb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与mrna降解相关(例如，edc4)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体脂酰转移酶(例如，lipt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与线粒体脂肪酸β-氧化相关(例如，echs1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体硫胺素焦磷酸载体(例如，slc25a19)。

302、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2和aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

303、在一些实施例中，该基因或基因产物选自由以下组成的组：pitpnb、pitp、fam91a1、wdr11、ap1g1、ap1m1、ap1s1、ap1s3、heatr5b、stx16、ap1b1、pias1、denr、arl1、zfat、tbc1d23、lin37、ralgapb、b3gnt2、elovl1、ap2b1、kiaa2013、pten、mcts1、nbn、helz、slc38a10、fbxl20、tgif1、kdsr、cpd、chd7、usp9x、simc1、taf11、vapa、mtmr6、rab1b、slf2、mre11、vti1a、mboat7、ppp6r3、或其组合。

304、在一些实施例中，该基因或基因产物与长链fa延伸循环相关(例如，elovl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫辛酸生物合成相关(例如，pias1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白磷酸酶催化亚基相关(例如，ppp6r3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与wdr11途径相关(例如，wdr11、fam91a1、ap1g1、ap1s1、ap1m1、ap1s3或tbc1d23)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如pi和/或pc从高尔基体到内质网的逆行转运相关(例如，pitp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与从晚期内体到反式高尔基体网络的囊泡转运相关(例如，stx16)。在一些实施例中，该基因或基因产物与高尔基体蛋白、adp核糖基化因子结合蛋白和/或arf-gef的活性或向反式高尔基体网络的募集相关(例如，arl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码网格蛋白依赖性囊泡的组分和/或与ap1g1/ap-1介导的蛋白质运输相关(例如，heatr5b)。

305、在一些实施例中，该调节剂是：(a)靶向该基因或其调控元件中的一个或多个位点的基因编辑系统；(b)编码该基因编辑系统的一种或多种组分的核酸；或(c)其组合。在一些实施例中，该基因编辑系统是crispr/cas系统、锌指核酸酶系统、talen系统和大范围核酸酶系统。

306、在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的早期(例如，第一、第二或第三)外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在外显子4的上游，例如在外显子1、外显子2或外显子3中。在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的晚期外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在倒数第四外显子的下游，例如在倒数第三外显子、倒数第二外显子或最后外显子中。在一些实施例中，该基因编辑系统是包含指导rna(grna)分子的crispr/cas系统，该grna分子包含与该基因的靶序列杂交的靶向序列。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas9系统。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas12a系统。

307、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的小干扰rna(sirna)或小发夹(shrna)，或编码该sirna或shrna的核酸。在一些实施例中，该sirna或shrna包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的指导rna(grna)，或编码该grna的核酸。在一些实施例中，该grna包含与该基因的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

308、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的反义寡核苷酸(aso)，或编码该aso的核酸。在一些实施例中，该aso包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

309、在一些实施例中，该调节剂是小分子(例如，本文所述的化合物，例如，在图7中)。在一些实施例中，该小分子是蛋白质降解剂。

310、在一些实施例中，该调节剂是蛋白质或肽，或编码该蛋白质或肽的核酸。在一些实施例中，该调节剂是抗体分子(例如，scfv或sdab)。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性结合配偶体，或编码该显性负性结合配偶体的核酸。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性(例如催化上无活性的)变体，或编码所述显性负性变体的核酸。

311、在一些实施例中，该aav颗粒包含aav基因组。在一些实施例中，该aav颗粒包含aav样颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒包含衣壳。在一些实施例中，该aav颗粒具有aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav10、aav11或其组合的血清型。在一些实施例中，该aav颗粒是aav2颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒是aav9颗粒。

312、在一些实施例中，该aav颗粒具有对cns的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对心脏的嗜性(例如，aav1、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肾的嗜性(例如，aav2)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肝脏的嗜性(例如，aav7、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肺的嗜性(例如，aav4、aav5、aav6或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对胰腺的嗜性(例如，aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对感光细胞的嗜性(例如，aav2、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对视网膜色素上皮(rpe)的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对骨骼肌的嗜性(例如，aav1、aav6、aav7、aav8或aav9)。

313、在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性蛋白质，例如与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码ngf、apoe2(例如，hapoe2)、tert(例如，htert)、mapt、gad、aadc、ntn、gdnf、gcase、htt、smn、smn2、sod1或c9orf72的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性核酸，例如靶向编码与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列的核酸的核苷酸序列。

