用于检测艾滋病免疫重建状况的检测试剂盒、检测方法及其应用

本发明涉及基因诊断，特别涉及用于检测艾滋病免疫重建状况的检测试剂盒、检测方法及其应用。

背景技术：

1、艾滋病又被称为获得性免疫缺陷综合征(acquired immunodeficiencysyndrome，aids)，是由人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,hiv)引起的一种病死率较高的传染病。艾滋病的主要病理特征为cd4+t淋巴细胞数量显著降低，继而发生各种机会性感染以及肿瘤，最终导致死亡。抗逆转录病毒治疗(antiretroviral therapy,art)可有效抑制hiv的复制，提升cd4+t淋巴细胞数，重建hiv感染者免疫功能，降低艾滋病相关临床事件的发病率和死亡率。然而，约10-40％的hiv感染者在病毒抑制的状态下，仍不能重建其免疫功能，即艾滋病免疫重建不良者(immunological non-responders,inrs)。inrs表现为严重的免疫功能障碍，且发生艾滋病或非艾滋病(如代谢综合征、肝脏疾病、肾病、心血管疾病、非艾滋病相关的恶性肿瘤和艾滋病相关的神经认知障碍)相关事件的发病率和死亡率显著增加。造成hiv感染者免疫重建不良的原因有很多，研究发现免疫重建不良与病毒储存库、年龄、发生共感染、基线cd4+t淋巴细胞计数值、残留病毒复制、抗病毒治疗时间和异常免疫激活等有关。然而，这些独立因素都不能完全解释免疫重建不良的机制。因此，目前尚无inrs的标志物。

2、hiv整合酶基因(p31)位于hiv结构基因pol中，其转录产生的整合酶可介导病毒dna整合至宿主细胞的染色体dna中。目前关于p31基因定量检测的报道极少，且文献中的引物能检测的hiv亚型单一，实验重现性差。然而由于hiv逆转录酶缺乏校正修复功能，因此hiv的变异率非常高，在人群中存在多个亚型和变异毒株，同理，艾滋病感染者p31基因也存在多个变异序列。因此，设计可特异性的定量检测多种突变p31基因表达的方法具有临床和现实意义。

技术实现思路

1、本发明旨在至少解决现有技术中存在的上述技术问题之一。为此，本发明的目的在于提供用于检测艾滋病免疫重建状况的检测试剂盒、检测方法及其应用。在本发明中首次提出以hiv整合酶基因(p31)作为检测艾滋病免疫重建状况的诊断标志物，并构建得到了检测准确度高的pcr扩增检测体系。该诊断标志物和检测体系能够区分艾滋病免疫重建不良者(immunological non-responders,inrs)和免疫重建良好者(immunologicalresponders,irs)，具有极高的临床价值。

2、在本发明中，inrs的定义是：art治疗≥2年，cd4+t淋巴细胞计数＜200个/μl或cd4+t淋巴细胞数增长量不足基线的20％。相应的，irs的定义是：art治疗≥2年，cd4+t淋巴细胞计数>500个/μl或cd4+t淋巴细胞数增长量高于基线的20％。

3、本发明的第一个方面，提供检测p31基因的试剂在制备诊断艾滋病免疫重建状况的产品中的应用。

4、在本发明的一些实施方式中，所述产品包括检测试剂、检测芯片。

5、当然，本领域技术人员也可以根据实际使用需求，合理选择其他的产品形式来实现承载检测p31基因的试剂的目的，包括但不限于上述的检测试剂、检测芯片。

6、在本发明的一些实施方式中，所述检测试剂包含检测p31基因的引物和/或探针。

7、在本发明的一些实施方式中，所述引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物包括seq id no：1和seq id no：2，所述反向引物包括seq id no：3。

8、在本发明的一些实施方式中，所述引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物为seq id no：1和seq id no：2，所述反向引物为seq id no：3。

9、在本发明的一些实施方式中，所述探针包括seq id no：4。

10、在本发明的一些实施方式中，所述探针如seq id no：4所示。

11、在本发明的一些实施方式中，所述seq id no：4中的荧光基团为vic、6-fam、5-fam、tet、hex、joe、r110、tamra和bodipyfl中的任意一种；淬灭基团为tam和mgb中的任意一种。

12、在本发明的一些实施方式中，所述seq id no：4中的荧光基团为vic，淬灭基团为mgb。

13、在本发明的一些实施方式中，所述产品的使用方法包括：

14、取受试者样品中的总rna反转录为cdna模板，使用所述产品进行qpcr扩增，根据标准曲线计算样品中的p31基因拷贝数，根据基因拷贝数判断艾滋病免疫重建状况。

15、在本发明的一些实施方式中，所述受试者样品为来源于受试者，包含p31基因全序列或p31基因部分片段的受试样品，包括但不限于全血、血清、血浆、淋巴细胞富集液、外周血单个核细胞(pbmcs)、干血斑、血液制品原料、病毒培养上清液、口腔黏膜渗出液和尿液。