314、在一些实施例中，该方法包括向该受试者施用多种aav转导调节剂或调节与aav转导效率相关的多种基因或基因产物的aav调节剂。

315、在一个方面，本披露的特征在于产生具有增加的aav转导效率的细胞的方法，该方法包括使细胞与aav转导调节剂接触，从而产生该细胞。

316、在一些实施例中，该细胞是脑细胞、肝脏细胞、脊髓细胞、背根神经节(drg)细胞、脾细胞、淋巴结细胞、肾细胞、肺细胞、心脏细胞、肌细胞(例如，骨骼肌细胞、股骨肌细胞)、隔膜细胞、骨髓细胞或性腺细胞。在一些实施例中，该细胞是中枢神经系统(cns)细胞。在一些实施例中，该cns细胞是星形胶质细胞、少突胶质细胞、小胶质细胞或室管膜细胞。在一些实施例中，该细胞是脑细胞。在一些实施例中，该脑细胞是神经元或胶质细胞。在一些实施例中，该细胞是drg细胞。在一些实施例中，该细胞是肝脏细胞。在一些实施例中，该肝脏细胞是肝细胞、肝星状细胞、库普弗细胞或肝窦内皮细胞。

317、在一些实施例中，该细胞在体外与该aav转导调节剂接触。在一些实施例中，该细胞离体与该aav转导调节剂接触。在一些实施例中，该细胞在体内与该aav转导调节剂接触。

318、在一些实施例中，该细胞获自受试者。在一些实施例中，该受试者患有障碍或其症状，或处于患有障碍或其症状的风险中。在一些实施例中，该障碍是神经退行性障碍。在一些实施例中，该神经退行性障碍是阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、多发性硬化(ms)、肌萎缩性侧索硬化(als)或巴藤病。在一些实施例中，该障碍是轻度阿尔茨海默病、轻度至中度阿尔茨海默病、轻度至重度阿尔茨海默病、早期痴呆、帕金森病(例如，特发性帕金森病、双侧特发性帕金森病、中期至晚期帕金森病)、亨廷顿病(例如，症状期亨廷顿病)、1型sma、症状前sma或肌萎缩性侧索硬化(als)(例如，家族性als、具有sod1突变的als或具有c9orf72突变的als)。在一些实施例中，该障碍是眼部障碍。在一些实施例中，该眼部障碍是失明，例如遗传性或非遗传性失明。在一些实施例中，该眼部障碍是莱伯氏先天性黑蒙、年龄相关性黄斑变性、无脉络膜症或色盲。在一些实施例中，该方法降低该治疗的毒性，增强该治疗的功效，或两者兼有。

319、在一些实施例中，该调节剂调节(例如，增加或减少)与aav转导效率相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该基因或基因产物是哺乳动物(例如，人)基因或基因产物。

320、在一些实施例中，该调节剂抑制该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率降低相关的基因或基因产物。在一些实施例中，该调节剂激活该基因或基因产物，例如与aav颗粒的转导效率增加相关的基因或基因产物。

321、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率增加相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率增加，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率增加，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。

322、在一些实施例中，该基因或基因产物与aav颗粒的转导效率降低相关。在一些实施例中，该基因或基因产物与第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率降低，第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率降低，或两者相关。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

323、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时增加第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

324、在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物在受调节时降低第一血清型的aav颗粒(例如，aav2)的转导效率、第二血清型的aav颗粒(例如，aav9)的转导效率、或两者。

325、在一些实施例中，该基因产物是rna(例如，mrna)。在一些实施例中，该基因产物是蛋白质。在一些实施例中，该基因或基因产物优先在靶组织(例如，脑或肝脏)中表达。下文的从属权利要求描述了基于其机制的aav转导调节剂。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因的表达。在一些实施例中，该调节剂改变该基因的结构。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的活性(例如，酶活性)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的水平(例如，丰度)。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)该基因产物的稳定性。在一些实施例中，该调节剂改变(例如，增加或降低)aav颗粒的转导效率，例如，如通过本文所述的测定法(例如，facs分析，例如，如实例1或实例2中所述)所测定的。

326、在一些实施例中，该调节剂增加aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率增加至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少10、20、30、40、50或60个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导增加到至少103、104、105、106或107个病毒拷贝/μg dna。

327、在一些实施例中，该调节剂降低aav颗粒的转导效率。在一些实施例中，与转导效率的参考水平相比，该转导效率降低至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个病毒拷贝/基因组。在一些实施例中，该调节剂使转导降低到不超过102、103或104个病毒拷贝/μg dna。

328、在一些实施例中，该转导效率的参考水平是尚未与该aav转导调节剂接触的细胞中的转导效率水平。在一些实施例中，该转导效率的参考水平是在该细胞与该aav转导调节剂接触之前的转导效率水平。

329、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物或者基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

330、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ext1、ext2、ndst1、bcl10、oaf、pdcd10、lmo4、malt1、znf644、chuk、glce、ep300、arid4b、rab21、med13、dhx15、washc5、ikbkb、usp24、hspa14、cxxc1、ube2a、ints8、cdc42、nfkb1、sin3a、usp7、arf5、card10、jak1、slc35c2、paxk1、zc3h11a、fam20b、fam72a、dhx36、ints12、rprd1b、或其组合。

331、在一些实施例中，该基因或基因产物与内体分选相关(例如，rab21、washc5或usp7)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的转运相关(例如，cdc42或arf5)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nfkb信号传导相关(例如，bcl10、malt1、nfkb1、ikbkb、chuk或card10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫酸乙酰肝素生物合成相关(例如，ext1、ext2、ndst1、glce或fam20b)。在一些实施例中，该基因或基因产物与h3k9甲基化相关(例如，znf644)。在一些实施例中，该基因或基因产物与前mrna加工相关(例如，dhx15)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，lmo4、ep300、med13、sin3、arid4b、zc3h11a、cxxc1、rprd1b或ube2a)。在一些实施例中，该基因或基因产物与整合子复合物和/或rna聚合酶ii功能相关(例如，ints8或inst12)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复和/或aav基因组解析相关(例如，dhx36、arid4b、ube2a或usp24)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞增殖和/或凋亡相关(例如，pdcd10)。在一些实施例中，该基因或基因产物与脊柱腕跗骨连接综合征相关(例如，oaf)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质折叠相关(例如，hspa14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与解旋酶活性相关(例如，dhx36)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch的岩藻糖基化和/或gcp-岩藻糖的转运相关(例如，slc35c2)。

332、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不增加，或者基本上不增加aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav9颗粒的转导是必需的，任选地其中该基因或基因产物对于aav2颗粒的转导不是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

333、在一些实施例中，该基因或基因产物选自tmprss11b、htt、snrnp70、brd7、dmxl1、rab10、cnga1、klhdc3、chp1、cyp3a5、elovl4、pnisr、zcchc14、azgp1、tpst1、sc5d、elp2、elp3、ipo9、rab14、wdr7、xrcc4、gdi2、或其组合。

334、在一些实施例中，该基因或基因产物与微管介导的转运或囊泡功能相关(例如，htt)。在一些实施例中，该基因或基因产物是离子通道(例如，cnga1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核蛋白输入相关(例如，ipo9)。在一些实施例中，该基因或基因产物与多肽酸性基序内的酪氨酸残基的o-硫酸化相关(例如，tpst1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒rna的保护相关(例如，zcchc14)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav蛋白的rna结合相关(例如，pnisr)。在一些实施例中，该基因或基因产物与钙离子调控的胞吐作用相关(例如，chp1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内运输相关(例如，rab10、rab14、gdi2、wdr7或dmxl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物是延伸因子复合物，例如rna聚合酶(例如，rna聚合酶ii)的亚基(例如，催化性trna乙酰转移酶亚基)，例如elp2或elp3。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质结合(例如，klhdc3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与胆固醇生物合成相关(例如，sc5d)。

335、在一些实施例中，该基因或基因产物增加aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物对于aav2和aav9颗粒的转导是必需的。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是grp108。

336、在一些实施例中，该基因或基因产物选自kiaa0319l、bambi、tm9sf2、phip、dclre1c、vps35、gpr108、cyren、acp2、f8a2、f8a1、f8a3、rbpj、atp2c1、icmt、rabif、ier3ip1、rbm10、smg7、gtf2i、elavl1、mepce、rab4a、ier3ip1、samd1、或其组合。