16、在本发明的一些实施方式中，所述受试者样品为外周血单个核细胞(pbmcs)。

17、在本发明的一些实施方式中，标准曲线为p31基因荧光水平关于log10(标准质粒拷贝浓度)的线性关系，所述标准质粒包含p31基因全序列或p31基因部分片段，所述标准质粒拷贝浓度以标准质粒拷贝数表示，所述p31基因荧光水平以qpcr扩增的ct值表示。

18、在本发明的一些实施方式中，所述p31基因部分片段为其特征性片段或保守性片段。

19、在本发明的一些实施方式中，所述标准质粒拷贝浓度选自1～1×104拷贝。

20、在本发明的一些实施方式中，p31基因采用一步法rt-qpcr扩增，所述rt-qpcr扩增体系中包含检测p31基因的qpcr引物。

21、在本发明的一些实施方式中，所述rt-qpcr扩增的qpcr引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物包括seq id no：1和seq id no：2，所述反向引物包括seq id no：3。

22、在本发明的一些实施方式中，所述rt-qpcr扩增的qpcr引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物为seq id no：1和seq id no：2，所述反向引物为seq id no：3。

23、在本发明的一些实施方式中，所述rt-qpcr扩增体系还包括探针，所述探针包括seq id no：4。

24、在本发明的一些实施方式中，所述rt-qpcr扩增体系的探针如seq id no：4所示。

25、在本发明的一些实施方式中，所述seq id no：4中的荧光基团为vic、6-fam、5-fam、tet、hex、joe、r110、tamra和bodipyfl中的任意一种；淬灭基团为tam和mgb中的任意一种。

26、在本发明的一些实施方式中，所述seq id no：4中的荧光基团为vic，淬灭基团为mgb。

27、在本发明的一些实施方式中，p31基因的一步法rt-qpcr扩增体系中包括buffermix、qpcr引物、rna模板、探针、酶和ddh2o。

28、在本发明的一些实施方式中，rt-qpcr退火温度为45℃-65℃。

29、在本发明的一些实施方式中，rt-qpcr扩增的反应程序为：50℃逆转录15min；95℃预变性30s；95℃变性10s，56℃退火30s，循环45次。

30、在本发明的一些实施方式中，所述患病情况的判断标准为：

31、若p31基因拷贝数大于诊断阈值，则判定该受试者为艾滋病免疫重建不良者；

32、若p31基因拷贝数小于诊断阈值，则判定该受试者为艾滋病免疫重建良好者。

33、在本发明的一些实施方式中，所述诊断阈值为1拷贝/106pbmcs。

34、在本发明中，发明人通过实验验证发现，以p31基因为1拷贝/106pbmcs作为诊断阈值时的曲线下面积(auc)为1.000，95％置信区间(confidence interval,ci)为0.735-1.000，敏感度为100.0％，特异性为85.7％，说明p31基因在诊断艾滋病免疫重建不良和免疫重建良好的应用中具有良好的敏感度和特异性，以p31基因作为艾滋病免疫重建不良和免疫重建良好的诊断标志物时准确性极高，具备良好的诊断价值。

35、本发明的第二个方面，提供一种用于检测艾滋病免疫重建状况的试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒中含有检测p31基因的引物和/或探针。

36、在本发明的一些实施方式中，所述检测试剂盒引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物包括seq id no：1和seq id no：2，所述反向引物包括seq id no：3；所述探针包括seq id no：4。

37、在本发明的一些实施方式中，所述检测试剂盒引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物为seq id no：1和seq id no：2，所述反向引物为seq id no：3。

38、在本发明的一些实施方式中，所述检测试剂盒探针如seq id no：4所示。

39、在本发明的一些实施方式中，所述seq id no：4中的荧光基团为vic、6-fam、5-fam、tet、hex、joe、r110、tamra和bodipyfl中的任意一种；淬灭基团为tam和mgb中的任意一种。

40、在本发明的一些实施方式中，所述seq id no：4中的荧光基团为vic，淬灭基团为mgb。

41、在本发明的一些实施方式中，所述检测试剂盒中还含有其他pcr试剂，包括但不限于：扩增预混液、缓冲液或水。

42、本发明的有益效果是：

43、1.本发明首次发现了hiv整合酶基因(p31)可作为艾滋病免疫重建不良者的诊断标志物，并构建得到了检测准确度高的qpcr扩增检测体系。该诊断标志物和检测体系能够区分艾滋病免疫重建不良者和免疫重建良好者，具有极高的临床价值。

44、2.本发明开发得到了一种用于诊断艾滋病免疫状况的检测试剂盒，仅需提供包含p31基因全序列或p31基因部分片段的受试样品，即可诊断艾滋病免疫重建不良者和免疫重建良好者，具有极高的实用价值。