337、在一些实施例中，该基因或基因产物与流感感染相关(例如，acp2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与未甲基化的cgi结合(例如，samd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与细胞内囊泡转运相关(例如，rabif)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如靶蛋白中的半胱氨酸残基(例如，c-末端半胱氨酸残基)的翻译后修饰相关(例如，icmt)。在一些实施例中，该基因或基因产物与aav的衣壳蛋白结合(例如，kiaa0319l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与tlr(例如，tlr9)的抑制相关，例如gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如aav-r的内体运输相关(例如，vps35)。在一些实施例中，该基因或基因产物是钙atp酶泵(例如，atp2c1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与notch信号传导相关(例如，rbpj)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hspg代谢相关(例如，tm9sf2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与nhej的抑制相关(例如，cyren)。在一些实施例中，该基因或基因产物与病毒发夹解析相关(例如，dclre1c)。在一些实施例中，该基因或基因产物与glc转运蛋白易位相关，任选地其中该基因或基因产物与胰岛素受体底物1蛋白结合(例如，phip)。

338、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物在受调节时不降低，或者基本上不降低aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

339、在一些实施例中，该基因或基因产物选自greb1l、birc2、tymsos、msl3、sik3、gtf2h5、pigw、atraid、ppp4r1、zfc3h1、setdb1、smchd1、tmem123、uhrf1、clul1、smad5、setx、steep1、dennd6a、rtn4rl2、mtmr9、strada、psip1、bmpr1a、hikeshi、ap3m1、men1、myl12b、creb1、rab12、smtnl1、mrgbp、wtap、sumo2、tcn1、aldh3b1、arl14ep、myl12a、rhod、pgap2、eif4a1、pign、daxx、hdlbp、golga1、sarnp、ube2l6、trim49、sik2、sox4、or6q1、or4d6、unc93b1、catsperz、pigt、pym1、micos13、rin1、dot1l、trim49c、mapk20、col8a1、fasn、kdm3b、pigf、piga、pigy、gpc3、trappc2l、rab31、elp3、或其组合。

340、在一些实施例中，该基因或基因产物与视黄酸受体活性相关(例如，greb1l)。在一些实施例中，该基因或基因产物是胸苷酸合成酶(例如，tymsos)。在一些实施例中，该基因或基因产物与染色质重塑相关(例如，smchd1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白h4乙酰化相关(例如，msl3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录和/或dna修复相关(例如，gtf2h5)。在一些实施例中，该基因或基因产物是组蛋白甲基转移酶(例如，setdb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与聚腺苷酸化rna的外体降解相关(例如，zfc3h1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白脱乙酰酶募集至dna相关(例如，uhrf1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与氧化应激诱导的dna双链断裂应答相关(例如，setx)。在一些实施例中，该基因或基因产物与组蛋白修饰相关(例如，men1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与核小体/dna相互作用相关(例如，mrgbp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi生物合成相关(例如，pigw、pign、pigt、pigf、piga或pigy)。在一些实施例中，该基因或基因产物与gpi锚的成熟相关(例如，pgap2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡介导的胞吞作用相关(例如，dennd6a、golga1、mtmr9、gpc3、ppp4r1、rab12、rab31、rhod、rin1、tmem123或trappc2l)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡介导的胞吞作用相关(例如，ap3m1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与bmp受体激酶相关(例如，smad5、bmpr1a或creb1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与转录相关(例如，psip1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与hsp70蛋白的核输入相关(例如，hikeshi)。在一些实施例中，该基因或基因产物与ser/thr激酶相关(例如，sik2或sik3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白质的sumo化相关(例如，sumo2、ube2l6)。

341、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav9颗粒的转导效率，任选地其中该基因或基因产物不降低，或者基本上不降低aav2颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav9颗粒的转导，任选地其中该基因或基因产物不抑制或阻止aav2颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

342、在一些实施例中，该基因或基因产物选自ap2a1、ap2b1、tm9sf4、actr5、ptma、papola、pdha1、pdhb、slc25a19、gak、aunip、fcho2、actb、lipt1、uchl5、ino80e、echs1、nelfb、edc4、prmt1、pds5b、peli3、fbxl20、slc35a1、或其组合。

343、在一些实施例中，该基因或基因产物与atp、伴侣蛋白和/或网格蛋白结合(例如，gak)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白包被的囊泡运输相关(例如，ap2b1或ap2a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与网格蛋白介导的胞吞作用相关(例如，fcho2)。在一些实施例中，该基因或基因产物与囊泡运输相关(例如，actb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与先天免疫应答相关(例如，peli3或fbxl20)。在一些实施例中，该基因或基因产物与葡萄糖代谢相关(例如，pdhb或pdha1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna切除和/或同源重组相关，例如在dna损伤后(例如，aunip)。在一些实施例中，该基因或基因产物与dna修复相关，例如在dna损伤后(例如，uchl5、ino80e、pds5b、actr5或prmt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与cmp-唾液酸从细胞溶质向高尔基体囊泡的转运相关(例如，slc35a1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与包含富含甘氨酸的跨膜结构域的多肽的定位，例如定位到细胞表面相关(例如，tm9sf4)。在一些实施例中，该基因或基因产物与poly(a)尾合成相关(例如，papola)。在一些实施例中，该基因或基因产物是ptma。在一些实施例中，该基因或基因产物与rna聚合酶ii对mrna的延伸相关(例如，nelfb)。在一些实施例中，该基因或基因产物与mrna降解相关(例如，edc4)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体脂酰转移酶(例如，lipt1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与线粒体脂肪酸β-氧化相关(例如，echs1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码线粒体硫胺素焦磷酸载体(例如，slc25a19)。

344、在一些实施例中，该基因或基因产物降低aav2和aav9颗粒的转导效率。在一些实施例中，该基因或基因产物抑制或阻止aav2和aav9颗粒的转导。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

345、在一些实施例中，该基因或基因产物选自由以下组成的组：pitpnb、pitp、fam91a1、wdr11、ap1g1、ap1m1、ap1s1、ap1s3、heatr5b、stx16、ap1b1、pias1、denr、arl1、zfat、tbc1d23、lin37、ralgapb、b3gnt2、elovl1、ap2b1、kiaa2013、pten、mcts1、nbn、helz、slc38a10、fbxl20、tgif1、kdsr、cpd、chd7、usp9x、simc1、taf11、vapa、mtmr6、rab1b、slf2、mre11、vti1a、mboat7、ppp6r3、或其组合。

346、在一些实施例中，该基因或基因产物与长链fa延伸循环相关(例如，elovl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与硫辛酸生物合成相关(例如，pias1)。在一些实施例中，该基因或基因产物与蛋白磷酸酶催化亚基相关(例如，ppp6r3)。在一些实施例中，该基因或基因产物与wdr11途径相关(例如，wdr11、fam91a1、ap1g1、ap1s1、ap1m1、ap1s3或tbc1d23)。在一些实施例中，该基因或基因产物与例如pi和/或pc从高尔基体到内质网的逆行转运相关(例如，pitp)。在一些实施例中，该基因或基因产物与从晚期内体到反式高尔基体网络的囊泡转运相关(例如，stx16)。在一些实施例中，该基因或基因产物与高尔基体蛋白、adp核糖基化因子结合蛋白和/或arf-gef的活性或向反式高尔基体网络的募集相关(例如，arl1)。在一些实施例中，该基因或基因产物编码网格蛋白依赖性囊泡的组分和/或与ap1g1/ap-1介导的蛋白质运输相关(例如，heatr5b)。

347、在一些实施例中，该调节剂是：(a)靶向该基因或其调控元件中的一个或多个位点的基因编辑系统；(b)编码该基因编辑系统的一种或多种组分的核酸；或(c)其组合。在一些实施例中，该基因编辑系统是crispr/cas系统、锌指核酸酶系统、talen系统和大范围核酸酶系统。

348、在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的早期(例如，第一、第二或第三)外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在外显子4的上游，例如在外显子1、外显子2或外显子3中。在一些实施例中，该基因编辑系统与该基因的晚期外显子或内含子中的靶序列结合。在一些实施例中，该基因编辑系统结合该基因的靶序列，并且该靶序列在倒数第四外显子的下游，例如在倒数第三外显子、倒数第二外显子或最后外显子中。在一些实施例中，该基因编辑系统是包含指导rna(grna)分子的crispr/cas系统，该grna分子包含与该基因的靶序列杂交的靶向序列。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas9系统。在一些实施例中，该crispr/cas系统是crispr/cas12a系统。

349、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的小干扰rna(sirna)或小发夹(shrna)，或编码该sirna或shrna的核酸。在一些实施例中，该sirna或shrna包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的指导rna(grna)，或编码该grna的核酸。在一些实施例中，该grna包含与该基因的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

350、在一些实施例中，该调节剂是对该基因具有特异性的反义寡核苷酸(aso)，或编码该aso的核酸。在一些实施例中，该aso包含与该基因编码的mrna的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

351、在一些实施例中，该调节剂是小分子(例如，本文所述的化合物，例如，在图7中)。在一些实施例中，该小分子是蛋白质降解剂。

352、在一些实施例中，该调节剂是蛋白质或肽，或编码该蛋白质或肽的核酸。在一些实施例中，该调节剂是抗体分子(例如，scfv或sdab)。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性结合配偶体，或编码该显性负性结合配偶体的核酸。在一些实施例中，该调节剂是由该基因编码的蛋白质的显性负性(例如催化上无活性的)变体，或编码所述显性负性变体的核酸。

353、在一些实施例中，该aav颗粒包含aav基因组。在一些实施例中，该aav颗粒包含aav样颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒包含衣壳。在一些实施例中，该aav颗粒具有aav1、aav2、aav3、aav4、aav5、aav6、aav7、aav8、aav9、aav10、aav11或其组合的血清型。在一些实施例中，该aav颗粒是aav2颗粒。在一些实施例中，该aav颗粒是aav9颗粒。

354、在一些实施例中，该aav颗粒具有对cns的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对心脏的嗜性(例如，aav1、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肾的嗜性(例如，aav2)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肝脏的嗜性(例如，aav7、aav8或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对肺的嗜性(例如，aav4、aav5、aav6或aav9)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对胰腺的嗜性(例如，aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对感光细胞的嗜性(例如，aav2、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对视网膜色素上皮(rpe)的嗜性(例如，aav1、aav2、aav4、aav5或aav8)。在一些实施例中，该aav颗粒具有对骨骼肌的嗜性(例如，aav1、aav6、aav7、aav8或aav9)。

355、在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性蛋白质，例如与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码ngf、apoe2(例如，hapoe2)、tert(例如，htert)、mapt、gad、aadc、ntn、gdnf、gcase、htt、smn、smn2、sod1或c9orf72的核苷酸序列。在一些实施例中，该aav颗粒包含编码治疗性核酸，例如靶向编码与本文所述的障碍相关的蛋白质的核苷酸序列的核酸的核苷酸序列。

356、在一些实施例中，该方法包括使该细胞与多种aav转导调节剂或调节与aav转导效率相关的多种基因或基因产物的aav调节剂接触。

357、在另一个方面，本披露提供通过本文所述的方法产生的细胞。在另一个方面，本披露提供了包含本文所述的aav调节剂、和aav颗粒(例如，本文所述的aav颗粒)的细胞。

358、在另一个方面，本披露提供了包含本文所述的aav调节剂、和aav颗粒(例如，本文所述的aav颗粒)的药物组合物。在另一个方面，本披露提供了包含本文所述的aav调节剂、和aav颗粒(例如，本文所述的aav颗粒)的试剂盒。

359、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂，用于在调节aav颗粒在细胞或受试者中的转导效率的方法中使用，例如根据本文所述的方法。

360、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂，用于与aav基因组或aav颗粒组合在治疗受试者的障碍的方法中使用，例如根据本文所述的方法。

361、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂，用于在使受试者对包含aav基因组或aav颗粒的治疗做好准备的方法中使用，例如根据本文所述的方法。

362、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂，用于在降低包含aav基因组或aav颗粒的治疗在受试者中的毒性的方法中使用，例如根据本文所述的方法。

363、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂，用于在增加包含aav基因组或aav颗粒的治疗在受试者中的功效的方法中使用，例如根据本文所述的方法。

364、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂在制造用于调节aav颗粒在细胞或受试者中的转导效率的药物中的用途，例如根据本文所述的方法。

365、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂在制造与aav基因组或aav颗粒组合用于治疗受试者的障碍的药物中的用途，例如根据本文所述的方法。

366、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂在制造用于使受试者对包含aav基因组或aav颗粒的治疗做好准备的药物中的用途，例如根据本文所述的方法使用。

367、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂在制造用于降低包含aav基因组或aav颗粒的治疗在受试者中的毒性的药物中的用途，例如根据本文所述的方法。

368、在另一个方面，本披露提供了aav转导调节剂在制造用于增加包含aav基因组或aav颗粒的治疗在受试者中的功效的药物中的用途，例如根据本文所述的方法。

369、在任何上述方面的一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r、gpr108、wdr11或mre11。在一些实施例中，该基因或基因产物是aav-r。在一些实施例中，该基因或基因产物是gpr108。在一些实施例中，该基因或基因产物是wdr11。在一些实施例中，该基因或基因产物是mre11。

370、在任何上述方面的一些实施例中，该方法在第一组织中产生高基因调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在第二组织中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。在一些实施例中，该方法在肝脏中产生高调节(例如，基因编辑)效率(例如，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)，而在骨骼肌、骨髓或两者中具有有限影响(例如，20％、15％、10％、5％、2％或更低的基因调节(例如，基因编辑)效率)。

371、在任何上述方面的一些实施例中，该调节剂静脉内施用。